盛世才加給杜重遠的罪名也是托派，誣說杜重遠等人受重慶托派首領陳原的派遣來新疆。杜重遠在審訊筆錄中說：“我決非托派，硬說我是托派，此係最痛苦者，比受刑還苦。真奇怪，聽你們所說，就像比我自己還清楚，但問我自己有這樣事沒有，我自己總比你們詳細……我不了解，為什麼一定說我是托派。漢奸、托匪都加到我的頭上了，我究竟是什麼東西，隻有我自己知道。這些話都不說，一說就有問題，就說我翻供，我決不翻供……哎呀，我那個供是怎樣寫出來的呀！”杜重遠還有一條“罪狀”，是以日本帝國主義為背景，受汪精衛活動費2萬元來新疆活動。
當時中共在新疆的代表陳潭秋指出：這次案件的意義是新疆反動派用誣蔑陷害的手段，向進步分子的大舉進攻。他們利用杜案羅織株連，企圖將進步分子一網打盡，雖然在這一案件中被捕的確實有些壞分子，但左翼文化人與新疆本地的進步青年也捕了不少，他們在新疆活動據我所知也做出明顯的成績，並無任何反政府的言行，雖然他們中間有的人對政府設施曾表示不滿。所謂“陰謀暴動案”在新疆是連續不斷地發生。“每次逮捕都引起社會極大的不安，人人感覺自危，大家隻好緘口埋頭敷衍吃飯。”
杜重遠案件是盛世才背叛六大政策，反蘇反共表麵化的一個嚴重步驟，是盛世才向右轉的公開信號。雖然這時盛世才還舉著親蘇親共的旗幟，但是拋棄這個旗幟，隻不過是時間問題了。