正所謂“兵貴神速”，還沒等到康梁書生們采取進一步的行動，戊戌年的風暴就已經爆發了。據《戊戌朝變紀聞》中說，就在光緒接見伊藤博文的第二天，慈禧太後突然禦臨便殿，其設竹杖於座前，並召集了慶親王、軍機大臣、禦前大臣等人跪於案右，而光緒皇帝則跪於案左。
隨之，慈禧太後便疾聲厲色地嗬斥光緒：“天下乃是祖宗的天下，你何敢任意妄為！這些大臣，都是我多年曆選，留以輔佐你的，你竟敢任意不用！還敢聽信叛逆蠱惑之言，變亂朝綱！康有為是個什麼東西，能勝於我選用之人？康有為之法，能勝於祖宗所立之法？你難道昏頭了，不肖竟至於此！”
罵罷皇帝，慈禧太後又轉頭責罵那些大臣說：“皇帝年少無知，你們這些人為何不加以勸阻，以為我真不管，聽他亡國敗家嗎？我早就知道他不足以承大業，不過時事艱難，不宜輕舉妄動，隻得對他留心稽察管束。現在我人雖然在頤和園，但心時時在朝中。我唯恐有奸人蠱惑，所以經常囑咐你們不可因他不肖，便不肯盡心國事；所幸我現在身體還好，到時必不負你們！”
喘了口氣後，慈禧太後又接著說道：“早些時候，奕劻還再三跟我說，皇上既肯勵精圖治，謂我也可省心。我因想外臣不知其詳，並有不學無術之人，反以為我把持，不許他放手辦事，今天總算知道這樣是不行的。他是我立的皇帝，他要亡國，其罪在我，我能不問嗎？你們不力諍，便是你們的罪過！”
群臣聽後如搗蒜般地叩頭，連稱有罪。這時，一向保守頑固的軍機大臣剛毅麵有喜色，他趕緊上前奏道：“微臣屢次苦諫，但每次都被皇上譴斥。至於其餘眾臣，也有言諫過的，也有不吭聲的。”
慈禧太後聽後，又轉身問光緒：“要是有臣下變亂祖先之法，你可知該當何罪？你說說，是祖宗之法重要，還是康有為之法重要？背悖祖宗之法而行康有為之邪術，你怎麼會昏聵到這種程度？”
此時的光緒早已嚇得魂飛魄散，戰栗答道：“是我自己糊塗，洋人逼迫太急，我隻想保存國脈，通融試用西法，並不敢聽信康有為之法。”
慈禧太後聽後厲聲道：“難道祖宗之法不如西法，鬼子反重於祖宗嗎？康有為叛逆，圖謀於我，你不知道嗎？還敢回護他！”
可憐光緒皇帝當時早已是魂飛齒震，腦子一片空白，竟不知所對。
慈禧太後又厲聲追問道：“你知道——還是不知道？或者你也是同謀？”
光緒戰栗了半天，說：“知道。”
慈禧太後怒喝道：“既知道，還不將康有為正法，反要放走？”
在得知光緒知道康有為等人的“圍園”之謀後，慈禧太後極為憤怒，她斥責光緒說：“我撫養了你二十多年，你竟然要聽小人之讒言暗害於我嗎？”
光緒被嚇得渾身顫抖，好半天才說：“我無此意。”
慈禧太後又是恨又是怒地斥罵道：“癡兒，今日無我，明日還會有你嗎？”（大意是，若慈禧太後被害，光緒的地位也難保。不過話說回來，倘若慈禧太後真的被害，光緒是否能掌控政局的確是未知之數）
由此，慈禧太後便宣布訓政並收回光緒皇帝的權力，隨即又下旨捉拿康有為兄弟。幾乎不費吹灰之力，慈禧太後便將戊戌年的維新變法消滅於無形當中。
說到這裏，卻要說說當年袁世凱的這段公案。戊戌政變後，京城中流傳著一首三言歌謠，諷刺的是袁世凱的出賣行徑：“六君子，頭顱送；袁項城，頂子紅；賣同黨，邀奇功；康與梁，在夢中；不知他，是梟雄。”按通常的說法（也就是梁啟超在《戊戌政變記》中的說法），譚嗣同至法華寺遊說袁世凱勤王後，袁世凱佯作答允，等到他回了天津後，便立刻向直隸總督榮祿告密，於是榮祿緊急報告慈禧太後，這才有了政變的發生。
不過，據目前很多史學家的研究認為，戊戌政變其實並非因為袁世凱告密，而是袁世凱得知慈禧太後重新訓政後，為了自保而將譚嗣同的密謀向直接上司、直隸總督榮祿和盤托出，後者遂立刻返京，“戊戌六君子”由此被殺。換言之，戊戌變法的失敗並非因為袁世凱告密，因為其告密前慈禧太後已經收回光緒帝的權力；但是，袁世凱的告密使慈禧太後得知了康梁等人的“圍園殺後”密謀，由此導致了政變的流血化。
之後，慈禧太後又發出密諭，將張蔭桓、徐致靖、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第七人先行革職並交刑部治罪。接著，整肅行動進一步擴大化，諸多維新人士如宋伯魯等人被革職監禁、湖南參與新政的陳寶箴與熊希齡等人被革職永不敘用、徐致靖等人被定罪流放，就連光緒帝和珍妃身邊的太監也倒了大黴，在隨後幾天裏被杖斃四人。
最為慘烈的，當然是被殺的“戊戌六君子”。這些人中，康有為的弟弟康廣仁恐怕是最冤枉的。他是六君子中唯一沒有做官的，也不是維新派的風雲人物，他完全是死於楊崇伊密告康氏兄弟“出入宮禁”的謠言。據說，康廣仁被殺前在獄中以頭撞牆，悲痛呼號，其狀慘不忍睹！