勝保抵達熱河後吊唁了先皇梓宮。慈禧密切注意著周圍的動向，因為她受到八大臣的嚴密監視，不能召見勝保。當晚，勝保的住處來了一位神秘的人，這個人叫許庚身，是軍機章京，他作為慈禧的密使來見勝保。勝保提出想要兵諫的想法，許告誡勝保不要輕舉妄動，一旦打草驚蛇，勝保的軍權就會被削奪，就會影響太後的全盤計劃，一切要等到太後回到京城後再動手，隻有京城地點、時機、實力最為合適發動政變。勝保完全聽從了許的建議。十八日，勝保離開了熱河，急速趕回自己軍中。
二十三日，兩宮皇太後與小皇帝起駕返京，經過許庚身運作，護駕的二萬多人馬大都換成了勝保的部屬，確保兩宮太後的性命無虞。二十八日，車駕行至密雲，慈禧收到一個奏折，是勝保呈奏的，聲稱他堅決擁護禦史董元醇關於請求兩太後“垂簾聽政”的建議。“奴才勝保跪奏，為政柄下移，無以服眾，皇太後權宜聽政，而於近支親王擇賢而任……為今之計，非皇太後躬理萬機，召對群臣，無以通下情而正國體；非另簡近支親王佐理庶務，盡心匡弼，不足以振綱紀而順人心。”（《清史稿勝保傳》）。有了這個折子，已經被八大臣拍死了的“皇太後垂簾聽政”的提議，完全可能來個鹹魚翻身死灰複燃。勝保公開聲明支持慈禧與恭親王掌權，他作為朝廷重臣又手握重兵，極具威懾性，為慈禧添加了一個極具分量的籌碼。
次日，兩宮皇太後和小皇帝平安抵達京城，慈禧在恭親王的鼎力協助下，以秋風掃落葉之勢，將政敵肅順、載垣等八大臣及其黨羽一網打盡，奪得最高政治統治權，確立了慈禧、奕執政的新格局。勝保積極支持慈禧太後發動這次政變，成為“垂簾聽政”有功之臣。政變後，慈禧給予其重賞：勝保被晉升鑲黃旗滿洲為都統、兵部左侍郎，不久加兵部尚書銜。由從二品官員升任從一品大員，成為京職與外職兼於一身的重要大吏。可是，慈禧並沒有把勝保留在朝廷中樞，他沒能進入慈禧的核心政治圈。慈禧仍命他赴山東、安徽、河南“剿撚”，授命他繼續鎮壓農民起義，他以為這是再造帝國的重任，隻有他這樣的再世之才才可堪當。
同治元年（1862年），清廷授勝保欽差大臣，入陝鎮壓回民起義。途中黑旗軍首領宋景詩率部反戈，與清軍相抗，清廷嚴斥勝保失當。從此，勝保噩運臨頭，那些看不慣勝保的諸多官員紛紛上奏揭發勝保“任性驕縱，收受納賄，擁兵縱寇，欺罔貽誤”等十大罪狀（《清史稿勝保傳》）。勝保自恃有功於朝廷，對十大罪狀，勝保隻承認“攜小妾隨營征戰”一條，否認彈劾他的其他各條“罪狀”，稱是“誣告”，狂妄叫囂大喊冤枉，要求朝廷懲辦誣告他的人。慈禧異常惱怒，說他“挾製朝廷”。這實際上是慈禧新加給勝保的大罪，這就表明勝保在慈禧的心中已經由厥功至偉的功臣，轉成“挾製朝廷”的心腹之患。河南巡撫嚴樹森奏道：“回撚鬧事隻是癬疥一樣的小病，惟勝保為心腹大患。觀其平日奏章，不臣之心已可概見。”嚴樹森的話道出了慈禧的心病。