臨終之前，慈禧太後眼見自己和光緒都已是病入膏肓、絕無好轉的任何可能，這時她必須要安排一件大事，這就是大臣們一直在暗地裏議論紛紛的立嗣問題了。
清朝走到鹹豐這朝已經是疲相百生，不說別的，僅皇位繼承人的問題就足以讓人頭疼了。且不說康熙那時有“九王奪嫡”，道光那會兒也至少還有鹹豐和恭親王奕訢可作選擇，但到了鹹豐這朝，問題來了。鹹豐死時，好歹還有一個兒子同治，可同治、光緒、宣統這最後三個皇帝，在已經成年結婚的情況下，竟然都沒有子女。還有什麼可說的？天亡大清，應是定數。
閑話且放一邊，先來看慈禧太後如何解決這個麻煩問題。當年兒子同治死時，慈禧太後力排眾議，最後立了妹夫醇親王奕譞的兒子（即後來的光緒），但光緒進宮以後，也一直沒有生育，眼見兩人都快不行了，立嗣問題已經是火燒眉毛，不能再拖延了。
光緒三十四年十月十九日（1908年11月12日），慈禧太後在把慶親王奕劻支使到清東陵普陀峪去視察陵寢工程後，便在病榻上召集軍機大臣張之洞、世續、那桐等人來商議立嗣問題。對於這種大事，慈禧太後此前早已是考慮再三並且早有安排。這個安排便是年輕的醇親王載灃，他當時被慈禧太後派到軍機處學習行走，不久前剛剛升為軍機大臣。這次之所以沒有讓他來參加會議，道理就在這裏。
不過，慈禧太後並不是要讓載灃繼位，而是要讓他的兒子、未滿三歲的溥儀來當這個皇帝。當慈禧太後宣布這個決定時，世續和張之洞擔心光緒的皇後（隆裕皇後）再來個垂簾聽政，於是便共同奏稱：“國有長君，社稷之福，不如直接立載灃。”
慈禧太後猶豫了一下，說：“你們說立長君，也不是沒有道理。但是，要是我不為穆宗（同治）立後，終究是對不起他。要不就立溥儀為帝，仍令載灃主持國政。如此的話，公義私情，兩無所憾。”
張之洞說：“既然如此，名分需要定一下。”
慈禧太後說：“原來有這種前例嗎？”
張之洞說：“明朝時有監國之號，本國之初也有攝政王之名，都可以援以為例。”
慈禧太後說：“如此最好，監國和攝政王兩個都用吧。”
張之洞遲疑了一下，又說：“（光緒）皇帝臨禦三十多年，也不能使之無後，古有兼祧之製，似乎可以仿行。”
當時光緒還沒有死，慈禧太後默而不言，半天後才盯著張之洞說：“凡事不必泥古，這事姑且按你說的辦，馬上擬旨吧。”
第二天早上，奕劻從清東陵回來，他得知這個消息後，便去見慈禧太後，主張立長不立幼，但慈禧太後態度堅決，對他的勸告不予理會。當天上午，慈禧太後又召見載灃、張之洞等人，當眾宣布昨天的決定。
26歲的載灃聽到這個決定後，跟他的父親當年聽說要立兒子載湉（光緒）為帝的反應一樣，他嚇得伏在地上，“叩辭至再”。但慈禧太後不為所動，嚴令載灃立刻回家收拾一下，當天晚上就要把溥儀送進宮，交由皇後撫養。
《異辭錄》中則說，慈禧太後病危之時召見慶親王和軍機大臣，在問及光緒皇帝病況後，慶親王奕劻回奏“疾大漸”（意思是快要死了），請速立皇子。慈禧太後沉吟半晌後，說：“先令載灃之子入宮讀書”。一旁侍立的載灃趕緊推辭：“臣之子幼，載濤（載灃之弟）之子長，願太後善為計。”慈禧太後聽後勃然大怒，當下捶床怒斥：“你可真是糊塗！如今都什麼時候了，還說這種無用話耶！現在立你的兒子為穆宗毅皇帝（同治）的嗣子，你為攝政王。你雖然沒什麼才能，但擇有才能者為佐，好歹把這江山坐住！”