“日寇入侵，國破家亡，堂堂男兒，豈能容忍！我要做生意，早就發大財了！”
杜重遠蒞院視事後，即規定同學們每天都要寫日記，他親自逐日逐本批閱，借以鍛煉大家的寫作能力和處事持之以恒的毅力。當時全院有六個班，一個民族學生班，五個漢生班。漢生班共約200餘人，每天都有200來本日記。他通過看日記了解同學們的思想和問題，對日記上反映的問題用各種方式予以具體解決。杜院長用紅色鉛筆批閱日記，對於複雜的問題，不厭其煩仔細批閱，有時批閱的文字長達好幾頁。一個叫吳任武的同學，把杜院長長達五頁的日記批閱，視為珍寶，長期保存。
杜院長在學院主講“抗日民族統一戰線”課，每周星期一上午集中全院學生講一次，向學生進行愛國主義教育，當時叫“精神講話”。他講課如同發表演說，侃侃而談，聲音洪亮，條理清楚，語言簡潔。他講課的內容，切合實際，針對時弊，實實在在是一種精神的滋養和行為的導向。
杜重遠洞悉國民黨內部的情況。他說：“國民黨內部對抗戰的態度分為主戰派、主和派和動搖派。”他用當時社會上流行的一句話：“見馮（玉祥）主戰，見汪（精衛）主和，見蔣（介石）和戰皆主！”來揭示國民黨內部對抗戰的態度。對“和戰皆主”動搖不定的蔣介石，他認為應該用逼的辦法，逼蔣抗日。“西安事變”就是逼蔣抗日的具體表現。當講到“西安事變”時，有同學遞上一個紙條。
“杜院長，你在‘西安事變’中起過何種作用？”
“1936年4月，當我在上海虹橋療養院軟禁時，張學良將軍曾利用去南京開會的機會，去虹橋療養院看我。我和張學良將軍曾在一片樹林裏密談過。楊虎城將軍也借治牙病住進虹橋療養院，我和楊虎城將軍也密談過。1936年9月8日我獲釋出獄，10月間就奔赴西安，又與張學良、楊虎城將軍晤談，並在東北軍和西北軍中進行了廣泛的聯絡工作。”
杜重遠以自己的聲譽和社會地位訪友招賢，為新疆學院聘請教師。除前述文學家茅盾、政治經濟學家張仲實外，還請來留美農學博士、西北農學院教授塗冶等，籌建新大農學院，以及政治學家史枚、經濟學家沈誌遠、理工學家史傑，學者周世賢、江浩、革命曆史小說《新生代》的作者齊同等。還有不少知名學者等待新校址建成後，即來新疆工作。當時，新疆學院真是人心所向，人才薈萃。許多內地青年向往新疆，寫信要求來新疆讀書。一個早晨，杜重遠拿著一疊信件，當眾宣讀了一封重慶五青年聯名來信。他們都是高中畢業生，要求來新疆學院上學，如果入學考試不及格，請求留院當一名雜工，為國效勞。
新疆學院充滿學術研究空氣。為使師生們的研究成果能有地方發表，杜重遠和茅盾、張仲實等創辦了院刊《新芒》。《新芒》、《反帝戰線》、《新疆青年》、《新疆婦女》是當時新疆主要的期刊。
1939年暑假，新疆學院組成了暑期工作團，由院長杜重遠任團長，張仲實和延安來的教務長郭慎先任副團長，赴伊犁沿途各縣宣傳，動員群眾抗日救亡。本來茅盾也一起去伊犁考察，臨行時盛世才把茅盾留下，要他和王寶乾一起陪英國駐中國的總領事去遊玩，因此茅盾陪總領事遊玩了廟兒溝和位於博格達山峰的天池。
“新疆學院暑期工作團”每到一地，杜院長都要組織同學們做社會調查，了解當地群眾生活情況、生產情況、思想情況；每到一處，杜院長都以自己的親身經曆，向各族人民發表豪情激昂的演說，宣傳前線軍民英勇殺敵和後方人民支援前線的可歌可泣的事跡。他沿途各地發表演說，從不重複，各有特色，生動具體，深受歡迎。每到一地，學生就走上街頭宣傳抗日，教唱抗戰歌曲，張貼宣傳畫，用石灰水書寫大標語，激發群眾的愛國熱情。特別是他們公演了集體創作並由茅盾潤色的《新新疆萬歲》大型話劇，深受群眾歡迎。他們在烏蘇縣的演出引起強烈反響，第二天清晨，縣長和許多群眾趕到工作團駐地攔住汽車，要求再演一場。