阿奎那接下來對上帝的性質特性進行了詳細地考察。上帝具有單一性：上帝不是一個形體；上帝是純粹的形式而不是形式與質料的混合；本質和存在在上帝這裏是完全一致的，他既是自身的本質又是自身的存在；上帝不屬於任何種類；他沒有偶性的東西。總之，他是絕對單純的，在他這裏沒有本質與存在、形式與質料、屬於種差、主體與事件的差別，他是單一的而不是一個統一體，統一是外在原因讓有差別的東西統一在一起。上帝是第一原則；他不是在物質的而是在有效原因的序列上，他是第一有效因。他是最完美的，不缺少任何其他種類的優秀。上帝絕對地是最高善，在本質上就是善，其他所有事物作為上帝的創造物分享了上帝的善因而才在相對意義上是善的。上帝還具有無限性、永恒性和普遍性，同時他是永生的。上帝是不混雜一點潛在性的純粹的實現活動，因此他自身也有最大的可知性——因為現實的東西才是可知的。在考察完上帝的性質之後，阿奎那對上帝的“名”、上帝中的知識、上帝的意誌和力量，以及上帝是聖父、聖子、聖靈三位一體的等問題進行了詳盡的論述。總之，阿奎那堅信並再次證明了上帝是全知、全能、全善的存在。
接下來阿奎那開始研究上帝對世界和萬物的創造和安排。上帝是萬物的本源，萬物都是上帝的創造物。創造物又分為精神創造物和物質創造物兩種。天使是純粹的精神創造物，阿奎那首先對它進行了詳細的論述。然後再對物質創造物主要是對人這種創造物進行考察。阿奎那認為人是靈魂和肉體結合而成的，靈魂沒有質料但必須和作為質料的肉體結合在一起，並將其作為它的工具。阿奎那基本上把人的靈魂等同於人的理性。在這一部分內容中，阿奎那借鑒了亞裏士多德的心理學傳統，詳盡地考察了人的本性、力量、靈魂。這些工作為他後麵對人的行為機製和德性的探討奠定了形而上學和心理學的基礎。
神學倫理學
《神學大全》第二部分主要論述人的歸宿和人的行為，通常被認為是阿奎那神學倫理學的係統表達。需要指出的是，阿奎那的神學倫理學是牢固建立在他形而上學的基礎之上的，因此我們必須把前麵第一部分中的相關討論，在這裏結合起來進行介紹。
（1）善與惡
阿奎那在討論上帝的性質時談到了他對善的看法。他認為善的本質就是被欲求的，簡單地說，善就是人所追求的目的。對於所有事物來講，隻有當它是完美時才會值得欲求。而每個事物隻有當它存在時它才是完美的，因此，善與存在是同一的，隻不過善表達了被欲求這個方麵的含義，存在卻沒有這個意思。另一方麵，每個事物由它的形式而成為它之所是。形式自身是由類來表示的，對於事物來講形式則是它存在的界線，界線又含有尺度的意味。因此，既然善的本質在於存在於完美，它也就存在於界線、類和尺度之中。這讓人很自然地聯想到柏拉圖對善事物的分類。
但是，如果說存在就是善的話，那麼現實中存在的惡難道也是善嗎？如何解釋惡這一現實現象呢？在總體上論述上帝與創造物的關係時，阿奎那認真地考慮了惡的原由這一重要問題。當時有些人認為，善顯然不是惡的原因，善不可能生出惡來，因此惡隻能產生於惡。那麼就如同有一個最高善作為一切善事物的原因、根源一樣，也有一個最高的根本性的惡存在。這樣一來，世界的根源就不是一個而是兩個了，他們認為不這樣就無法解釋惡的產生和存在。阿奎那堅決反對這種觀點。他指出善是指值得欲求的東西，他是事物的存在和完美。惡與善剛好相反，因此惡就既不是存在也不是完美，它必定是善的缺失。
阿奎那試圖從宇宙論上來解釋“惡”的存在。他指出，從本性上講，單獨的惡不會現實化（現實的就是存在的，也就是善了），也不會被追求，除非有善和它聯係在一起；惡就是不確定，本身沒有任何確定的東西，因此它也超出了人意誌和意圖的範圍。宇宙的完美是由不同等級的事物構成的。不僅有不朽的事物，也有可朽和要朽的事物，上帝為了維係宇宙的秩序這一更重要的目的，所以容納了腐朽衰敗的存在。在這些可腐朽衰敗的東西中存在著惡，因為衰敗就是一種惡，但它是在這個事物的存在即這個事物的善中存在。同時，既然惡是善的缺乏，那麼善就是惡的主體。但這不是說惡以與它相對的那個善為主體，而是說它存在於一個更高的善之中。例如失明不會存在於視力中，但它存在於一個動物的存在中。善是惡的主體，但對惡來講，它沒有正式的原因，隻是一種形式的缺乏，對達到正確目的的結構性缺乏。所以，惡沒有一個第一原則，而隻有善才有，不存在一個終極的最高的惡。
（2）意誌和自由選擇
