真菌是一個很大的生物類群，大約有十萬種，其中包括各種黴菌、酵母菌等，還有我們平時很熟悉的蘑菇——傘菌，它們在整個生物界中占有非常特殊的地位。
雖然在很早以前，科學家們已把它勉強歸人到植物界裏，但關於真茵究竟是植物還是動物的爭論，長期以來一直沒有停止過。
有關真菌的最早論述，應追溯到公元前4世紀，著名的古希臘學者亞裏士多德，他首次在書中描述了真菌的特性。大約過了三百年後，著名科學家達普林尼把蘑菇分為可食蘑菇和有毒蘑菇兩類。
然而，人們對真菌的認識，長期以來一直徘徊在很幼稚的水平，僅僅知道這是一類沒有葉綠素，不能進行光合作用，常常依靠腐生或寄生的生物，無法確定它究竟是植物還是動物，沒有一個人能為它下一個權威性的確切定義。
隨著對真菌研究的不斷深入，許多科學家對真菌歸屬到哪一大類，紛紛提出了自己的論點。在較早的時期，植物學家尼克爾認為，真菌的形態雖然多種多樣，麵貌各異，但都是植物組織分泌出的產物，它們就像植物身上的廢料一樣，不能劃入到生物的範疇之中。因此他認為，真菌更接近礦物。可是，當時尼克爾並不了解那些蛛絲般的物質並不是植物的分泌物，實際上，它恰恰就是真菌本身。
這個問題，就連赫赫有名的瑞典植物分類學家林奈也感到很迷茫。起先，由於他在真菌中發現了一種與水蛙相似的小動物，他一直認為真菌是動物，直到後來才改變了看法。在這種情況下，法國生物學家瓦揚風趣地說：“真菌是破壞了自然界普遍和諧性的魔鬼傑作。”的確是這樣，如果真菌是植物，可又沒有花，它出現在這個世界上，似乎就是為了刁難最天才的研究者。
盡管在真菌的分類上有種種不同看法，但大部分植物學家認為真菌是植物。後來，意大利科學家密凱利首次打開了通往真菌生活史迷宮的大門。他以出色的研究證明了，真菌是由極細微的孢子來傳播繁殖的。從此以後，人類對真菌的研究進入到一個嶄新的領域之中。到了18世紀，林奈正式把真茵歸屬到植物的家族之中。
正當大家都認為真菌是植物的時候，不少植物學家又提出了新的觀點。他們認為，真菌在地球生命史的早期就已出現，再加上沒有葉綠素，不能自我製造食物，所以不應該屬於植物界，而應當屬於與植物界、動物界相並列的第三界——真菌界。但是，這個新觀念沒有得到同行們的普遍支持，經過反複的激烈爭論，他們最後還是把真菌列入到植物界中。
這樣的情況一直延續到20世紀。1990年，俄國科學家曼萊日柯夫斯基再次提出，應該建立真菌界，它包括細菌、藍綠藻和真菌。他指出，這互相並列的三個界，在生活方式上各有特點。同時，植物、動物和真菌分別來自於三個假想的祖先。
後來，科學家又進一步提出，生物可分為四個界，即裂殖界（細菌和藻類）、真菌界、植物界和動物界。隨著科學的不斷發展，科學家采用了現代化的技術手段；發現真菌確實兼有植物體和動物組織的特點。例如真菌能直接進行氮交換，細胞壁中有殼多糖，這些方麵都很接近動物。但是，真菌的生活方式，以及細胞有細胞壁和細胞膜的特點，又很接近植物。
那麼，真菌究竟是植物還是動物呢？這個問題已爭論了幾千年，到今天還沒有一個統一的結論。