1939年9月，第二次世界大戰爆發，國內正處在抗戰相持階段，國民黨的反共摩擦活動也日益加劇。這時候的盛世才，對親蘇親共已表現出動搖，並開始上下其手，釀造血腥，接連製造杜重遠案、阿山案、回案、崔榮昌案、六星社案、陳培生案等等各種所謂“反政府”的“陰謀暴動案”。濃重的殺氣壓在四周，新疆民眾，尤其是公務人員，人人自危，提心吊膽。
杜重遠被軟禁被逮捕入獄，繼而被秘密殺害，受杜案牽連而被逮捕者達1200餘人。盛世才在《四月革命的回顧與前瞻》中說：參與此次陰謀暴動案主要者漢族有，杜重遠（新疆學院院長）、張宏與（財政廳長）、李佩柯（官藥房經理）、王兆慶（城防營長）、姚雄（伊犁警備司令兼行政長）、陳培生（邊務處長）、崔榮昌（團長）、楊德祥（阿山警備司令）、薑作周（中學校長）、劉貴斌、邢國文；維族有，阿不都大毛拉（建設廳長）、庫爾班尼牙孜（公安管理處副處長）；哈族有，沙裏夫汗（阿山行政長）、艾林群王、布哈特貝子；回族有，藍延壽（副廳長）；歸化族有，別克迭也夫（公路局長）。這個陰謀組織，預備在九一八民眾紀念大會上起暴動，如九一八準備未成熟，即在三十年四一二舉行暴動。
盛世才的這一次“肅清”運動，雖未直接打擊中共黨員，但卻把中共的群眾幾乎掃光了。同時又逼使被逮捕的“人犯”在口供中牽連到當時蘇聯駐迪化的代理總領事歐傑揚克，說歐傑揚克支持托派杜重遠等奪取新疆破壞抗戰的陰謀。
莫斯科即派葛內金、恰克雷金來迪化參加審訊工作。葛、恰二人提審了維族“人犯”24名。這些人把以前的供詞完全推翻了，他們以所受酷刑之傷痕為證，證明他們的冤枉。而盛世才除了“人犯”的口供外，又拿不出其他任何證據來，於是葛內金等懷疑到盛世才所派的審判人員，如公安管理處處長李英奇、視察處處長劉秉德等人，別有企圖，蒙蔽政府。葛等舉出許多理由，證明這個陰謀案完全是子虛烏有，並寫成意見書提交盛世才。盛當時非常震怒，立即親提翻供的“人犯”，或者刑訊，或者撫慰。這些“人犯”在這種情勢下，自然不敢再翻。庫爾班色衣托夫等人且親自撰悔過書，把以前的自供更擴大了，並聲明他們的翻供完全出於葛內金等誘導。盛即據此，把各項審訊筆錄譯成俄文，共162冊，819頁，包括53名“人犯”的口供與總結，寄交在莫斯科學習的盛世騏轉呈斯大林。盛世才兩次給斯大林上書，說明此事。斯大林並未理會此事，隻是將陳培生調回，又分到中國其他地方做地下工作。
盛世才1937年、1940年搞的陰謀暴動案，都是在所謂“革命”的外衣下進行的“肅反”工作，打擊的對象都是所謂托派分子和其他各種“反動”分子。炮製杜重遠案時，盛世才曾經發布三個布告：第一個是1939年冬發出，內容是“為了防止敵探漢奸，由國內混入新省進行破壞工作，定出對國內來人的限製，和對國內來人冒名頂替和假造履曆的處罰辦法”；第二個是1940年春發出，“號召公務員及民眾互相監視和檢舉敵探漢奸托匪”；第三個是1940年5月底發出，也是號召切實檢舉敵探漢奸托匪，並允直接向他告密。盛世才的這些做法與蘇聯大清洗的影響不無聯係。20世紀30年代蘇聯大清洗時期，在莫斯科舉行了三次舉世矚目的大審判，可以說是這次大清洗的主要標誌。第一次在1936年8月，被審的是所謂“托洛茨基—季諾維也夫聯合總部”陰謀集團，季諾維也夫等16人被槍決；第二次在1937年1月，被審的是所謂的反革命組織“平行總部”，拉狄克、皮達可夫等17人被處死；第三次在1938年3月，被審的是所謂“右派托洛茨基集團”，布哈林、李可夫等21人被槍決。1937年6月還審判了一批著名紅軍將領，圖哈切夫斯基、亞基爾、烏博列維奇等8人，罪名是參加“反蘇托洛茨基軍事組織”。在此，僅以這次為例看一看大清洗情況。斯大林以圖哈切夫斯基元帥為序幕，導演了一場驚心動魄的肅反運動。在這一過程中，5名元帥中有3人被處決，1人長期淪落異國；此外，15名集團軍司令中有13人，85名軍級幹部中有57人，196名師級幹部中有110人，406名旅級幹部中有220人都被合情合理地“清洗”掉了。軍隊幹部如此，地方幹部，以及那些不顯眼的技術人員不用多想，絕對好不了多少。對自己的同誌都不肯刀下留情，至於階級異類的地富，情況顯然也就更糟了。可以看得很清楚，所有這些受害者的主要罪名均同托洛茨基有關；當然，另外還有一個罪名是外國間諜，這是為了加重罪行。審判完全憑口供定罪，酷刑之下，屈打成招。