俗話說：“人無完人。”作為一種製度亦然，沒有缺點的製度是不可能存在的。下文將從五個方麵論述目前司法救助製度存在的種種缺陷。
（一）理論上的缺陷
司法救助的理想功能並非僅僅止於保護平等的訴訟權，其終極目的應當在於保障社會公平和實現社會正義，這是司法救助製度本身所應有的深層內涵。從這一點看來，我國現階段對於司法救助的定義在內涵和外延上存在的諸多限製，顯然是過於狹隘了。無論是關於司法救助主體和適用對象的規定，還是救助的範圍和具體內容，至今都仍然停留於單純地平衡社會利益的層麵上，與構建社會主義和諧社會的需求相去甚遠。
現代司法救助的理念已呈現出必然擴張的趨勢。筆者認為，司法救助製度不僅要給予社會弱勢者以經濟上的救濟，而且也要給予他們更多、更加人性化的司法關懷；不僅要體現扶助困難群眾的思想，而且也要體現公民、法人和其他組織受平等保護的司法理念；不僅要注重平衡社會主體之間的利益關係，而且更要“以人為本”，更加注重人和社會的持續、全麵發展。這才是司法救助製度的崇高真諦。但缺憾的是，目前司法救助在體係、製度、機製諸多方麵囿於創新和提高，不盡符合時代的發展需求。
（二）立法上的缺陷
首先，現行的司法救助立法尚未與國際接軌。從國際經驗上看，世界上很多先進國家都非常重視司法救助製度並將之寫進憲法，使這項事業的發展真正從根本上“有法可依”。而我國憲法卻呈現出這一方麵的立法空白，使司法救助工作的開展顯得“底氣不足”。其次，缺乏統一、完備的規範。目前有關司法救助的規定散見於《刑事訴訟法》、《民事訴訟法》、《民事訴訟收費辦法（試行）》、《人民法院訴訟收費辦法》、新舊《規定》、《訴訟費用交納辦法》等法律法規之中，《法律援助條例》、《律師法》、《未成年人保護法》等也有一些規定，但是，到目前為止還沒有一部專門的相關法律。而且，上述規定因為太過於零散甚至於互有衝突，必然給具體操作帶來很多困難，不利於當事人權利的保護，因為“科學、理性的民事訴訟程序……應當保障當事人程序效益的最大化。”再次，地方性規定的差異較大。全國各地分別出台了有關司法救助的“意見”、“決定”等形式多樣的地方性規章，各自為政，使得救助工作的實施存在極大的地區差異和伸縮性，難以進入規範化發展的軌道。鑒於此，盡快出台統一完整的專門法律勢在必行、刻不容緩。
（三）體係上的缺陷
其一，司法救助製度在整個法律體係中的應有地位尚未確立。無論是關於救助主體和適用對象的規定也好，還是關於救助的範圍和具體內容也好，都必須通過立法程序，上升為體現國家意誌的法律規定，方能“名正言順”地確立其應有地位，真正彰顯這一製度的重要意義。其二，整體體係不合理。就目前的司法救助體係而言，《規定》是以作為規範與事實之間的紐帶的司法解釋形式出台的，而《辦法》是以行政法規的形式頒布的，前者專門就司法救助問題進行規定，而後者隻是以部分章節涉及救助內容，在體例上顯得雜亂。另外，《規定》的製定者及實施者均為人民法院，這種立法和司法“二合一”的體例使救助工作顯得隨意，難免有背離公平、正義之嫌。其三，司法救助與法律援助兩種製度理應共存於“同一屋簷下”。作為同為保護弱勢者的法律製度，司法救助與法律援助雖然在出發點和終極目標上一致，但在實踐中自成體係，對“經濟困難”等具體事項的認定標準不統一，導致實踐中出現雙重審查、相互矛盾等情況。加之人民法院和法律援助機構缺乏必要的溝通，極大地影響了兩種製度功能的充分發揮。因此，有必要實現兩者的有機銜接，加強兩者的協調配合，將救助工作落到實處。第四，缺乏圍繞該製度設置的保障體係。缺乏必要的監督、溝通、保障等機製，就無法實現司法救助的規範化運作，難以有效擴大救助工作的覆蓋麵，使得救助事業顯得“後勁不足”，不能充分發揮這一製度造福社會的優勢。
