對於“奴隸道德”形成的分析，尼采的批判矛頭無疑是指向傳統的基督教道德。因為在尼采看來，傳統的基督教道德正是“奴隸道德”在當代歐洲的表現形式。他認為基督教道德的產生正是起始於兩千多年前猶太人開始的道德上的奴隸起義，是奴隸們反抗貴族的產物。其歸根結底也是產生於一種弱者本能的報複和怨恨心理。因為弱者把一切評判和報複的權力都交給了上帝，基督教道德正是通過指向彼岸的幸福誘惑和謊言等手段來麻痹和戰勝貴族的高貴理想。
在尼采的眼裏，“奴隸道德”在當時的歐洲已經悄然戰勝了“主人道德”，獲得了道德評判的主導地位。這種道德譜係的顛覆，在尼采看來無疑是一場悲劇和厄運。而所有這一切悲劇的造成，尼采把它都歸咎於歐洲的虛無主義傳統和基督教道德。所以，尼采對道德觀念起源的探討正是基於要顛覆基督教道德這一首要目的的。
良心譴責何以是一種殘酷的本能
為了闡述良心概念的內涵，尼采首先把人定義為可以許諾的動物。正是由於具備了許諾的能力，人就有了一種關於力量和自由的驕傲意識，並可以行使主權，對自己的行為負責。當這種驕傲的責任意識轉變成一個人的本能之後，尼采認為這種本能就是良心。（40）同時，為了探討良心和良心譴責等概念的緣起，尼采引入了對懲罰、債務、正義等概念的分析。
尼采認為依照心理學的規律，良心或許來自對懲罰的記憶。因為“隻有不斷引起疼痛的東西才不會被忘記”，透過曆史上諸多古老而又可怕的刑罰手段，人們才會深刻地記住並信守自己的諾言。（41）而對於負罪感的產生，尼采認為它是來自於欠債這個物質化的概念，是一種債務意識。在對債務關係進行分析之前，尼采已經設定了這樣的一個正義原則：即任何事務都有它自己的價格並且所有東西都是可以清償的。（50）因為隻有在這樣的前提下，一切債務人與債權人之間的債務關係才能健康的存在。但由於古時候債務人對債權人的補償甚至包含了人對他人實施殘酷折磨的權力，債權人可以通過懲罰債務人來獲得一種主人的權利。所以，“良心”、“負罪”等概念在義務與權利的這個領域裏的出現是帶著血腥和殘忍氣味的。（45）也就是說良心的產生並不像人們原先設想的那樣，是一種“人心中的上帝之音”那般的美好。
有一種觀點認為：懲罰是為了要在犯人心中喚起一種負罪感，人們在懲罰中尋找那種能引起靈魂反饋的真實功能，並且把這種功能稱為“良心譴責”和“良心懺悔”。尼采對這樣的觀點是持否定態度的。他認為，懲罰隻能使人變得堅強和冷酷，並會激化人的異化感受，增強人的抵抗力量。所以，懲罰所能達到的無非是恐懼的增加、才智的增長以及對於欲望的克製。（60）因此，良心譴責不是來自於懲罰，受懲罰的人隻會把受罰當作是一件不幸的事。
既然良心譴責不是來自懲罰，那麼它又來自哪裏呢？對於良心譴責的起源，尼采作了這樣一個假設：即把良心譴責看作是一種痼疾和病理狀態。“人罹患了這種痼疾是由於那個史無前例的深刻變遷給他們造成了壓力，這種變遷將人永遠地鎖入了社會的和太平的囹圄。”（62）所謂“史無前例的變遷”，尼采所指的是前蘇格拉底時代的結束，理性時代的開始。理性時代的開始意味著人們的意誌和一切本能將不再能夠像前蘇格拉底時代一樣通過悲劇形式得到宣泄。這樣，當一個人發現自己永遠陷入了一個和平與不可侵犯的社會中時，他的內心便會處於一種從未有過的重壓之下。在這種壓力下，以前那些使他們引以為榮耀的、強健的和野性的本能突然被當作了危險的東西，已經不允許再向外發泄了。這樣，這些本能就會反過來轉向自己，把自身當作了發泄對象。所以說，良心譴責起源於人類那些不能外泄本能的內向化，是一種殘酷的本能。（62）無疑，良心譴責也是一種自我折磨的意誌。
