據此說法，後來同治花柳病毒發，毒瘡在臉上和背上陸續出現，想遮也遮不住，隻好傳太醫來診治。太醫看後大驚，知道皇上染的是梅毒，但又不敢公開說，隻得反複請示慈禧太後是何病症。慈禧太後看後說怕是天花，便讓太醫施以治痘之藥。
藥不對症，當然無效。同治病情越來越嚴重，日益躁怒，大罵道：“朕患的不是天花，怎麼用天花的治法？”太醫回奏說：“這是太後的命令。”同治大恨，但也無可奈何。據說，同治死的前幾天，下部潰爛，臭不可聞，腰腎處潰爛而死。
更離奇的是，也有人說同治得性病不是梅毒而是因為同性戀。當時有個陪太子讀書的翰林侍讀王慶祺，其年紀不大，人也長得英俊瀟灑，特別善於揣測同治的心思，行阿諛奉承之能事。王慶祺在南書房陪皇上讀書時，頗得同治的歡心，王慶祺本隻是五品官，後來同治給他加了二品銜，任毓慶宮行走（相當於皇帝助理）。
據說，有一太監曾經看見同治與王慶祺很親密地坐在一起，在很專注地看一本小冊子。太監假裝給兩人倒茶而偷偷看了一眼，發現居然是本《秘戲圖》，是當時豐潤縣所賣的黃色畫冊精裝版。這兩人躲在一起，看得是津津有味，居然沒發現太監在旁邊經過。另外，還有人見同治和王慶祺兩人躺在床上一起說話，猶如當年漢哀帝和董賢的故事，說不定有同性戀之嫌疑。作為旁證的是，同治死的當天，慈禧便下諭將王慶祺革職，永不敘用。這就更讓人覺得，同治和王慶祺恐怕是真有一腿了。
同治到底是死於天花還是梅毒，從清宮檔案中的記載來看，應該是死於天花。當時敬事房太監根據禦醫李德立、莊守和給同治治病的脈案及其服藥情況都做了詳細記錄，當時症狀和服藥情況都顯示是天花。至於同治病情為什麼會在後期突然惡化，可能是因為皮膚感染炎症導致，並最終引發全身衰竭而死亡。另外，從當時同治師傅翁同龢所記錄的日記來看（他當時負有監督禦醫並查看脈案與處方之責），其記載是和宮中的記載是相符的。而且，梅毒的發病潛伏周期很長，如果真是全身潰爛而死，至少也要5年以上，而同治當時尚未滿20歲，患梅毒顯然不太可能。
不管怎麼說，同治這個天性頑劣的皇帝終於走了，他甚至沒有來得及過他的20歲生日。同治十三年十二月初五（1875年1月12日）晚，紫禁城裏一片哀聲，太監們迅速卸下火紅的宮燈，王公大臣們摘下鮮亮的帽纓，宮中很快便被茫茫白色所籠罩。
年輕時喪夫，中年時喪子，作為女人，慈禧也的確夠命苦的。慈禧隻有一個孩子，那就是同治。可如今，在她剛剛過完四十大壽後，同治死了，這種切膚之痛是難以言表的。
應該說，同治的死比當年鹹豐的死對慈禧的打擊更大，因為當年政變成功後，慈禧好歹還有同治可以倚靠，將來還有點兒盼頭；可如今同治年紀輕輕就死了，慈禧自此“境遇大變，希望皆絕”，對隨後政局也帶來極大的負麵作用。換句話說，慈禧之前勤勉為政，那是希望給親生兒子打好江山的基礎，那之後呢？這份責任心肯定要大打折扣了。
同治的早夭，或許是慈禧做夢也不會想到的。身為母親，她曾對兒子寄予無限的厚望，但最終卻落得如此結果。隨著同治匆匆地離開這個世界，慈禧悲痛的淚水中，有幾分酸楚，幾許無奈，又有誰人知？