就在此時，出人意料的事情發生了。隻聽得“轟”的一聲巨響，將尚未完全啟動的火車震得左右亂擺，隨後一團濃煙和烈焰從車廂中衝出——一顆炸彈爆炸了！頓時，車站送行的人亂成一團，大家都驚慌得四處奔走，太太小姐們的尖叫聲似乎比炸彈爆炸的聲音來得更加駭人。
好在沒有聽到第二聲爆炸。正當大家驚魂未定之時，車站巡警匆忙趕來，他們登上車廂後發現，五大臣中除了紹英傷勢較重，載澤、徐世昌略受輕傷外，戴鴻慈和端方由於坐在後麵的車廂中，故而毫發無損，安然躲過一劫。據戴鴻慈後來在《出使九國日記》中的記載，載澤“眉際破損，餘有小傷”，紹英“受傷五處，較重，幸非要害”；徐世昌“亦略受火灼，均幸安全”。可歎紹英原本不是考察大臣之選，後來清廷考慮到載澤年少，所以加派紹英同行，不料還沒出行就遭此大禍！
後來查明，這是一次精心策劃好的暗殺活動。彌漫的硝煙散去之後，巡警在車廂中部發現一具屍體，一身皂隸的裝扮，屍體上有個名片，上書“吳樾”二字，由於此人距離炸彈最近，當場便被炸身亡。
要說起來，吳樾原本也是個寒窗苦讀的士子，但在目睹了清軍在甲午之役、庚子之役乃至日俄戰爭中的一敗塗地之後，吳樾終於由一個溫文爾雅的讀書人變成了積極排滿的革命者。對清廷的新政，吳樾一向嗤之以鼻，他認為，這不過是清廷苟延殘喘的一種手段罷了。這時，正好清廷大張旗鼓地選派五大臣出洋考察，吳樾便決定要利用這次大好機會，給清廷一個狠狠的打擊。
於是，吳樾在開車前改換了皂隸的衣服，懷裏揣著自製的炸彈，趁著送行的混亂當口悄悄地摸上了火車。吳樾此行，原本就抱著玉石俱焚的目的，隻希望能將這五位大臣一並炸死。然而，事情並沒有像他想象的那樣順利，正當他準備投彈時，由於火車啟動，車廂和機車掛鉤接合導致車身發生猛然震動。當時的火車尚未達到現在列車的穩定要求，而更要命的是，吳樾自己造的炸彈更加不穩定。結果車廂一震動，吳樾還沒來得及向大臣們投彈，炸彈便“轟”的一聲被引爆了。這次爆炸，當場炸死三人，吳樾即為其中之一。
慈禧太後聞訊後，急忙召見了受傷的大臣們，大加撫慰。接見時，老太後麵對大臣，也不免淒然淚下，謂如今世事之艱難。而正陽門車站刺殺事件發生後，仇滿排滿之風日盛，京城中也是謠言四起，人心惶惶，說革命黨人即將在城中造反，炸彈已經運進城中，即將進攻紫禁城雲雲。謠言之下，京城中人被嚇得一驚一乍的，滿族親貴們的王公官邸特別是萬壽山附近的都紛紛加強了戒備，大臣們出門也是時刻提防，免得有人向轎中扔炸彈。
恐慌氣氛之下，就連慈禧太後都有點兒慌了手腳。據說，紫禁城中挖有地道可以通往外麵，裏麵有室有戶，有床有凳，有椅有燈，如遇緊急情況，皇帝便可帶領眾多宮人躲進地道。地道外麵，則安排了一個最忠實的太監，給裏麵的人報打拿（滿語“平安”的意思）。吳樾炸彈事件後的幾天裏，慈禧太後也不時地帶著光緒和後妃躲進地道中，儼然已是驚弓之鳥。
不過，當時的主流報刊輿論對這次暗殺事件評價不高。相反，他們大都認為五大臣出洋考察是為立憲做預備，事關國家和民族的前途命運，凡稍具愛國之心者應鄭重其事，以祝其行，因而對吳樾的暗殺恐怖活動一般持譴責態度。不僅如此，輿論還深恐這次炸彈事件會影響到大臣出洋考察，進而影響到憲政的實施，於是他們紛紛撰文敦促清廷要不畏艱難，奮勇前行。民間對出洋考察大臣挨炸一事也大都表示同情，他們紛紛發來慰問電，如南洋公學等32所學校就聯合發了慰問電。
出了這事後，清廷一度主張緩行出洋考察。地方上聽到這個消息大為不滿，紛紛致電清廷不可因此而拖延憲政考察，而五大臣也紛紛表態要繼續出洋。考察大臣之一的端方態度更為積極，他上奏朝廷說各國均有來電，對中國考察團表示歡迎並已做了妥善的接待安排，如果因為一顆炸彈就取消出洋考察的話，恐怕會有損國家信譽。另外，剛戰敗的俄國也宣布要推行憲政，這事對國人震動很大，也令國人更加的焦灼，唯恐落在俄國人的後麵。
慈禧太後得此消息後，態度又發生轉變，隨後便召見載澤，詢問何時可以再次出洋。數日後，報紙上便登載新聞說載澤傷愈，並已向光緒皇帝銷假請安。10月底，慈禧太後與光緒皇帝再次召見軍機大臣，表明考察政治是當務之急，務必飭令各考察大臣速即前往，不可任意延誤。當年12月，清廷決定再次派遣大臣出國考察憲政。由於紹英受傷未愈、徐世昌另有任用，後來由山東布政使尚其亨和順天府丞李盛鐸二人替換。
回頭想想，五大臣也是出師不利，未出國門先挨炸。中國的事情，即便是好事，有時候也的確不好辦哪。