1.醫經診法類卷子
醫經診法類包括《內經》、《傷寒論》、《脈經》的片段和托名張仲景的《五髒論》以及《玄感脈經》、《不知名脈法殘片》、《明堂五髒論》等13種。內容涉及五髒、經脈、腧穴的生理病理，有些是對《內經》等古籍的進一步補充和發揮，有些則是與傳世古醫籍不同的理論。如伯·3477《玄感脈經》有：“九髒者，形髒四，頭角、耳目、口齒、胸中也；神髒五……”明確指出“頭角”的功能是“識精之主”。關於伯·2115卷子，馬繼興在《敦煌醫藥文獻輯校》和《敦煌古醫籍考釋》將本卷子定名為《張仲景五髒論》，叢春雨則定名為《張仲景伍藏論》，趙健雄將書名厘定為張仲景伍髒論人，關於本卷子撰著年代，馬繼興根據文中內容考為六朝末，抄寫年代據避諱字認為在唐代初期7世紀；趙健雄認為撰著年代在隋或唐代；譚宗達、請謹翔認為撰著年代為唐朝。
2.醫術醫方類卷子
醫術醫方類古籍有42種，大多不知書名及撰者，記載1000餘首醫方。內容廣泛，涉及內、外、婦、兒、五官、皮膚，此外還有大量美容長壽方沙啪法諸如貼敷、熏洗、摩膏、溻漬等數十種。充分體現了防治一體的學術思想。考察醫方年代，認為其中除個別是見於前代醫學方書的古方外，多是六朝隋唐醫家通過臨床驗證的有效驗方（包括單驗方）。如在《輔行訣髒腑用藥法要》中五首救卒死中惡方，有用硝石、雄黃散劑著舌下治療中惡、急心痛、手足厥冷等急救措施，早於西方硝酸甘油舌下含服治療急性心肌梗死千年。
3.針灸類卷子
敦煌針灸類卷子共有6種，原卷缺書名、標題及撰人。但斯·6168，斯·6262據馬繼興考證出自唐季惜。此卷子係將灸法治療所用經穴，分別貼記在多幅人體圖上。伯·2675，卷子首題《新集備急灸經》，根據考證知其原初刊於唐代。該卷為寫繪本，卷子正、背兩麵連續寫繪，馬繼興將正麵稱之為甲卷，背麵稱之為乙卷予以研究。伯·3247，正、背兩麵書寫，馬繼興稱其為《人神流住》殘卷，原撰人及撰年均不詳，據考證本卷子抄寫年代晚於公元926年。《灸法圖》、《灸經明堂》撰寫人及撰繪年代均無從考證，但根據字體、文體、封存時間等，其撰著年代多係唐代或是唐以前作品。
4.本草類卷子
本草類卷子有4類8種。龍·530為梁·陶弘景《本草經集注》。唐·蘇敬等《新修本草》4種為斯·4534，名為新修本草；伯·3714的新修本草以及編號為伯·3822的新修本草和新修本草許裏序例。此外，還有《食療本草》一卷，編號為斯·76；《殘本草》一卷，卷號為斯·5968.前三種手抄本都有部分佚文保存於傳世古醫書中，而後一種卷子脫失較多，經考證多不見傳本問世。
5.藏醫藥類卷子
敦煌古藏醫藥卷子有5種。編號分別為伯·T1057、伯·T1I44、伯·T127、伯·18·017以及Indiaoffice56·57.其主要內容為火灸療法和灸法圖，為研究藏醫藥起源提供了寶貴資料。
6.道醫藥類卷子
道醫藥卷子有5種。編號分別為伯·3043、伯·4038、斯·5795、斯·2438以及羅振玉家藏的《療服石方》。卷子的書名、撰著年代以及抄寫年代不明，屬於古佚書佚文類。其中《絕穀仙方》從避諱字角度考察其抄寫年代約為公元874-994年間；《道家養生方》抄寫年代為公元684年以後，是唐代寫本；《殘辟穀方》抄寫於唐代；《服氣休糧及妙香九子方》抄寫於公元684年以前；《療服石方》也為公元684年以前的唐代寫本。
7.佛家類醫藥卷子
佛家類醫藥卷子有9種。編號分別為伯·2665、伯·3230、伯·3777、伯·3244、伯·2637、伯·2703、伯·3916以及斯·6107、斯·5598.原卷多殘缺不全，據考多為隋唐時代作品。此外還有醫事雜論類的卷子17種。多首尾殘缺，撰寫和抄寫年代不詳。值得進一步整理研究。
第三節 敦煌醫藥的研究價值
在提到研究敦煌醫學卷子的價值時馬繼興研究員說：敦煌醫學卷子彌補了隋唐前後時期醫學文獻的一大空白，極大地豐富了隋唐前後醫學典籍寶藏。為古醫籍的校勘和輯佚提供了重要資料，並充分反映了隋唐時期醫藥學術的光輝成就。它的挖掘和整理研究解決了在醫史研究中長期存在的有爭議的問題。
1.豐富了隋唐前後的醫學典籍，尤其豐富了魏晉南北朝的醫學文獻
敦煌醫學卷子主要是隋唐五代寫本，不少是目前能見到的最早原件稿本，有的卷子編撰時間更早。如伯·3481是現存最早的《靈樞經》殘斷；伯·3287卷子的內容是王冰編次補注《黃帝內經素問》之前的文字。伯·3714是《新修本草》最近古抄本，比日本傳本還要早六十多年。尤其值得注意的是有一些六朝時期的寫本，如龍·530卷子經多人考證（小川琢治、範行準、馬繼興等）認為是六朝寫本；再如《亡名氏脈經第一種》根據馬繼興推測其撰年也在六朝時期。此外，隋唐時期的寫本必然蘊涵著魏晉南北朝的學術思想，為這一時期學術思想研究提供巨大的參考價值。就內容而言，敦煌醫學卷子中有些是首次發現而未見傳世的古醫籍，如斯·5614《平脈略例》、斯·6168灸經圖卷、伯·3655《明堂五髒論》、伯·3477《玄感脈經》等等。此外，通過對《輔行訣髒腑用藥法要》的研究，發現了不少久已失傳的古代“經方”。根據馬繼興考證，《輔行訣髒腑用藥法要》一書雖非梁·陶弘景原著，但係隋唐時人傳錄陶氏佚文而成。文中記載有小、大“六神”湯方。而今本《傷寒論》中隻有四神中的三神，而敦煌本則完整無缺。《輔行訣髒腑用藥法要》還輯錄了古醫方類著作《湯液經法》及《桐君采藥錄》兩部古書部分佚文。
2.為古醫籍的校勘和輯佚提供了重要資料
我國的一些重要醫籍，或原書早佚，僅在後世著作中引有佚文；或今雖有傳世本，而需校勘者。敦煌卷子中保留的原書古抄本，為這些古籍的輯佚和校勘提供了可靠的資料。如伯·3287《三部九候論》是組成《素問·三部九候論》一篇的重要原文，因而可校勘該篇；伯·3481《病形脈診》可供校勘今本《靈樞·邪氣髒腑病形》等等。由唐代政府組織官方撰著的《新修本草》，自宋代以後早無傳本。敦煌遺書中有關《新修本草》的卷子有4種，即斯·4534、斯·3822、伯·3714、及李氏舊藏（甲、乙、丙、丁各本），均係早期不同的傳本。再如《食療本草》原書早佚，僅存佚文，斯·76《食療本草》殘卷即為其早期寫本之一。敦煌卷子的抄寫年代下限為公元1060年左右，大多為唐代寫本，從而為醫學史考證工作提供了有力的依據。