後現代主義者所認為的科學的意識形態化及其對科學的意識形態化的批判，成為“科學大戰”爆發的一個原因。
二、以“社會”取代“自然”―科學認識論之爭
這場論戰實質上是兩種文化的深層認識論的衝突在新的曆史條件下的再現，具體表現為實在論―理性主義與社會―曆史主義之爭。
實在論―理性主義的基本立場：（1）科學是進步的事業，這種進步特征表現在增強了預言和介入自然的能力；（2）這些增強的預言和介入能力使我們能夠正確地聲稱：科學研究中的對象是獨立於我們關於它們的理論而存在的；（3）我們的理論容易受到證偽的反駁，我們對自然的表達是近似地正確；（4）科學是建立在觀察與實驗的基礎上，爭論是依靠理性與證據的標準來解決的；（5）隨著我們進一步把握理解自然的方法，這些理性與證據的標準也就隨之而進步了。
社會―曆史主義的基本立場：（1）科學是人類所從事的事業，那就是說，由生活在帶有複雜社會結構和長期曆史中的，認識上有局限的生物所從事的事業。（2）沒有科學家所屬種族的先前曆史塑造的範疇和偏見，科學家就不能夠從事研究活動。（3）科學的社會結構會影響研究的傳授或接受方式，這一方麵可能會對理論的內部論戰有著重要的影響。（4）科學所屬的社會結構決定著那些被認為是最有意義的問題，並且常常也會影響著所提出的答案及其接受程度。
20世紀60年代前，實在論―理性主義占統治地位，其主要代表為邏輯實證主義。邏輯實證主義有新老之分―經驗證實與證偽，但二者的科學觀共享著基本的科學信條：（1）科學方法的統一性：認識現代社會的基本方法的標準應該統一由科學來製定。（2）科學的研究對象的統一性：自然實在的科學的唯一對象，科學真理對應著自然實在。（3）科學基礎的統一性：科學是以實驗和觀察為經驗基礎，經驗的科學理論解釋現在預言未來。（4）科學知識及知識生產的價值中立性：相信科學真理可以獨立於道德反省和任何主觀因素（個體的或社會的）的影響而獨立實現。基於這些基本的信條，科學是實在論―理性主義立場，堅持科學以及科學理性為核心的人類理性的持續進步。
然而20世紀的科學發展（特別是由於相對論與量子論的誕生）很快表明：科學雖然有自己的一套建構和評價知識的可靠性的戰略、標準和信念，但這種戰略、標準和信念並不能證明科學知識為真。自20世紀50年代以來，傳統的實在論―理性主義的科學表述受到了挑戰。以庫恩的曆史主義為先河，費耶阿本德的科學無政府主義、羅蒂的科學實用主義等對傳統的認識論和科學觀開始清算，質疑那些堅持邏輯和證據是科學的有效性和科學家理論選擇的主要決定因素的理性主義和客觀主義，把相對主義、無政府主義和實用主義公開引入科學哲學。庫恩的科學哲學的曆史主義轉向，同時打開了運用人類學和社會學研究科學知識的路徑。這種研究路徑導致了對庫恩曆史主義的激進解讀，最終形成了以“強綱領”為核心的當代科學知識的社會建構論的理論強勢。
“強綱領”的核心立場和方法論主張，布魯爾概括為四條原則（1）因果性。即對知識的社會學說明模式是因果型的，它應當涉及導致各種知識和信念狀態的條件。對於這種狀態，各種原因類型共同發揮作用。（2）公正性。即知識社會學應當公正地對待真理和謬誤，理性與非理性，成功與失敗。對立的兩個方麵都應當得到合法的說明。（3）對稱性。即科學知識社會學在說明風格上應當是對稱的。同一類型的原因應當既可以說明真實的信念，也可以說明虛假的信念。（4）反身性。即從原則上說，知識社會學的各種說明模式必須能夠運用於它自身。如果不是這樣，知識社會學就會成為它自己的各種理論的有效駁斥。
