光緒初年，張之洞、張佩綸、黃體芳、寶廷四人被合稱“翰林四諫”，在當時政壇上鋒頭極健，為士人所矚目。午門案發後，清流派官員激憤異常，決心一逞鋒芒，討個公道。張佩綸最先看到午門案的上諭，於是便告訴了時任翰林院左庶子的張之洞，後者又去找了右庶子陳寶琛，兩人一商議，便決定分別上奏。
陳寶琛寫了一折一片，指出護軍是奉職行令，如此處罰將造成護軍不敢嚴守禁門，以後太監隻要說聲“奉有中旨”，護軍便不敢阻攔放行，勢必造成嚴重後果。寫好後，陳寶琛讓人送給張之洞征求意見，張之洞覺得奏片的口氣太激烈，勸他不要上奏。這時，張佩綸來訪，看了奏片後拍手稱讚，連說不用可惜，於是陳寶琛便將一折一片同時上奏。
與此同時，張之洞也寫了一個很長的奏折上奏。奏折中，張之洞沒有為護軍辯護，而從防範太監的角度入手，以曆史教訓為鑒，警告慈禧要防止宦官專權。不僅如此，張之洞還特意舉出嘉慶年間有太監內應的“林清之變”及其當時發生的“天棚火藥案”“劉振生擅入宮禁案”，以加強他的觀點。
張之洞與陳寶琛的奏折幾乎同時上達，慈禧接到後反複思量，特別是張之洞所提到的“天棚火藥案”和“劉振生擅入宮禁案”，更是讓她覺得事態嚴重。說來也巧，“午門護軍案”後，宮中又連續發生了兩個案子，其一是內務府工匠在拆除宮殿遮陽防暑的天棚時，在長春宮的屋頂天棚上發現了大包黑火藥和引信。長春宮是慈禧的住所，此案案情重大，當時內務府都不敢將此事稟告病中的慈禧太後。
不料此事尚未查明，又發生了“劉振生擅入宮禁”的事情，而且這次還讓慈禧親自撞見了。原來，就在當年十一月初八中午，慈禧太後在路過體元殿西配殿時，居然發現一個身穿老羊皮襖的中年漢子坐在台階上一邊抽煙，一邊吐痰，猝然間這麼一碰上，慈禧是氣得差一點兒暈過去。經審問後，得知此人名叫劉振生，他認識一個名叫魏豐的蘇拉（宮廷雜役），於是央求魏豐帶他進宮長長見識，一飽眼福。這個魏豐也是不知死活，竟真的把他帶入宮內。由於午門案的教訓，這段時期護軍不太敢盤查太監、蘇拉，於是兩人安然入宮。入宮後，魏豐有事走開了，老劉胡走亂走，不巧被慈禧撞見。此事發生後，神武門當值護軍及劉振生所經各處值班失察的太監，一大批人都受到嚴厲的處分，劉振生則被斬立決。
在張之洞和陳寶琛兩人奏折的警示下，慈禧宣布撤銷之前午門案的處罰上諭，交刑部重新改判：玉林改為杖一百，流二千裏，福祥改為杖一百；忠和改為杖一百，圈禁二年；嶽林免交部議處；太監李三順責三十板；首領太監劉玉祥罰月銀六個月。
據說，稟理此案的恭親王奕訢在反複閱讀張之洞和陳寶琛的奏折後，拍案讚歎：“這才是真奏疏！”客觀地說，恭親王的讚譽並非虛讚，在慈禧盛怒、百官緘口的情況下，清流黨人敢於大膽上爭並為護軍挽回死局，也的確令人刮目相看。
不過話說回來，清流人物雖然飽學善辯，文章作得漂亮痛快，而且攻訐當權者不留情麵，但言談之間大多“閉門造車”，不通實務。慈禧太後當時也認為，清流中的大多數人物可以做言官，或者還可以做學官，但乏有穩重成熟的務實幹員，難以擔當重任。倘若那些清流鬧得凶了，便要讓他們去做做實事，吃吃苦頭，也乘機殺殺他們的威風。果不其然，後來這招兒還真就用上了。