從中國現代性的“未完成”角度加以觀察，我們依然可以說啟蒙的時代並沒有真正結束，不過，在政治文化、大眾文化與中國式“後現代”等多重文化衝擊和扭曲之中，所謂的“啟蒙”也變得格外的複雜和暖昧了。在新世紀，在新的曆史語境之下，一個啟蒙思想家對啟蒙的思考和理解也必然包含著對中國知識分子啟蒙之路的種種反恩和自省，更汲取了西方當代思想家對啟蒙文化的各種深刻的追問和批判。在這個時候，我們看到，王富仁提出“新國學”主張已經不等同於過去那樣對啟蒙的簡單維護，其中，分明包含了論者對90年代以來對五四啟蒙傳統麵臨的種種重大挑戰的新的回應。
在1980年代，啟蒙的敘述往往在簡捷的“反封建”邏輯中進行，但是，如此政治色彩很強烈的論述卻不時掩蓋了我們對“知識”本身問題的揭示。“新國學”的論述是在現代知識論的立場上進行的全新的展開。王富仁先生反複指出，“新國學”不是一個排斥性的概念，它恰恰是為現代中國知識分子的生存發展確立一個寬廣的空間；這樣的“確立”不再是政治意義與經濟意義的，而是回到知識分子安身立命之本——學術——中來，“學術之所以與人類以及一個民族的其他社會事業有所不同，就是因為它在人類以及一個民族之中，具有其他社會事業所沒有的獨立力量，也能發揮其他事業所無法發揮的獨立作用”。借助“新國學”的倡導，王富仁為“學術”作了全新的正名。眾所周知，自20世紀90年代以後，“學術”的飆升是作為“政治”思維下降的重要結果，然而，簡單的“去政治化”就如同過去簡單的“政治化批判”一樣，也許本身就包含了我們對現實社會問題的忽略和冷漠，學院派學術活動的“學術”究竟該有怎樣的意義，這並不是一個容易解決的問題。在王富仁看來，提出知識分子的學術立場，既是從過去那種政治立場的“回歸”，但同時卻並沒有放棄一個知識分子應有的社會關懷：“學術是對現實實踐關係的一種超越，但這種超越也是建立在對它的關切之上的。沒有關切，就必須超越；有了關切，才有超越的願望和要求。”在這裏，王富仁對當下學院派學術的批判態度十分明顯。作為一位常常以“社會派知識分子傳統”自詡的學人，王富仁對“學術”的理解可謂是對20世紀90年代以來現代文化傳統麵臨的挑戰的最有力的回應。
在過去，啟蒙的敘述又往往體現出了鮮明的“二元對立”的對抗性思維，即對某種啟蒙文化的倡導必然要以對相反傾向的反對為前提。今天的“新國學”體現了一種新的深刻的包容思想：將一切學術和知識納入到“現代文化”的框架當中，這就為我們不同思想傾向的知識分子找到了彼此對話和溝通的“思想的平台”，這是一種突破“二元對立”思維的新的包容，但卻不是喪失自己立場的無原則的寬容，它的立場始終都相當清晰：維護和發展現代文化的新的傳統。王富仁先生進行了相當深刻的反思：“在過去一個多世紀的過程中，我們的文化包括我們的學術是分而又分的，各自有各自的價值標準，各自有各自的評價係統，假若沒有一個超越性的價值標準，我們之間任何一點微小的差異就會導致我們之間的分裂，而一旦分裂就沒有了一體的感覺。”“所有這些二元對立的文化框架和學術框架都幾乎絕對地將我們分裂開來，彼此構成的不是互動的學術體係，而是彼此歧視、壓倒、顛覆、消滅的關係。”“實際上，我之所以認為‘新國學’這個學術觀念對於我們是至關重要的，就是因為，隻有這樣一個學術觀念，可以成為我們中國知識分子文化的、學術的和精神的歸宿。”同時，“這絕不意味著知識分子及其學術活動是沒有任何獨立的價值和意義的，也絕不意味著知識分子之間就沒有必要進行任何形式的學術論爭。”