慈禧心頭竊喜，後來便開始逐漸放肆。某日，慈安太後到慈禧住處，兩人談了一會兒話後，宮女送上一盒月餅，慈安嚐了一個後覺得味道很好，說這似乎不是禦膳房裏做的吧？慈禧說不是，這是自己妹妹家做的，姐姐要是喜歡的話，明天再給你送過去。慈安太後說太麻煩了，就算了吧。慈禧說，我們姐妹何必見外，我妹妹家就是你妹妹家。
過了幾天，慈安太後果然收到了慈禧送來的月餅，樣式和味道和上次吃到的沒什麼兩樣。不料，當天晚上慈安太後便覺得腹痛難忍，禦醫來後也束手無策。沒過多久，慈安太後便含恨去世，估計就是慈禧在月餅中下了毒。
慈安太後被慈禧用毒餅害死及鹹豐密詔事均來源於惲毓鼎的《崇陵傳信錄》，惲毓鼎曾擔任過光緒皇帝的日講起居注官。此後，這兩種說法又被各種野史加以誇大演繹，不過這些故事情節固然生動有趣，但終究禁不起推敲。如熟稔清宮掌故的著名學者金梁即對此提出質疑：“近人依托宮闈，流言無實，尤莫甚於惲氏筆錄所載孝貞暴崩事。即雲顯廟手敕焚毀，敕語何從而知？食盒外進，又誰確見？惲氏曾事東朝，橫造影響無稽之言，後之覽者，宜深辟之。”
事實上，慈安和慈禧這兩宮太後的關係一向比較融洽，並不存在什麼尖銳的矛盾。慈安雖貴為中宮之首，但她本人識字不多，又為人和善，對政治也沒有興趣。如曾出使歐洲的薛福成即記載說，“東宮見大臣，呐呐如無語者。每有奏牘，必西宮為誦而講之，或竟月不決一事。”所幸的是，慈禧則對政治頗有天賦，正好彌補了慈安的缺陷。在兩宮太後的垂簾聽政安排中，慈安德高望重，慈禧才幹突出，可謂相得益彰。在近三十年的時間裏，宮中的兩個重要女人一直保持了相對和諧與穩定的關係，這在以往的後宮曆史中都是不多見的。
當然，慈禧與慈安也不是完全沒有矛盾，如前麵提到的安德海被殺和同治選皇後之事。安德海是慈禧太後寵信的太監，他在出京南下途中被山東巡撫丁寶楨殺掉，這得到了慈安太後和恭親王奕訢的支持；另外，同治選皇後時，他違背了慈禧太後的意旨而選擇了慈安太後看中的阿魯特氏，這讓慈禧感到十分鬱悶，她無法理解和原諒的是，自己的親生兒子竟然會將慈安太後置於比自己更高的地位。
但是，這兩件事尚不足以證明慈禧對慈安懷恨在心，因為殺安德海的丁寶楨後來非但沒有被慈禧太後非難，反而一升再升，死後還獲得了“文誠”的諡號；而對於同治和皇後的不滿，隨著這兩人的先後離世，慈禧也似無必要記恨於慈安太後。
由此看來，說慈禧謀害了慈安顯然隻是民間傳聞，並沒有確鑿的證據支持。事實的真相很可能是，慈安太後的確是突然發病而亡。當時，光緒的師傅翁同龢兼任禮部尚書，由於其負責辦理了慈安太後的喪儀，因此得以了解慈安太後的整個發病過程和死因。
日記中，翁同龢記載了慈安太後發病後的脈案、藥方和病情進展狀況：“晨方：天麻、膽星；（脈）按雲類風癇甚重。午刻一（脈）按無藥，雲神識不清、牙緊。未刻兩方雖可灌，究不妥雲雲，則已有遺尿情形，痰壅氣閉如舊。酉刻，一方雲六脈將脫，藥不能下。戌刻（晚八時前後）仙逝。”
由此可以看出，慈安太後是突然發病，並有神識誌不清、牙關緊閉、尿失禁和痰壅氣閉的臨床症狀，而禦醫脈案中判斷的“類風癇甚重”，其實就是現在所說的腦中風，或者說是現代醫學中說稱的腦血管疾病。