麵對左宗棠措辭尖銳的質問，曾國藩采取了一如既往的忍讓態度，沒有進行過多的解釋和爭辯，但難免不心存芥蒂。在曾氏大營中人看來，左宗棠此舉證明，他已經可以步沈葆楨之後，取得“絕無良心科”的第二名了。曾左二人日後關係日漸疏遠，在此就打下了深刻的伏筆。何況成為總督之後，左宗棠與曾國藩的書信往來又恢複了舊日飛揚跋扈指手畫腳之態。筆記中有這樣一條記載：（左宗棠）一日來谘，極詆文正用人之謬，詞旨亢厲，令人難堪。文正複之雲：“昔富將軍谘唐義渠中丞雲：‘貴部院實屬調度乖方之至。’貴部堂博學多師，不僅取則古人，亦且效法時賢，其於富將軍可謂深造有得，後先輝映，實深佩服，相應谘覆雲雲。”以曾國藩之修養，如非鬱怒已極，絕不會以這樣的嬉笑怒罵尖酸刻薄來回應左宗棠。雙方的關係，至此已經陰雲重重。然而就在此時，左宗棠又給了曾國藩重重一擊。
太平軍為了解天京之圍，對湘軍展開突然反攻，大舉攻入了皖南。左宗棠認為這是曾國藩調度不力、防備不當所致，在未和曾國藩商議的情況下，直接向清廷建議，簡派楊嶽斌來督辦江西、皖南軍務。這一建議的實質，是要從曾國藩的轄區範圍內分割出江西、皖南，清廷早就想收縮曾國藩的兵權，接到此奏立即批複同意。這顯然是對曾國藩權勢和威信的一次嚴重打擊。以曾國藩之城府涵養，對此事未置一詞，但他的幕客們卻情緒激烈，紛紛破口大罵。曾國藩的得意門生趙烈文在他的日記中說，見左宗棠《請飭楊嶽斌督辦江西、皖南軍務片》，字字為自己表功，句句給曾國藩抹黑：按此折……旁敲側擊，複見金陵之兵力甚充，不必視為過重，及曾中堂之用人，未能盡人之長。寸楮之中，凶鋒四射，似乎天下舍己之外，更無公忠體國之君子。籲！險矣。
“天下舍己之外，更無公忠體國之君子”，趙烈文一語，道出了左宗棠的心事。左宗棠以居心正大為恃，對老同事、老朋友突然襲擊，這種事以後還多次發生。這種襲擊表麵上當然是以“大清王朝根本利益”為出發點，但背後卻經常隱藏著強烈的“爭雄心態”。事實證明，清廷選擇左宗棠來作為分化湘軍的突破口實在太準確了。在整個湘軍集團中，左宗棠是唯一一個始終要越曾國藩而上的人。左宗棠的這一舉動，正式宣告曾左解體。
清廷見分化政策收到效果，從此更加放手扶植左宗棠的勢力。經過三年苦戰，左宗棠攻克杭州，清廷因此於同治三年（1864）三月特加左宗棠以太子少保銜，並賞穿黃馬褂。及至當年十月，左宗棠奪得浙江全省，被清廷封為一等伯爵，並賜爵名“恪靖”。功名之順遂，出乎所有人的想象之外。