習慣上，人們常說“清承明製”，但在對炎帝的祀典上，清人在繼承的同時，也在不斷發展。清代對炎帝的祭祀大體為如下幾種情況。
首先，炎帝為先農壇祀神。經過了神話定型的炎帝，其神農的形象大為豐富，農業神的地位在漢及漢以後為曆代統治者予以肯定。加之，司馬遷的《史記》正式將炎帝神農氏的神話搬入了史書，西漢中前期又正逢黃老無為思想盛行，於是，休養生息發展農業成為立國之策。於是，對炎帝神農氏這一農業神的崇拜便得到統治者的大力提倡。皇帝不僅舉行親耕典禮，還設立祭祀神農的壇廟，委任官員加以管理，炎帝神農氏的祭祀從而成為定製。而且，炎帝不僅就是神農氏，還被賦予了“先農”的尊號。
據稱，遠古時，人們稱神農為田祖、先嗇。湖南省考古研究所最新發現稱，他們從龍山裏耶二十餘枚秦簡中，釋讀出秦人祭祀“先農”的史實。而文字記載稱：自漢代始，人們稱神農為“先農”。例如，《舊漢儀》雲：“春始東耕於藉田，官祠先農，先農即神農炎帝也”。《通典》亦雲：“北齊藉於帝城東南千畝，”“作祠壇於陌南阡西……每歲正月上辛後吉亥，祠先農神農氏於壇上，無配饗，祭訖親耕”。而後，曆朝皆在京城設壇祭祀先農，形成了規製。唐宋時將祭祀及設施規模予以擴大，元統一中國後，在大都城東藉田建先農、先蠶二壇，隆重祭祀。直到明清，先農一直成為國家的祭祀之神，被列入國家祀典的中祀。而清代在認定“炎帝神農氏”為一體的同時，也將象征人類農業鼻祖的“先農”尊號給予了炎帝。雍正十三年（公元1735年），河東總督王士俊在奏請奉祠先蠶的折子中明確提到：“前明厘正祀典，山川百神，各依本號。如農始炎帝，止稱先農之神。則蠶始黃帝，亦應止稱先蠶之神。”《清世宗實錄》卷155，雍正十三年閏四月。
可見，先農之祀雖源於古製，清代的祀典卻是承襲了明製。位於北京外城南端中軸線西側（北京永定門內）的先農壇建於明永樂十八年（公元1420年），至清代，統治者在不斷完善先農壇耕祭禮儀的同時，對先農壇的建築也進行了全麵的修葺和改建，乾隆時更是在壇內廣植鬆柏榆槐，鋪設了紅磚琉璃瓦。據《清史稿》記載：“先農壇位西南，周四丈七尺，高四尺五寸。東南為觀耕台，耕藉時設之。前藉田，後具服殿，東北神倉，中廩製圓。前收穀亭，後祭器庫。內垣南門外，有神祇壇在焉。”《清史稿》卷82，禮誌一。而清代對先農的祭祀在清人入關之初就開始了。
據記載：“順治十一年（公元1654年）定，歲仲春亥日，凡恭遇皇帝躬行耕藉禮，先期，戶部、禮部堂官偕順天府尹進耕藉耒耜及穜稑種。屆期，以太牢享先農之神，行三獻禮，飲福受胙。禮成，乃躬耕藉田。”光緒《欽定大清會典事例》卷439，第1頁。清光緒二十五年原刻本，新文豐出版公司影印。而且，自康熙帝始，雍正帝、乾隆帝皆親至先農壇享先農，行躬耕藉田。雍正四年（公元1726年）雍正帝還下令，以“天子藉千畝，諸侯百畝”之禮，將先農之祀典推行到地方。定製：“順天府尹，直省督撫及所屬府、州、縣、衛，各立農壇藉田。自五年始，歲仲春亥日，率屬祭先農。”《清史稿》卷83，禮誌二。於是，凡地方府、州、縣城池之周邊，皆建有先農壇。先農壇由此成為地方城市建築中的一個固定景觀。
其次，炎帝享有曆代帝王之祀。順治二年（公元1645年），清朝定製，曆代帝王有：“太昊伏羲氏、炎帝神農氏、少昊金天氏、帝顓頊氏、帝高陽氏、帝高辛氏、帝陶唐氏、帝有虞氏、夏禹王、商湯王、周武王、漢高祖、漢光武、唐太宗、宋太祖、元世祖及增入的遼太祖、金太祖、金世宗、元太祖、明太祖，共二十一帝。”《清世祖實錄》卷15，順治二年三月。神農炎帝居第二位。清代除了在京城建有曆代帝王廟，於三月三日進行例祭之外，炎帝以曆代帝王之尊，其祭祀更直接地表現在他的陵寢祀典上。
眾所周知，對炎帝的陵寢之祀始於宋代。但是，正如炎帝的出生地存在著疑問一樣，炎帝的陵寢同樣是一宗無法解開的謎案。據稱，宋朝初年太祖趙匡胤下令遍訪天下古陵，以尋找炎帝陵寢。而後終於在乾德五年（公元967年）於湖南茶陵縣找到了炎帝墓，修建了陵寢，並“立廟陵前，肖像而祀。”對此，清代的地方誌中有這樣的記載：湖南“衡州府酃縣（原茶陵縣）炎帝廟在縣西炎帝陵旁，廟在陵側，宋乾德五年建，六年以祝融配食，九年詔移廟就縣，去縣五裏，淳熙十三年仍移陵側，淳熙十四年詔衡州葺炎帝陵廟。宋乾德中遣官致祭，舟覆。奏立殿縣南，以承大祀。明嘉靖中改卜於其右址拓而新之。中為殿，殿外建高閣，碑碣錯峙，其間閣下陛道丹墀如製，東西建兩廡，周遭垣牆，前列三門。”光緒《湖南通誌》卷75，典禮誌·祠廟。清光緒十一年重刊本。