新疆學院經原教務長林基路等共產黨員的努力，一所舊式學校被改造成為具有新血液、新精神、新麵貌的新型學府，但是辦學條件仍十分落後。杜重遠任新疆學院院長後，寫給鄒韜奮的信中說：“新疆學院，除一座舊營房外，別無長物，不要說物理化學、生物衛生種種設備，連教課的書籍也不完全，真是一座沙漠荒地……”但他想的是，“純樸天真的青年，他們文化雖然落後，他們的求知欲望非常強烈。搶購書籍，掉鞋掉帽。”
杜重遠激情滿盈、精力過人，決心辦好新疆學院。他剛走馬上任，便因要務需赴重慶。雖然路途辛苦，來去匆匆，仍於風塵仆仆中為學院購置圖書，也為同學們個人代購書籍。他把生活書店、新知書店、新華日報館、讀書生活出版社等有關政治、經濟、哲學、史學、文學、自然科學各門類的書買回了三卡車，號為“文化列車”。這次的購書量很大，既充實了學校圖書館，也充實了每個同學。
杜重遠認為，新疆目前最需要懂得少數民族語文，懂得維吾爾語文、哈薩克語文、蒙古語文、柯爾克孜語文，直接能為少數民族服務的人才，於是他創立了語文係，專門培養這方麵人才。
杜重遠決心要將新疆學院擴建為新疆大學，以發展教育事業，澤被邊疆。他向教育廳申報新建校舍，還不辭勞苦各處奔走。盛世才對出錢建校舍並不十分感興趣，雖然表麵答應，卻遲遲不予撥款。當時，毛澤民任財政廳代廳長，十分支持辦學，設法撥給款項。新校址破土動工，杜先生取出藍圖掛在工地席棚上，興致勃勃地對學生講解未來新疆大學的遠景規劃，說要設立政法、理工、農學三個學院，開辦12個係，招收各族學生500名。他手拿教鞭指著藍圖，哪裏是教室、化驗室、圖書館，哪裏是俱樂部、運動場，還有農業試驗場。
杜重遠除申報新建校舍外，還發動師生自己動手，修建了秋千、浪橋，修建了籃球場、排球場，還修建了冰場。籃球破了，補好再用；實在買不上籃球時，就自己動手創製了“木截球”。“木截球”簡便易造，是用5截30公分長的木頭截子和5根60公分長的木棒子組成。“木截球”對鍛煉臂力有特別的好處，很受同學們的歡迎。由於愛打木截球的同學多，還舉行過木截球比賽。
院辦公室屋簷下掛著個“意見箱”，風吹日曬，布滿灰塵。這件不顯眼的小事，杜院長卻看成大事。他規定“意見箱”由學生自製會負責，每三日開鎖一次，將意見分類交各部門認真處理。這對改進院方工作有極大好處，人們欽佩院長“一分精神，一分事業”。
杜重遠院長住在離院不遠的羊毛湖巷。他每天清晨提前到院，與學生一起參加早操，從不間斷，偶爾不來也要向學生說明。他說“有紀同遵，有則共守”，才能形成好院風。同學們在大食堂吃飯，八人一桌，飯食比較粗劣。他也在大食堂搭夥吃飯，大家吃啥他吃啥。
課外或休息時，杜院長常出現在學生中間，哪裏人多他就在哪裏。星期日，十多名學生坐在樹蔭下交談。院長來了，就地而坐，與學生攀談起來，有說有笑。他問起學生家庭情況時，一位語文係的學生說：“家父在城裏開設陶器店。”
“咱們是同行，我也做過陶器生意。”院長說當年在東北經營陶器，為提倡國貨，抵製日本在東北傾銷瓷器，甚至不惜賠本也要與日商爭高低。他說，“要做一個有骨氣的中國人！”
“你是東北工商界知名人物，一定很有錢，為什麼不繼續做生意呢？”有位同學問。