武則天萬歲通天元年（696）、神功元年（697），契丹首領李盡忠、孫萬榮叛唐，武後派建安王武攸宜率軍征討。陳子昂隨軍出征，在軍幕任參謀。
從征契丹的情況很不好：他不但沒有機會好好報效國家，而且受到降職處分。這一嚴重的打擊使他喪盡了政治方麵的任何信念。北征旋師的翌年，他即以父老解官回鄉。那年是武後聖曆元年（698）。再下一年（聖曆二年），他父親死了，他居喪悲傷得很厲害，身體更不好了，又受到地方酷吏的迫害，不久即冤死獄中。盧藏用《陳氏別傳》記其事雲：
及軍罷（案指征契丹事），以父老，表乞罷職歸侍。……鍾文林府君憂……子昂性至孝，哀號柴毀，氣息不逮。屬本縣令段簡，貪暴殘忍，聞其家有財，乃附會文法，將欲害之。子昂荒懼，使家人納錢二十萬。而簡意未已，數輿曳就吏。子昂素羸疾，又哀毀，杖不能起。外迫苛政，自度氣力，恐不能全。因命蓍自筮，卦成，仰而號曰：“天命不?，吾其死矣。”於是遂絕，年四十二。
《新唐書》本傳所記相同。於此，我們會發生疑問：一個縣令如何能這樣脅迫“帶官取給而歸”的中朝諫官呢？岑仲勉先生在《陳子昂及其文集之事跡》（《輔仁學誌》第十四卷第一二合期）一文中曾有如下的懷疑：
《陳氏別傳》敘子昂之死，雖若甚詳細，而疑問滋多。按《新書》二○九《來俊臣傳》，“始王慶詵女適段簡而美，俊臣矯詔強娶之。……妻亦慚，自殺。簡有妾美，俊臣遣人示風旨，簡懼，以妾歸之。”則簡直一無氣骨人。以武後、周、來之淫威，子昂未之懼，何獨畏夫縣令段簡，可疑一。子昂居朝，嚐陷獄年餘（參羅譜），鐵窗風味，固飽嚐之，何竟對一縣令而自餒若此，可疑二。子昂雖退居林下，猶是省官，唐人重內職，固足與縣令對抗，何以急須納賄，且賄納廿萬，數不為少，何以仍敢誅求無已，可疑三。
這看法是很合情理的。案唐沈亞之《上九江鄭使君書》中有一段文字談及子昂之死，極堪注意：
喬（知之）死於讒，陳死於枉，皆由武三思嫉怒於一時之情，致力?害。一則奪其妓妾以加憾；一則疑其擯排以為累，陰令桑梓之宰拉辱之：皆死於非命。
考《舊唐書?喬知之傳》雲：“知之有侍婢曰窈娘，美麗善歌舞，為武承嗣所奪。知之怨惜，因作《綠珠篇》以寄情，密送與婢。婢感憤自殺。承嗣大怒，因諷酷吏羅織誅之。”（《新唐書?武承嗣傳》同）三思是承嗣的從弟，兩人在武後朝同時把持政治大權，狼狽為奸。殺害喬知之一節，三思當預其謀。《舊唐書?武承嗣傳》說：“承嗣嚐諷則天革命，盡誅皇室諸王及公卿中不附己者。承嗣從父弟三思，又盛讚其計。天下於今冤之。”可見兩人的關係。
《新唐書?武三思傳》說他“忌阻正人特甚。嚐曰：‘我不知何等名善人，唯與我者殆是哉。’……凡構大獄，汙點善良，破壞其宗，天下為蕩然”《舊唐書?武三思傳》略同）。像子昂這樣持身正直而堅決反對淫刑的人物，恐怕是早被武三思認作眼中釘的（前此子昂曾坐逆黨下獄，可能即出於武三思這類人的陷害），隻是到這時才有機會假手段簡來致害罷了。承嗣、三思兄弟殺害喬知之和子昂，都假手於酷吏，這是他倆陷害人的一貫伎倆。
又考沈亞之嚐為秘書省正字。而子昂在武後朝曾為麟台正字多年，麟台即秘書省，武後時改名。亞之既與子昂職務相同，對於前代同僚的事跡，自必較為熟悉，所言子昂冤死因由一節，必定是有所根據的。撰《陳氏別傳》的盧藏用，《舊唐書》本傳稱他“及登朝，趑趄詭佞，專事權貴，奢靡淫縱，以此獲譏於世”。子昂跟盧藏用是好友，我們推想盧藏用很可能知道子昂真正致死之因，隻因他害怕權貴，所以沒有將這段事情的真相寫在《陳氏別傳》裏。
考明了子昂冤死的因由，我們對子昂的為人，可以獲得進一步的了解。
1957年