恭親王奕訢被趕出軍機處後，清廷政局隨即發生了微妙的變化。其中尤其值得注意的是，慈禧太後規定軍機處在大事處理上須會同醇親王奕譞商辦。這種做法，實際上是以奕譞代替了奕訢的軍機首領地位。
按說，奕譞是光緒皇帝的生父，他理應回避朝政才對，何況奕譞這個人也算乖覺，他在兒子載湉被定為皇上後，很快便上疏說自己得知消息後，“身戰心搖，如癡如夢”，致使“舊有肝疾等症”發作，委頓成廢，請求辭去各項差使，免得其他大臣們彈劾他以皇帝本生父的名義幹政。事後，奕譞又閉門謝客，作出不問政事的高姿態，以求自保並借以保護深宮中的光緒小皇帝。
對於奕譞的表現，慈禧是非常滿意的。作為補償，奕譞的醇親王爵位也很快賞為世襲罔替，成為繼清初的八大“鐵帽子王”及怡親王、恭親王後的第十大“鐵帽子王”。同時，奕譞今後碰到“皇帝升殿和皇帝萬壽”時，可不用隨班行禮（因為按儒家學說，即使兒子是皇上，父親也不應給兒子行禮）。
事實上，在老六奕訢和老七奕譞兩個小叔子中間，慈禧明顯要偏向奕譞，因為後者不僅僅是自己的妹夫，而且他不像奕訢那樣有主見和咄咄逼人。當年扳倒肅順八大臣時，奕譞還親自帶兵捉拿了首犯肅順，對慈禧可謂忠心耿耿，讓人大可放心。
但是，慈禧太後的決定很快遭到了言官禦史們的反對。他們認為，醇親王奕譞參與政事不但在禮儀上多有不便，而且會引起“太上皇”幹政的隱憂。對此，慈禧太後不以為然，她並不擔心奕譞作為軍機領班會造成什麼隱患，因為她相信自己具備操控朝政的能力，也深知奕譞對她一貫是效忠盡力，服從有加。
可惜的是，忠心未必能幹，沒主見也往往意味著沒能力，這往往是相對應的。相比而言，奕譞的能力和城府遠不如兄長奕訢，加上他總擔心別人會說自己以“太上皇”的名義幹政，生怕慈禧對他起疑心，遇事也總是畏畏縮縮，不敢當頭。更讓人擔憂的是，奕譞的政見和行為方式與奕訢大都不合，這也給朝政轉變的縫合帶來了不小的麻煩。
對奕譞的能力和作風，慈禧當然心裏清楚得很。不過，任何專製者選人的標準首先是忠心，能死心塌地為自己服務，那就是他們最為看重的。在慈安太後去世、奕訢被掃地出門後，失去了製衡力量的慈禧也開始有點兒由著其性子來執政了。可惜的是，慈禧畢竟是個文化程度有限、見識相對淺陋且又缺乏戰略眼光的深宮女主，清廷政局也由此步入一個平庸而缺乏朝氣的局麵，這和奕訢當政時顯然差了一大截。
從新的軍機處大臣名單上，可以明顯看出這點。如名義上的軍機領班禮親王世鐸，此人乃一才見平庸的老貴族，係清初入關後世襲罔替的“鐵帽子王”之一。世鐸是禮親王代善的九世孫，道光三十年（1850年）承襲禮親王，同治年間被授內大臣、宗人府右宗正、宗令等職。世鐸為人平和，平日裏和顏悅色，從未與人紅過臉，但這個老好人最大的毛病便是遇事毫無主見，隻知道一味敷衍，唯頂頭上司眼色行事。譬如，醇親王奕譞被任命為統領軍機後，世鐸老先生雖然貴為首席軍機，卻凡事均前往奕譞處討主意，即使風塵仆仆，亦不為苦。說白了，就是不願意承擔責任罷了。世鐸這樣的人，在中國官場上很多，這種人不但不會出什麼事，而且仕途上還官運亨通，這世鐸就做官一直做到清朝滅亡。可惜的是，他肯定不是什麼有所作為的好官。
另一位滿人軍機額勒和布是滿洲鑲藍旗人，鹹豐二年（1852年）進士，後來做過統兵大員，在東北鎮壓過馬賊，還在新疆當過烏裏雅蘇台將軍。一度病休後，清廷重新任命他做理藩院尚書、戶部尚書和內務府大臣等職務。總體而言，在官員們攬權納賄的晚清，額勒和布的操守廉潔不但才具一般，而且他本人一向木訥寡言，不善與人交往。
和額勒和布經曆相似的軍機大臣張之萬，他是道光二十七年（1847年）的狀元，河北南皮人，係清末名臣、清流黨張之洞的族兄。張之萬曾曆任修撰、河南學政、內閣學士、禮部侍郎兼署工部等職，同治初年參與編寫了《治平寶鑒》，由此得到慈禧太後的重視。和曾國藩一樣，張之萬在太平軍起義時以文人典兵，在河南巡撫任上督師鎮壓撚軍，並做過河道總督、漕運總督，後來又做過浙閩總督。光緒八年（1882年）時，張之萬調任兵部尚書，這次他入值軍機處，還兼署吏部尚書。