左宗棠的目的果然達到了，朝廷勃然大怒。慈禧太後萬萬沒想到素稱老實厚道的曾國藩居然敢如此欺君罔上。於是降下嚴旨，切責曾國藩：據曾國藩奏：洪福瑱積薪自焚；茫無實據！似已逃出偽宮。李秀成供：曾經挾之出城，後始分散；其為逃出，已無疑義。湖熟防軍所報斬殺淨盡之說，全不可靠！著曾國藩查明。此外，究有逸出若幹？並將防範不力之員弁從重參辦！這道諭旨語氣空前嚴厲，不僅指責曾國藩以前的奏折“茫無實據”、“全不可靠”，而且要嚴懲曾國藩的部下，“將防範不力之員弁從重參辦”。不要說慈禧主政以來，對曾國藩一直是客客氣氣，就是對曾國藩不太感冒的鹹豐皇帝，也從來沒有說過這樣的重話。曾國藩的自尊心受到了空前打擊，聲譽也大大跌落。
從表麵上看，幼天王的生死，確實是關係到清王朝根本利益的重要問題，左宗棠忠心王事，不顧私情，第一時間將偵知到的情報上奏朝廷，大義凜然，光明正大。薛福成在《庸庵筆記》中就說：“左公不感私恩，專尚公議。”但問題是，左宗棠並非從不感私恩。當初他身陷樊案，潘祖蔭營救頗力，他就一直念念不忘，發達之後，每年都送以厚禮，僅僅冬天的“炭敬”一項，照例為一千兩。後來在陝甘總督任上，他弄到了一件極不尋常的古董，送給已經受到革職處分的潘祖蔭，以表安慰之意。這件古董的分量如何？隻用一句話就可以說明：它名為“大盂鼎”，後來成為了中國曆史博物館的鎮館之寶。
可見他如果想報私恩，也可以做得很漂亮。
如果論恩情，曾國藩對左宗棠並不亞於潘祖蔭。曾國藩在他進身之路上，一路扶植提攜。而左宗棠與曾國荃，更是多年情投意合，即使是在他有憾於曾國藩之時，和曾國荃關係也一直非常良好。他如此處理此事，實際上受更大打擊的是曾國荃，因為曾國荃才是直接責任人。因此這種做法無疑太令人費解了。
但是如果考量一下事件發生的時機，我們可以清晰地看出，推動左宗棠做出此事的，是糾結了他一生的“瑜亮情結”。
如前所述，左宗棠平生以諸葛自命。“每與友人書，自署老亮，以武侯自比。且曰今亮或勝古亮。”然而一個舞台上，隻能有一個主角。同一時代，怎可以有兩個諸葛？潘祖蔭對左宗棠的功名地位隻有幫助，從無妨礙。所以左宗棠對他的感謝，慷慨而充分。除了送過一隻大鼎外，他還在書信中這樣表達過感激之情：“（潘祖蔭、宗稷辰）皆與吾無一麵之緣，無一宗之交，留意正人，見義之勇，非尋常可及。”而對曾國藩，他從來沒有表達過感激之意，每提起曾氏，他心中總會湧起一股難言的怨氣。原因隻有一個，那就是曾國藩在舞台當中占據了本來應該屬於他的“主角”位置。曾國藩正是直接阻礙他成為“今亮”的罪魁禍首。