（四）製度上的缺陷
根據有關司法救助的法律規定，結合開展救助工作實踐中出現的問題，現階段司法救助製度主要存在著如下缺陷：第一，司法救助的主體單一化。眾所周知，司法救助是一項極其重要、龐大的民生工程，專業性強，程序複雜，單靠法院一家之力，難以達到良好的救助效果。第二，司法救助的內容片麵化。在構建和諧社會的進程中，隨著經濟的發展和社會矛盾的加劇，救助理念和救助對象以及潛在對象必然日益擴大，從而對司法救助的內容提出了更高、更廣泛的要求。現有司法救助的內容已經遠遠不能滿足日益增長的救助需求。第三，司法救助的方式簡單化。目前，司法救助的方式隻限於緩、減、免訴訟費用，僅停留於讓當事人“打得起官司”這一層麵，而對其是否“打得贏官司”缺乏必要的救助途徑，更缺乏人性化的司法關懷，充其量隻是冷冰冰的經濟利益調節器而已，無益於社會和諧。第四，司法救助的適用對象縮小化。關於司法救助的適用對象，新《規定》及《辦法》均采取列舉式規定了各類被救助主體，存在著兩大弊端：一是列舉式難於窮盡所有的適格主體，而且審判實踐也表明被救助者的種類遠不止於此；更何況在民事、行政訴訟中，當事人在不同的程序中有著不同的稱謂，既然司法救助對象是經濟確有困難的當事人，那麼不管是原告、被告，申請人、被申請人還是上訴人、被上訴人，隻要他們確有經濟困難，就應當平等地給予救助。二是實踐中大量的非訴訟案件、非案件當事人，法人和非法人組織也存在著救助的必要，因為法人也是訴訟主體，法人在維護自己的民事權利時也會遇到自然人一樣的情況。在法人處於破產的臨界狀態中，必須通過訴訟來維持企業的正常開支，但極有可能交納不起訴訟費，訴訟權利無法實現。但他們卻被排除在新《規定》及《辦法》之外，從法理上講，顯然違背了公平正義之原則。第五，司法救助的範圍狹窄化。現有司法救助的範圍隻限於民事和行政訴訟，在刑事附帶民事訴訟方麵呈現出空白。事實上，刑事被害人，特別是處於弱勢的被害人，有諸多權利需要救助。首先應當適當強化刑事被害人當事人訴訟地位的正當性；其次，對貧困的被害人及其家屬，法院也應當為他們指定代理律師，以更好地維護他們的合法權益。第六，司法救助的適用時間簡短化。鑒於司法救助的方式、內容和範圍不斷擴大，那麼司法救助的適用時間也不應該僅限於民事、行政訴訟的立案環節，應當延伸到包括執行、刑事附帶民事訴訟在內的訴訟外其他環節。事實上，已經有部分法院在探索建立訴訟終結後的司法救助，比如建立執行救助基金，對生活極度困難或急需醫療救治、被執行人又無履行法定義務能力的申請執行人進行經濟救助或救急資助。第七，司法救助的條件模糊化。主要表現在：其一、救助的標準不具體、不規範。如對“生活確實困難”應當如何認定？因為缺乏法定、統一、具體的認定標準，導致實踐中極大的主觀隨意性。又如對於訴訟費的緩、減、免的標準亦不明確，缺乏相應的執行時間、減免程度及對策規定，導致可操作性差，等等。其二、救助條件的規定不科學。如對於當事人申請司法救助的，應在起訴或上訴時提交書麵申請和足以證明其確有經濟困難的證明材料以及其他相關證明材料。因生活困難或者追索基本生活費用申請免交、減交訴訟費用的，還應當提供本人及其家庭經濟狀況符合當地民政、勞動保障等部門規定的公民經濟困難標準的證明。該規定的弊端在於，對於“其他相關證明材料”的範圍規定得不具體，應由哪一級民政、勞動保障部門出具證明規定得不明確，導致工作中尺度不好把握，不易操作。第八，司法救助實施程序籠統化。主要表現在僅僅作了一般的、原則性的規定，缺乏具體的操作細則。譬如應在何時由何人作出救助決定、緩交期限、未被批準的後果等問題，新《規定》和《辦法》均未明確規定。