基於“強綱領”思想的延伸和擴展，針對現代科學知識，科學的後現代研究得出三個結論：（1）科學真理是科學共同體協商和默契的結果，而不是對自然的認識，特別是在確定自然真理問題上，自然沒有或隻有很小的作用，因為科學事實本質上是一種權力的建構。（2）理性和實在不會限製任何信念係統，沒有任何信念係統具有特權。（3）榮譽必須賦予“行動者”。這些結論的後果是：科學、理性、真理、進步等認識論規範應該讓位於雄辯的口才，讓位於權威與權力，導致了科學與意識形態、科學與迷信、事實與錯誤、知識與信念的混淆，最後得出費耶阿本德式的結論：在科學地位上，占星術與天文學、巫術與醫學、燃素學說與氧化學說之間，並不存在著本質的區別。這些結論顯然與科學所自認並信奉的科學的高度自立性以及科學知識和科學認識的理性、真理性、客觀性相對抗。
另外，後現代科學元勘對科學的探索常常帶有相當含糊性（甚至於誤解），對科學工作的具體結論，采用隱喻和修飾的手法，引入各種稀奇古怪的術語，玩弄語言遊戲，其中充滿著對科學知識的誤解。這種失誤表現在許多著名學者，如後現代大師德裏達、拉康、利奧塔、德勒茲，科學元勘的重量級人物，如拉脫爾、柯林斯、麥茜特等身上。這種做法很容易引起科學家的正當憤怒，由此引發了格羅斯、萊維特、索卡爾、沃爾珀特等人就他們對科學的無知所進行的某些合理的批判。
總之，從認識論的角度來看，“科學大戰”是後現代科學元勘以科學研究的“社會維度”來代替科學研究的“自然維度”的結果。正如索卡爾所指出的那樣：“我的目的是保衛我稱之為科學的世界觀這樣的東西，這種科學的世界觀在廣泛的意義上定義為一種對證據和邏輯的關注，和不斷地把理論與現實進行對照……對我來說，真理、理性和客觀性是我們必須要辯護的價值，而無論從什麼樣的政治觀點來看，真理、理性與客觀性是至關重要的，沒有它們，我們就會失去我們的批判力量。”
三、學術地盤之爭
“科學大戰”在一定意義上來說，它反映出人文學者為爭奪學術地盤所進行的權力鬥爭。這種鬥爭反映在兩方麵，一方麵是西方的人文學者爭奪失去了的學術空間，另一方麵是第三世界學者為自己的傳統文化尋求生存空間。
從社會心理的角度來看，後現代思潮對科學的這種特殊的反映，根源於西方社會中根深蒂固的自由主義傳統。西方人對大規模的、有組織的權威的盛行持強烈的否定態度。在文藝複興時，科學作為一種異己的力量，是一種反對宗教權威的力量，是向一切教條挑戰的力量，因此是深受社會歡迎的邊緣力量。然而，自從17世紀以來，科學和科學所驅動的技術已經深入到整個社會權力、生產與信仰之中，並擁有絕對優先權。從文藝複興以來，形成了一個奠基於理性科學的不可抗拒的世界觀。這種專橫的態度引起西方社會中其他文化的極大反感。霍爾頓指出：“17世紀的科學家要求人們重視他們，主要根據不是他們能更好地計算行星軌道和炮彈的軌跡，而是他們在取代整個前科學信仰體係方麵的作用。自從那時以來，三個多世紀中，他們已指出了他們的宏偉綱領，要形成一個奠基於理性科學的不可抗拒的、籠罩一切的世界觀。這種專橫的計劃當然引起了西方社會以前的主要文化主宰者的反感，他們一直抗拒要他們靠邊站。”。20世紀初，斯賓格勒在《西方的沒落》一書中預言到：科學以一種循環的方式前進，由研究自然並發明新的理論的浪漫階段，過渡到科學知識逐漸僵化的鞏固階段。當科學家變得更加傲慢並對其他信仰體係，特別是宗教體係更不兼容時，社會就會放棄科學，轉而信奉宗教原教旨主義或其他一些非理性的信仰體係。斯賓格勒並預言到科學的沒落以及非理性思潮的複活將開始於20世紀末。當前的西方學者從不同的角度出發，反對他們所設想的科學的“社會神話”地位。費耶阿本德從其成名作《反對方法》到《自由社會中的科學》和《告別理性》，再到其自傳《虛度此生》（Killing Time）和遺作《豐富的後果：抽象的神話與存在的豐富性》，一生就為破除科學理性的“神話”，取消科學的權威地位進行著不懈的鬥爭。最為激進的是以女性主義者桑德拉?哈丁為代表一派，他們主張，今天的科學致命的缺陷是“男性中心主義”，以及對科學進步的信念，它們已經發展到了這樣一個地步，以至於需要一場比現代西方文化奠基人能夠想象到的更為激烈的思想、道德、社會和政治革命。