隨著左宗棠地位的迅速上升，他與曾國藩的關係又一次出現了惡化。首先當然還是用兵方略上的爭執。投身曾國藩之前，左宗棠批評起曾氏之兵略從來沒有客氣過。既為麾下之後，左宗棠對曾的許多軍事判斷雖然不再公開嘲諷，但與朋友們交流時仍直言不諱。比如，聞聽太平軍占領浙江後，曾國藩的判斷極為悲觀，驚呼道：“現在蘇、浙兩省膏腴之地，盡為所有，窟穴已成，根柢已固，……東南大局，收拾愈難。”左宗棠卻認為這是一件好事，太平軍舍棄長江中遊的安慶地區，而專集於下遊，“大局頓有轉機”。事實證明左的看法確實比曾更有見地。
早在鹹豐十年（1860）三月，左宗棠就建議曾國藩“先以偏師謀取吳越”。曾國藩卻堅持所謂“穩紮穩打”之法，拒絕此議，進駐皖南萬山叢中的祁門。左宗棠雖然沒有公開批評，卻在寫給兒子的信中流露出輕蔑之色：“滌公於我極親信，毫無間言。唯才略太欠，自入窘鄉，恐終非戡亂之人。”離開曾國藩羽翼之後，左宗棠開始接連不斷地與曾國藩爭辯兵機。他認為曾國藩用兵過於拙滯，對自己的束縛過多，在信中經常對曾發出抱怨。隨著浙江巡撫做得越來越順手，左宗棠對曾國藩的批評也越來越直言不諱。在給駱秉章的信中，他這樣表達自己的委屈：“滌相於兵機，每苦鈍滯，而籌餉亦非所長，近日議論多有不合。隻以大局為重，不能不勉為將順，然以難矣。”入浙之初，左宗棠對曾國藩的建議還是唯命是從至少積極響應的，但隨著他在浙江腳根紮穩，對曾國藩就越來越輕慢起來。曾國藩對周開錫、李慶霖二人十分反感，要求左宗棠斥退他們。左宗棠卻對曾國藩的用人之道不以為然，“恪靖（指左宗棠）嚐謂文正無知人之明，故文正（指曾國藩）所棄者，無不重用”，反而委此二人以重任。同治元年（1862），當太平軍進攻曾國荃部時，曾國藩要求左宗棠派蔣益灃一軍往援，左宗棠卻拒不從命。曾國藩於浙事或者楚軍的“大調度”，都通過書信或者谘文商之於左，可是左卻“每置不肯”。曾國藩寄給左宗棠的信件，左動不動就不予回複。以至於曾國藩在一封信中這樣抱怨道：“每有大調度，常以緘、谘敬商尊處，公每置之不論，豈其未足與語耶？抑自足而拒嘉謨耶？盍亦箴砭而推挽之？”與左宗棠的合作中，曾國藩不得不又一次回到忍氣吞聲、逆來順受的角色。和別人他不好說什麼，隻能對親兄弟一吐肝肺。同治二年（1863）五月初二，他在致曾國荃的信中這樣說：“餘因呆兵太多，徽祁全借左軍之力，受氣不少。此後餘決不肯多用圍城之呆兵矣！”鬱怒之態，溢於言表。
不論有多少不愉快，曾左二人關係表麵上還是過得去的。雖然左宗棠說出“公與弟均尚氣好辯，彼此爭論，更涉形跡，於大體多所窒礙也”之類的重話，但雙方從來沒有撕破麵皮。因為曾國藩位為兩江總督，左宗棠是浙江巡撫，名位畢竟在曾國藩之下，不得不時時壓製自己的氣焰。但當左宗棠升任閩浙總督，與曾國藩地位相等後，二人的衝突就開始表麵化了。