以良心譴責為出發點，尼采接著又回到債權人與債務人的關係上來探討良心譴責與上帝起源的關係。因為人隻有通過祖先的犧牲和創造的成就才能獲得延續，所以人對自己的祖先都懷有負債意識。但同時祖先作為債權人，是以一種強大精神的形式而存在的，這就是神的起源。上帝的出現是人的這種負債意識達到極端的體現。而對於欠祖先和上帝的債務，人是永遠無法償清的，因為隻有上帝能夠清償人本身無法償還的債務。而這時候，上帝卻又為了人的債務犧牲了自己，即上帝用自己償付了自己。（70）所以人們就形成了一種罪惡無法贖清的思想，即“永恒的懲罰”的概念。為了擺脫這種負債心理，人隻能通過建立一種神聖上帝的理想來減輕心靈所受的折磨。這樣，人的在世幸福就被導入了一種虛無主義的境地中。
通過良心譴責的概念，尼采又從另一個角度闡述了他對於基督教道德形成的理解，以他自己的方式深刻地批判了傳統的理想主義道德和基督教道德對人的本能意誌的壓抑和摧殘。但在第二章的最後，尼采也表達了他對於一個新的時代——戰勝上帝和虛無主義的時代即將到來的堅定信心。
禁欲主義理想：一種不得已的意義選擇
在第三章尼采把批判的矛頭指向了禁欲主義理想，因為這種理想正是基督教道德所倡導的。尼采的批判是從分析禁欲主義理想對於藝術家、哲學家和僧侶等不同對象的不同意義開始的。
首先，在藝術家看來，禁欲主義理想其實是無所意味或是意味著太多。因為尼采認為，不論在什麼時代，藝術家都是某種道德、某種哲學或某種宗教的仆從。為了說明這樣的論斷，尼采舉了悲劇藝術家瓦格納的事件為例。並以此來批判晚年的瓦格納成為了上帝的心腹發言人。（80）
然而，對於哲學家而言，禁欲主義理想又似乎有著積極的意義。因為禁欲主義理想有助於哲學家擺脫肉體上的痛苦和靈魂上的紛擾，也就是意味著擺脫折磨。尼采認為，和其他任何“動物”一樣，哲學家也本能地致力於獲取能夠充分釋放其力量、最大限度地滿足其權力感的最佳生存環境。（84）而在哲學家走上這條通往最佳生存環境之路時，一種獨立性的思考是不可或缺的，而禁欲主義理想恰恰為哲學家構建了這樣的一座獨立性的橋梁。但這是不是就可以證明禁欲主義理想是一種合理的道德價值了呢？尼采的回答是否定的。因為哲學家設想的禁欲主義理想隻是“一種神聖化的禁欲主義和動物的歡快的禁欲主義”，是一種特定的禁欲主義，是一種高級精神活動的必要條件之一。同時也是哲學家獲取最佳生存環境和最優創造力的最基本和最自然的條件。（86）哲學家之所以做這樣的選擇是因為他考慮的隻是對於他來說不可或缺的東西：無紛擾的內心世界和安靜的外部環境，與“德性”無關。所以，通過這樣的分析，禁欲主義理想在哲學家這兒也就找不到充分的道德價值證據。
另外，對於禁欲主義僧侶來說，禁欲主義理想又意味著什麼呢？尼采首先指出禁欲主義理想本身的自相矛盾也是非常明顯的，它體現為一種“以生命反生命”的現象。禁欲主義理想是一種指向萎靡和枯竭的理想，但同時它又是一種維持生命的藝術手段，憑借著它，生命在禁欲主義理想中和死亡搏鬥，抗拒死亡。禁欲主義者把生命的獲得當作誤入歧途，人最終要迷途知返，直到返回迷途的起點。所以，已經被馴化的人類身上都有一種病症，即厭惡生命、向往終結。正是由於這種病症，生命都渴望以一種其他方式存在於其他地方（彼岸世界）。
這樣，禁欲主義理想的這種搏鬥和抗爭恰恰表現了一個垂危的生命對於統治和調養的急切渴望。在這裏，由於禁欲主義僧侶身上的這種願望表現得最為強烈和迷狂，所以他們是以救治者的身份出現的，雖然他們自己本身也是病人。禁欲主義僧侶就像一個牧羊人引領著一大群各種各樣的失敗者、頹唐者、落難者、不幸者和自戕者，他總是忙著規勸那些從自身以外尋找病因的患者。他教導這些人，造成他們苦難的原因恰恰在於他們自身。就這樣，他轉移了患者的怨恨，減少了他們的危害性。但是，禁欲主義僧侶也隻不過是用麻醉劑或興奮劑緩和了病人的痛苦，為他們創造了種種安慰，並沒有去掉患者痛苦的根源。所以，確切地說，禁欲主義僧侶還不能算是一位醫生。