（一）現行經費保障體製本身存有弊端
從以上的舉例可以看出，我國法院現行的經費保障體製是：同級地方財政部門力所能及的保障，人民法院收取訴訟費用上繳地方財政後的適當返還，以及特殊情況下的專項補助。現行司法經費保障體製帶有濃重的地方化色彩，是計劃經濟時代的產物，已經不適應當前市場經濟發展的需要，影響了“公正與效率”世紀主題的實現。筆者認為，現行經費保障體製主要存在以下弊端。
1.地方保護難以克服司法獨立無從彰顯
在現行經費保障體製下，各級法院的經費主要來源於同級地方財政，在這種情形下，審判工作難以克服地方保護主義。人民法院管轄範圍的劃分雖基本等同於同級行政區域劃分，但是隨著市場經濟的發展，當事人跨地區的案件日益增多，由於法院經費保障體製的地方化，法院的經費受製於當地政府，必然導致在案件受理時、案件審理過程中，以及在案件執行上都會出現地方保護主義的現象，而且愈演愈烈。其次，在這種經費保障體製下，各級法院在財力、物力上均處於一種仰人鼻息的狀態，難以排除地方政府的幹擾和製約。在辦理案件過程中，如遇有當地政府權力部門及其工作人員的幹涉時，法院和法官就會處於一種兩難境地，司法獨立在經濟製約麵前隻能顯得蒼白無力。
2.基本建設開展困難“兩庭”建設無力達標
法院是社會正義的最後歸屬地，法官是最終的裁決者。公信力的重塑，一方麵依靠法官隊伍的純潔和不斷推進的精英化，另一方麵也離不開法院形象的“不言而自威”。法院是守護社會正義的最後一道屏障，莊嚴的裁判環境，能夠使當事人從踏入法院大門的一刻起，就直接感受到這一社會正義最後歸屬地的神聖和威嚴。現行分級負擔的經費保障體製，使得各級法院的經費保障均受製於同級地方財政。在經濟欠發達地區，許多基層法院基礎設施差，物質裝備落後，嚴重影響了法院的外在形象和工作效率。最高人民法院曾就法院係統的“兩庭”建設以及專用車輛、信息化建設等製定了相應的配置標準，但許多貧困地區法院根本無力達標。部分法院經多方籌措完成了“兩庭”建設，但大都因此而負債累累，甚至因為無力及時償還債務而被訴上法庭，坐上了尷尬的被告席。
3.法官職業缺乏保障司法公信力缺失
《法官法》頒布實施以後，為法官隊伍設置了較高的準入條件，全國的司法考試通過率普遍較低。然而，在這種高標準的選拔之後，卻沒有一種有力的保障體製以維持法官職業的神聖，使法官喪失了職業榮譽感，也容易使當事人喪失對法官應有的敬畏和信任。“如果當事人遇見剛剛還威嚴的坐在審判台上為自己定紛止爭的法官，此刻正汗流浹背的與自己一起擠在同一輛公交車上，或者拎著菜籃子在菜市上討價還價，原本對正義的期望會在瞬間由於對法官信心的疑慮而消失殆盡。”新《辦法》實施後，受理案件數量明顯增多，尤其是處在辦理案件第一線的基層法院，收案數量直線上升，法官工作壓力增大，但是由於經費保障體製的滯後，法官的各項待遇無法保障，許多基層法院出現了通過司法考試的法官辭職做律師的現象，部分法院的法官隊伍甚至出現了斷層。另一方麵，低工資、低福利待遇在一定程度上影響製約法官提高自身業務素質的積極性，而法院由於經費緊張，連正常辦案經費、工資發放都很困難，培訓經費更難落實，影響了法官素質的提高。
4.“收支兩條線”無法落實司法腐敗難去根源
從1995年起，法院係統對收取的訴訟費用實行“收支兩條線”的管理，盡管在不同的階段對“收支兩條線”規定的內涵不一樣，其根本目的都是把法院的支出與法院依職權收取的訴訟費用脫鉤，從源頭上預防和治理腐敗。但由於經費保障的地方化，各級財政不能保障人民法院的經費供給，在全國範圍內，大多數地區都是將收取的訴訟費全部或按比例返還，用返還的訴訟費收入彌補法院業務經費的不足。法院收取的訴訟費用，即便是納入了預算管理，與本院的經費保障也是名脫鉤，暗掛鉤，“收支兩條線”規定名存實亡，執行走樣，根本無法真正落實。“以收定支”“收支掛鉤”的做法，既妨礙法律和中央政策的執行，也在一定程度上製約法官公正履行職責，容易衍生腐敗行為。新的《訴訟費交納辦法》實施後，訴訟費收費標準大幅下調，在以訴訟費收入為主要經費來源的法院，經費保障現狀更為窘迫。在不能維持正常工作需要的情況下，部分辦理案件必須的費用就隻能轉嫁給當事人，與當事人“同吃、同住、同行”等有損司法公正的行為將無法根除。