就在當天晚上，肅順護送鹹豐的靈柩駐於密雲縣時，醇郡王奕譞和睿親王仁壽已經帶著大隊親兵趕來，他們在解除了肅順隨從的武裝後，隨即一腳踹開肅順的臥室大門，這時肅順居然還橫臥在床上與他的兩個小妾調笑。隨後，肅順也被送到宗人府關押。一日之內，三個首犯全部擒拿歸案。
在宗人府見到載垣和端華後，仍不服氣的肅順怒道：“真後悔沒早治此賤婢（慈禧）！你們要是早聽了我的話，怎麼會落到今天這個下場！”端華垂頭喪氣地說：“事情都這樣了，還有什麼好說的！”載垣則連聲抱怨說：“我當時真不該聽你的話！”原來，肅順曾計劃暗中謀害慈禧，但遭到了端華和載垣的反對。婦人之仁，終成大錯。
慈禧和奕訢導演的整個政變，從計劃到實施也不過用了三天時間，可謂迅雷不及掩耳。據京師某官員記載：政變當天（九月三十日），上午烏雲密布，天色陰沉，風聲不止，到中午才風開雲散。天意如此！
八大臣最後的結果是：載垣、端華賜令自盡，肅順被判斬立決；其餘五人，景壽因是額駙（鹹豐的姐夫），被革職但保留公爵；軍機大臣穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛均被革職，尚屬從寬處理；肅順和當年順天科場舞弊案的柏葰一樣，被斬於菜市口。柏葰被殺前曾說，“肅六他日亦必同我一樣”，冥冥之中竟有報應！
由於為人嚴苛，肅順的群眾基礎極差。在被押赴刑場的途中，有許多因科考案和戶部舞弊案中受到牽連的人聽說要殺肅順，都一路跟著去看熱鬧，他們一邊高呼：“肅老六，你也有今天”，一邊拿泥巴瓦礫往肅順的囚車上扔。不一會兒，肅順的身上和臉上全是泥巴，麵目全非，不可辨認。
臨刑前，肅順仍對慈禧罵不絕口。為防止他說出更難聽的話，劊子手以刀背築其口，肅順齒舌皆爛，猶噴血大罵不止；劊子手令肅順跪，肅順卻挺立拒絕，最後被大鐵柄打斷腿，這才撲地受刑，此人脾性之剛烈，亦屬罕見。
就在政變的當天，兩道奏章同時送到兩宮太後的手中。一道是大學士賈楨、大學士周祖培、戶部尚書沈兆霖和刑部尚書趙光的聯名上奏；另一道是護送鹹豐靈柩的將領勝保的上奏——兩道奏章都是請求兩宮太後早日垂簾聽政的。
一朝天子一朝臣，在令載垣和端華自盡並將肅順斬立決後，朝中一些大臣們人心惶惶，生怕慈禧和奕訢等人會做進一步追究，大搞株連，危及自己的前途命運乃至身家性命。但讓他們吃驚的是，這次政變除了處置八大臣外，其餘也隻處分了其他六名與肅順來往密切的官員和相關太監。除此之外，並沒有其他人受到牽連。慈禧的做法，這和肅順當權時動輒就是懲處幾十乃至上百家的動靜相比，簡直是天壤之別。
在從肅順等人家中抄得書信及賬簿時，很多曾與肅順等人書信來往的人感到惶惶不可終日，但讓人叫絕的是，慈禧命令將這些書信及賬簿一把火全部燒掉，如同當年的曹操所為。這一舉措，不僅為慈禧贏得了“恩澤惠下”的好名聲，也著實體現了其政治權謀的好手段。
某清宮詞說：“北狩經年蹕路長，鼎湖弓劍黯灤陽；兩宮夜半披封事，玉璽親鈐同道堂。”通過一係列的鬥爭與政變後，慈安和慈禧兩個年輕的女人終於走出她們的深宮，隨後一步步走向了男人們的權力場。由於當時八大臣給小皇帝擬定的年號是“祺祥”，所以曆史上把這次政變稱為“祺祥政變”，而這年是辛酉年，因此也被稱作“辛酉政變”。