秦檜先拿出他準備好的議和方案，讓高宗簽了字，然後一個人主持議和談判，不許其他大臣幹預。在議和時，金國派來的使節帶來了議和國書，非要高宗跪拜不可，否則，議和不成。正在萬分為難之際，秦檜引經據典，說是高宗守喪未滿三年，不能處理國家大事，如果行此大禮，既屬不孝，又屬不吉。金朝使者這才勉強應允，由秦檜代行皇帝職權，跪在金使麵前，在和約上簽字。
後來，金兀術以“與未交通，倡議割地”為理由，處死了撻懶。當然，金朝也就不再以議和為方針，而是要長驅直入，滅亡南宋。於是，在秦檜簽訂和約之後一年，金兀術就率兵南下，陝西、河南諸州紛紛陷落，秦檜十分震驚。
秦檜狡猾奸詐的個性無不貫串於他賣國禍國的始終。金人撕毀盟約，秦檜議和無效，恐怕要遭貶黜了。他為了弄清高宗對金兀術入侵的真正態度，就派了一位心腹大臣前去試探。此人見到高宗，試探著問：“金軍長驅直入，陝、豫諸州陷落，抗金將領雖有陷州之責，但畢竟忠勇，尚可委以重任，使之繼續領導抗金。”高宗聽了此話，拍案大怒道：“寧可亡國，我也不用這些人！”秦檜得到了這一消息，心也就放回肚子裏去了。
但抗金名將嶽飛在河南連連打勝仗，在劉錡的協助下，在公元1140年的五六月間，嶽家軍和金軍進行了幾次大戰，結果使金軍的十萬人馬死傷過半，收複了蔡州、鄭州、洛陽等地。金兀術聞嶽家軍到來，就恐懼後逃，真有聞風喪膽之勢，很多金將，已準備降宋。在這種形勢下，嶽飛準備乘勝追擊，他豪邁地與諸將說：“直抵黃龍府，與諸公痛飲耳！”
前線的勝利卻嚇壞了秦檜和高宗。秦檜怕金兀術向他問罪，高宗在經曆了苗傅和劉正彥兩位將軍叛亂之後，也心有餘悸，深恐將領勢大，難以控製，所以也不願嶽飛繼續北上。正當嶽飛雄心勃勃地準備大舉進攻之際，秦檜卻以高宗的名義命令劉錡、嶽飛“擇日班師，不可輕進”。不久，嶽飛又在朱仙鎮大敗了金兀術，準備渡過黃河，乘勝追擊。
這下秦檜慌了手腳，叫宋高宗發出緊急金牌，催逼嶽飛撤軍。嶽飛接到第一道金牌，正在猶豫，送金牌的快馬又到了。從早到晚，快馬一個接一個，一連接到十二道金牌。嶽飛知道要改變高宗的決定已經沒有希望，氣憤得淚流滿麵，說：“十年之動，毀於一旦。”嶽飛收複國土的宏圖大誌，就這樣不得不半途而廢。
宋高宗紹興十一年（公元1141年）四月，秦檜以明升官職、暗奪軍權的辦法把韓世忠、嶽飛等人召入朝廷，“論功行賞”，並削去了他們的兵權。
金兀術聽到南宋這一自毀長城的消息後，十分高興，當即又做出一副重整軍馬、進攻南宋的樣子，威脅南宋把淮河以北土地全部割讓給金國，並要殺掉抗金最為堅決的將領。
於是，秦檜開始精心組織安排，準備殺掉嶽飛等人。他先派諫官萬俟楔製造、收集偽證，然後又收買了嶽家軍的重要將領張憲的部將王貴、王俊等人，令王貴、王俊誣告張憲和嶽飛的兒子嶽雲，把張憲和嶽飛捕入獄中。在送交高宗的“罪證材料”中，有一封偽造的書信，其中有嶽飛令張憲舉兵之辭，高宗看了，驚懼不已，立即批準逮捕嶽飛。
嶽飛被人騙入大理寺，他看到嶽雲、張憲遍體鱗傷，不禁怒火中燒。他袒出脊梁，露出母親所刻的“精忠報國”四個字，在場諸人無不震驚。審問官何鑄在審查材料時見所告不實，就向秦檜請求撤銷此案。秦檜當然不肯，把案子轉交同黨萬俟楔審理。嶽飛等人雖經嚴刑拷打，始終一言不發。在迫害嶽飛的過程中，秦檜已代表南宋同金兀術簽訂了“和約”，規定兩國以淮水為界，割唐、鄧二州與陝西諸地；歲貢銀兩、絹匹各二十五萬；北方人流寓江南者，任其歸回舊地。高宗不僅滿口答應，還心存感激，連忙發誓同意，這就是宋金對峙史上的第二個“和約”，史稱“紹興和議”。
嶽飛被關已兩月餘，秦檜等人還是找不到足夠的證據，在逼迫嶽飛簽字畫押時，嶽飛寫下了“天日昭昭、天日昭昭”八個大字。後來，秦檜在老婆王氏的慫恿下，發出密令，將嶽飛、張憲、嶽雲等人處斬。在行刑之時，還叮囑多設防衛，以免有人劫法場。對嶽飛的親朋故舊，也不放過，殺戮流放，極盡迫害之能事。