夜間，諸葛亮閑來無事，仰觀天文。發現帝皇星失位，遂感慨的道：“建文帝氣數已盡，凡事皆有定數，不可強求呀……如此好得一個皇上，卻要多災多難。罷了，我就救他一次吧！”接著回過頭去向洞內叫道：“怡兒，你過來！”
諸葛怡一聽，連忙走到諸葛亮身邊，諸葛亮順手遞給她一個木匣子，接著道：“你立刻起身，將此木匣送到南京皇宮建文帝手裏，一月之內必須送到，速去速回，一路小心，去吧！”
“是，公子！怡兒保證完成任務，決不負公子所托。”說完便接過木匣，飛身向上掠去。
一個月後，朱棣已經兵臨城下，現在的南京城在大軍的包圍下，已失去了往日的輝煌，顯得孤零零的，守城將領李景隆一見燕軍聲勢浩大，不覺心驚膽戰，嘴裏嘀咕道：“他們真的打來了……”接著又用仁慈的口氣道：“為了避免造成更多的傷亡，我們還是投降吧！”眾將士都默然相對。
李景隆接著命令將士打開城門，卑躬屈膝的將朱棣大軍迎了進來。城門一開，燕軍招搖入內，頓時使南京陷入一片混亂，老百姓害怕被屠殺，紛紛四處奔走，許多百姓僅帶著一點細軟就跑，帶不走的便放火燒掉。一時城內多處黑煙滾滾，烈火的呼嘯聲和百姓的哭喊聲連成一片。
朱棣登上城樓，居高遠望，雄偉的京師盡收眼底。這一刻他已等了二十年，遂向侍衛大叫道：“拿酒來……”近身侍衛快速拿過一杯酒，恭敬的遞給朱棣。朱棣一飲而盡，對著眼前的景色感慨的道：“好一個臥虎藏龍石頭城，你可讓我好等呀！”與朱棣誌得意滿的神情相對的是朱允文的愁眉苦臉。
他現在已經聽說，朱棣兵進南京。遂連忙在乾清宮召見群臣，可是卻僅來了二十幾人，朱允文看了心中不禁一陣酸楚，哽咽著聲音苦澀的道：“叛軍已經打進來了，一切都已經結束了……”
禦史衛冕率先走出來向朱允文道：“陛下可暫時前往湖湘一帶，那裏還有我們的大軍。”朱允文無奈的搖了搖頭。
大理寺丞鄒謹連忙提議道：“陛下，可先前往四川，暫時避過燕軍，然後再圖大業。”朱允文還是無奈的搖了搖頭。
“陛下，請為國家保重……”眾臣一見都跪倒在地，可是又不知如何安慰，隻說了一句話，但意思很明確，隻是希望朱允文能趕緊出逃。
這時方孝儒大聲疾呼道：“陛下乃萬乘之軀，怎可倉皇出逃，此時應該堅守南京，已待外援。”
都督王力淚汪汪的道：“已無勤王之師了……”
朱允文曾在朱棣渡長江時，便派人秘密潛出城，用蠟丸包裹著詔書，催促各地勤王能夠出兵相救，可是在半路卻被朱棣攔劫，因此到現在也沒有一處勤王之師趕來救援。朱允文想到祖父傳下的江山，就要在自己手中失掉，自己登基四年的慘淡經營，也已經付諸流水，想起這些不由萬念俱灰。遂仰天長歎道：“大廈將要傾倒，你們各自去吧！朕決定留下來。”
“陛下……”在場的所有的大臣都跪下去，表示要與朱允文共存亡。
“唉……走吧……這裏已經沒有什麼好留念的了。”朱允文疲倦的靠在雕龍寶座上，用微弱的聲音道，可是卻沒有一人起身。
朱允文一見，便一改以往柔弱的形象，站起身來，朝眾人大喊道：“朕知道你們是忠臣，可是現在朕不要你們做什麼忠臣，趕快離開吧！難道你們連朕這最後的心願也不能滿足嗎？”眾臣一見都痛苦著離開了。
朱允文望著眾臣的背影，心如刀割，仰望蒼天，喃喃自語道：“是朕對不住你們啊……”空無一人的大殿之上隻剩下“對不住……對不住……”的回音。朱允文落寞的望著乾清宮的所有物品，過了一會兒，帶著哭腔自言自語道：“祖父……皇孫來向您賠罪了……”說完就脫下黃袍準備上吊。
“陛下……”
突然太監王鉞匆匆跑了進來，後麵還跟著吳王府教授楊應能和檢察禦史葉希賢，在向後望去，隻見諸葛怡懷裏抱著一個與她差不多大的木匣。
朱允文一見痛苦的大叫道：“你們怎麼還不逃呢，難道朕的話你們也不聽了嗎？”
王鉞一聽連忙將怡兒拉到身前解釋道：“陛下，這個女孩說她有重要的事求見，務必見您一麵。她還說能夠救陛下離開南京城，所以奴才就將她帶來了。”