奕訢離開熱河後，肅順等人頓時感到輕鬆了不少。這時的熱河看似平靜，但平靜的下麵，卻隨時可能掀起滔天的巨浪。
早在奕訢回京之前，兩宮太後與肅順等人發生矛盾的傳聞即通過各種渠道傳到了北京，在奕訢的授意下，“北京派”的重要人物、內閣大學士周祖培首先采取行動。說到這裏，卻要簡單介紹下清廷的中央部院製與“三朝老臣”周祖培。
與其他朝代不同的是，清朝時的中央六部設立滿漢雙尚書製，當時肅順和周祖培曾在戶部分任滿漢尚書。周祖培學識淵博，名望甚高，而且比肅順年長二十多歲，但肅順為人專橫，根本就不把周祖培這個漢尚書放在眼裏，還時不時地對周祖培進行諷刺挖苦、排擠打擊，兩人矛盾極深。
有一次，部裏文件已由周祖培批閱過了，肅順裝作不知道，故意問：“這是誰批的啊？”辦事人低聲說：“周中堂批過了。”肅順鼻子一哼，咧嘴就罵：“呸！不過是一幫吃幹飯的混混，哪裏懂什麼公事！”說完，他竟拿起筆將周祖培的畫諾一筆勾銷。受此奇恥大辱，周祖培卻懾於肅順的淫威而不敢表露。最後，在肅順的排擠下，被逼得沒辦法的周祖培隻好請辭戶部尚書這個有權有勢的大肥缺，而甘任有名無實的內閣大學士。
君子報仇，十年不晚。在得知慈禧和奕訢的用意後，周祖培決定抓住這次機會，將肅順等人徹底扳倒。他的第一招兒，就是授意自己的得意門生、時任山東道監察禦使的董元醇寫一篇《奏請皇太後權理朝政並另簡親王輔政》的奏折，這也是政變的第一聲號角。
在這份奏折中，董元醇提出兩個極為重要的建議：一是皇帝年幼，國家又在危難中，皇太後理應出來掌理朝政，左右不得幹預；二是從親王中簡派一二人輔政，防止皇權旁落。
董元醇隻是個小棋子，這個奏折也隻是棋局的開始而已。奏折的意思很明顯，就是為慈禧太後垂簾聽政和恭親王奕訢輔政而造勢，並以此來試探一下八大臣的態度。果不其然，董元醇的奏折到達熱河後，當時就像是投下了一枚重磅炸彈，將兩派政治力量的矛盾完全暴露無遺。
看過董元醇的奏折後，八大臣立刻暴跳如雷：這等於是把權力從八大臣手裏剝奪，轉移到太後和親王的手中；這等做法，完全是和鹹豐的遺詔對著幹，和八大臣對著幹！難道這個董元醇吃了豹子膽了，竟然敢置清朝祖製與大行皇帝遺詔於不顧，把自個兒腦袋往閻王爺那裏送？要知道，清朝曆來嚴禁後妃、太監乃至親王幹政，敢在奏折中公開提議讓太後垂簾聽政和親王輔政，這豈不是找死嗎？真可謂“是可忍，孰不可忍！”
令肅順等人感到震驚的是，董元醇這個公然違抗先帝遺詔的折子竟然被慈禧“留中不發”。心急火燎之下，八大臣立刻責成某軍機章京擬定批駁董元醇奏折的諭旨。初稿擬好後，八大臣之一的焦祐瀛覺得此稿語氣平和，言辭不夠激烈，於是自己親自捉刀一篇，其中對董元醇請求“皇太後垂簾聽政和親王輔政”的建議用八個字大加批駁，即“是誠何心，尤不可行”。文末，焦祐瀛要求對董元醇嚴加懲處，以儆效尤。其他七大臣讀後，交口稱讚，不料此稿上去後，慈禧仍舊不予理會而將折子“留中不發”。
當時的慈禧很冷靜，她有意將董元醇的奏折“留中不發”，表示對這個奏折很重視；同時，她又以此來試探一下八大臣的反應。果然，八大臣這下坐不住了，他們竟然不顧君臣禮節而向兩宮太後反複催要，不達目的，誓不罷休。
被逼無奈之下，兩宮太後抱著小皇帝於八月十一日召見八大臣，但她們卻要求將董元醇的奏章交由群臣共商。八大臣當然不是傻子，豈肯輕易答應！隨後，兩宮太後和八大臣展開激烈的論辯，當時氣氛極其緊張，隻見鄭親王端華滿麵怒容，言辭激烈，根本不把兩宮太後放在眼裏；軍機大臣杜翰出口不遜，公然頂撞，口口聲聲稱不能奉命；肅順更是含譏帶諷，輕蔑有加，稱兩宮太後不過是內宮中侍奉皇帝的女子，怎懂得什麼軍國大事！