阿奎那認為與所有的形式一樣，人的形式也有它本質的傾向。理性動物自然和必然地要追求完善的存在或幸福。阿奎那認為人的意誌必然會追求幸福。在意誌與必然的關係上，阿奎那根據亞裏士多德的原因說區分了四種必然性。他認為隻有一種是完全與意誌不相容的，這就是出於強迫和暴力而與事物的自然傾向相對的必然性。這種強迫的必然性實際上完全背離了人的意願對幸福的趨向這個根本的必然性。為了進一步解決人的自然傾向與意誌作用的發揮之間的矛盾，阿奎那采用了著名的觀點：“我們隻能在我們可以選擇這個或那個的程度上控製我們自己的行為”，而“我們追尋的最終目的不是在我們掌握中的東西”。幸福作為人必然的最終目的，主導了人的所有意誌，正如理智是對必然的第一原則的把握，因此它主導了所有的認知活動。所以，我們隻能選擇達到幸福的途徑和手段，我們在選擇時總是選擇那些似乎有利於我們獲得幸福的東西。
那麼，我們能夠做出自由的選擇嗎？我們能否真正掌控我們自己的行為呢？阿奎那認為人作為理性存在物，其存在的特征就形成於他的自由決定。在他看來，人有兩種認識：感性認識和理性認識，前者認識特殊的事物，後者認識普遍性的東西。這兩種認識聯係著人的兩種內在力量：感覺、欲望和意誌。感覺的對象是特殊的東西，因而感覺產生的欲望是一種變化不定的力量，一種消極的力量，完全由外界變動的東西來決定。感覺最終是必須服從理智的，欲望最終必然是被理智所理解的東西所推動。理智所理解的是普遍、不變的東西，它才是人的內在力量不變的推動者。人的意誌由理智所理解的東西所推動，意誌也就推動人趨向那個東西。但是，理智所理解的善隻是作為一個最終目的提供給人的意誌，它並不會直接強迫意誌一定要趨向它；另一方麵，意誌自然地會趨向對人來說是善的東西。意誌就以一種有效因的方式來推動理智和靈魂的所有力量，就像“一個國王為了國家的公共善以他的命令來推動各地的治理者”。（ST Ia。82.4）這樣，阿奎那就在神學的範圍內最大限度地保留了人的自由意誌和選擇。上帝隻是作為向人們提供的最終善而間接地影響人的行為，雖然人的一切選擇和行為都在他的掌握之中，但他不會直接推動人，也不會違背人自己的本性和意誌。上帝把行為選擇的權力交給了每個人自己，這樣，人的行為就因自己選擇行為所根據的目的而具備了道德意義上的善惡價值。倫理學也就獲得了獨立的學科地位和必不可少的研究價值。
（3）人的行為
阿奎那認為人的活動是道德意義上的行為，因此，關於它們的理論就是道德理論。為了進一步說明這個看法，阿奎那將人的活動區分為人的行為（actus humani）和人類的行為（actus hominis）。後者指的是人的純生理、自然、無意識、本能的活動，這些活動沒有經過理性、自由的人地思考和意誌選擇，因此沒有道德上的善惡之別。“這樣的行為是中性的”，屬於非道德領域（ST IIa IIae 18，8）。人的行為指的是人的意誌根據理性對目的的理解所自由選擇的行為。這種行為才屬於道德範疇內的行為，有道德上的善惡之分。阿奎那認為人與非理性動物的不同就在於人能夠控製自己的行為。那麼，顯然隻有能夠真正掌控自己行為的人才稱得上是一個真正的人。人之所以能夠控製自己的行為，那是因為人具有理性和意誌。
阿奎那繼承了亞裏士多德的目的論和幸福論，認為每個包含在人的行為中的意誌都指向一定的目的，這個目的是人通過考慮後被認為是好的目的。亞裏士多德認為有一個目的或善是人的所有行為的最終目的，他認為這個目的就是幸福。阿奎那接受了這一點，並為此做了一係列的論證。他指出，既然對於人來講，所有特殊的目的和善都是作為獲得最終善的手段才被人渴望和追求，那麼，如果不存在這個最終善，人就根本不會追求任何東西。所以，最終、最高級的善是存在的。但是，新的問題也就出現了：即使我們承認有這樣一種善存在，但它是人所能獲得的嗎？為了解決這個棘手的問題，阿奎那直接求助於他的神學形而上學：上帝創造人，絕不可能讓人的本性去趨向一個不存在或不可能達到的善。
接下來阿奎那注意到，雖然人人都在追求善、追求幸福，但是人們對什麼是人最高的善、最終的目的，怎樣才是幸福並沒有一致的看法。“有些人追求財富，把財富作為善；有些人追求快樂；另有一些人追求其他別的東西等等，不一而足”（ST Ia IIae 1，7）。這時，阿奎那再次拿出了他的神學形而上學。根據他的形而上學，善是存在的完滿，財富、肉體快樂、權力甚至是科學知識這樣一些東西至多是人某方麵需要的滿足，而不可能將人的所有潛能都現實化，滿足人所有的需要，使人成為完滿的存在。在阿奎那看來，人要實現完滿、真正的存在，隻能是在上帝之中。然而，人隻有在身後才能夠進入上帝的懷抱。所以，真正的幸福隻存在於來世，對於現世中的人而言，隻能在對上帝的觀照（理性沉思、洞察）中獲得現世的幸福。顯然，阿奎那用他的神學形而上學體係對亞裏士多德的目的論倫理學做了較大的修正，發展出一個新的倫理學體係——神學倫理學。