4.各項支出的控製：高等學校日常會計工作大量處理的是各項借款報銷事項，會計核算的主要內容是各項支出，各項支出也反映和體現高校各項事業和工作的完成情況和效果。當前各高校都不同程度地存在收不抵支的情況，如何使有限資金發揮最大的效用，是高校財務管理的核心工作。因此，高校內部會計控製的一個很重要的環節是各項支出。各項支出控製的重點應是：（1）各項支出是否符合學校的各項工作計劃；（2）各項支出是否符合學校預算；（3）專項資金支出是否符合資金管理要求；（4）設備采購支出、基建項目工程款支出、修繕費用等大型支出，是否符合招投標製度或審計製度。
5.科研項目合同的審核：開展科學研究是高等學校的一項重要工作，高校橫向科研項目如何管理，科研合同如何簽訂，已成為現今高校科研管理中的一個重要環節，高校科研合同簽訂過程應重點控製科研項目的任務目標與實際科研能力是否相匹配，學校有無完成任務的能力和水平，教師個人應承擔的義務。
三、高校如何做好內部會計控製工作
高校內部會計控製工作是一個涉及全校各部門、各方麵的綜合工作，是一個複雜的係統工程。要做好高校內部會計控製工作，需要學校各級領導和教職工充分重視，並健全機構，職責分工明確，建立科學的管理程序，嚴格執行已製定的製度。
1.加強財經法規意識和財務風險防範意識。高等學校過去一直僅依靠財政撥款來運轉，與市場經濟不相聯係，因此，相當部分高校的經濟意識淡漠，風險意識模糊。隨著高校規模的不斷擴大，高校所處的內外經濟環境也日益複雜多變。高校的會計工作不再是記賬、算賬、報賬的簡單操作，而必須對由高校的各項工作所引起的會計事項進行事前控製和事中控製，會計從業人員要有清醒的經濟意識和風險意識，而且這種意識不僅僅財務部門和財務工作人員要有，高校的各級部門領導都要有，隻有這樣才能使內部會計製度不流於形式，發揮其應有的作用。內部會計控製製度隻有各環節層層把關，嚴格審查控製，才能真正控製好。
2.建立和完善高校財經管理機構，加強管理職能。內部會計控製要求不相容職務相互分離控製，這一製度主要是根據高校內部的經濟業務活動情況和有關職務進行的分離控製。在這一原則下，必須調整和完善高校的財經管理組織機構，使涉及高校財務收支、貨幣收付、資產負債權益增減的各項事項均有除財務以外的相關部門管理，這樣不僅在財務內部不相容職務分離，在財務外部也存在相互製約相互監督的機製和環境，真正實現內部會計控製。高校經過幾十年的發展均已形成一套有效的教學科研組織機構，但對於一些新事項還缺乏完善的組織機構管理，如投資活動、資產管理等。另外，學校沒有專業的財經委員會審核學校的財務核算，僅靠財務自身的職業道德、法紀法規，有時還是難免有些問題的出現。
3.加強基礎工作，實現科學管理。高等學校在教學管理、科研管理方麵經過多年的努力已形成一套有效的工作規範。財務管理工作由於其曆史上在高校管理中的地位，決定了其到目前還沒有形成一套有效、合理、完整的工作規範。雖然在財務管理的大環節上已有規範，但還缺乏係統的管理，管理方法還有待進一步完善，其中以預算管理最為突出。高校的財務預算應以高校教學科研任務為依據，但目前相當一部分高校的各部門隻管向財務伸手要錢，財務部門卻不了解其工作任務，這樣，預算可能走向兩個極端：其一、財務部門根據學校財力和過去情況安排預算；其二、財務部門根據各部門的申請安排預算，在這兩種情況下，都可能出現偏頗。因此，高校的財務預算編製方法還有待於進一步改進，使之更科學，符合高校發展的現狀。總之，建立內部會計控製製度，既是教育事業發展的需要，也是高校的法定義務。