在得出“善是不可定義”這個結論之後，摩爾進而指出，善性與其他事物的關係有兩種：一事物本身是善的，或者它與一本身是善的事物間有因果關係，即它作為手段是善的。對於作為手段是善的的事物，要尋找到普遍正確的因果判斷是極為困難的。判斷一行為一般是達到善的手段，非但是判斷它造成幾分善，而且是判斷它一般造成的情況所允許的最大善，即所能達到的最好效果，而由於時間限製，這種尋求隻能在一個有限時期之內。同時，區分本身善和手段善是極為重要的，而這往往為倫理學家們所忽視。本身善是首要的倫理學問題，是手段善的前提。在考察本身善的事物的過程中，要認識到，一個整體的價值決不能被認為跟它各部分的價值之和相同。
至此，摩爾提出了有機統一原理作為分析方法的重要性。有機統一原理的實質在於：整體的價值與其各部分的價值之和存在質的區別，整體的價值不會等同於其各部分的價值之和。有機統一原理在倫理學領域中的運用，是摩爾在倫理學研究方法中的一個創新。摩爾在第六章關於理想事物的論證中深入展開有機統一原理，討論了本身善的和本身惡的事物。
什麼是本身善的事物
摩爾提出的三類問題是互相承接的一個圓滿的邏輯鏈條，前一類問題的解答為後一類問題的解答提供了前提條件，而後一類問題則成為前一類問題的必然結論。在回答了“善究竟意味著什麼”之後，摩爾開始對什麼是本身善的事物進行考察，在考察過程中，摩爾運用了逐一駁斥，逐個擊破的方法，首先說明了什麼不是本身善的事物。
（一）什麼不是本身善的事物
他針對倫理學史上幾種有代表性的觀點，將它們的論證方式歸結為“自然主義的謬誤”，它們分別是：自然主義倫理學（第二章），快樂主義（第三章）和形而上學的倫理學（第四章）。這些學說的共同特征就在於“它們都認為隻有一種事實的實存才有價值……它們全都是關於目的或理想的學說”。（44）它們將倫理學的第一類問題和第二類問題混淆了，它們或者以自然的事實，或者以形而上學的事實來給善下定義，而這些事實根本就不能具有內在價值，不能與“善”的概念完全等同。簡言之，摩爾所謂的“自然主義謬誤”就是參照某一別的不是善的事物來給善下定義，認為善概念與之有著確定聯係的做法。這個被用作參照的事物可能是某種自然客體，也“可能是一個僅僅被推想實存於一個超感覺的實在的世界之中的客體”。（45）以前者為基礎的倫理學被稱為自然主義的倫理學，其中，由於“快樂”這一自然客體作為唯一善而被使用得相當頻繁，作者將其單另開列為第三章進行駁斥；以後者為基礎的倫理學被稱為形而上學的倫理學。傳統的倫理學主要是自然主義的倫理學。它們使用的方法是“用一個自然客體的或者自然客體集團的某一性質來代替‘善的’，於是，就用某種自然科學來代替倫理學”。（47）摩爾的自然科學概念涵蓋了幾乎所有的與人有關的科學學科，如生物學、心理學和社會學等。他認為，自然主義的倫理學將善與某種自然性質相等同，將善看作“事物在時間上實存在的某一性質”（48），這就是將倫理學與其他以這些自然性質為對象的學科直接等同起來，從而喪失了倫理學的獨立地位。這裏比較有代表性的幾個理論就是：依照自然而生活的準則。這個命題的錯誤性在摩爾接下來做出的一係列帶有蘇格拉底式詰問色彩的論證中得到了完整的展現。摩爾指出“自然的”無非意味著一種正常狀態，但是異常的東西未必就比正常的東西要差些，比如獨特的出類拔萃。所以如果按照“自然的”來定義善的，就是犯了自然主義的謬誤，將不屬於善本身的東西強加於善；認為“必需的”東西本身就是善的。這種必需實際上是一種最低額，它並不值得讚美和提倡；而最流行的觀點莫過於斯賓塞先生提出的進化論倫理學。進化論的核心觀點是適者生存，僅在於證明某些客觀的生物學後果而不涉及任何善惡評價。斯賓塞先生曲解了進化論的觀點，將較為適應者當成了較為優越和高級者，認為“行為獲得倫理製裁跟行為表現某些特征成比例”（56），從而將某些行為的特征作為評判其倫理價值的一個衡量標準。但是，什麼是“善的”和“比較進化的”並不是同一的東西，二者並不像斯賓塞想象的那樣有那麼深切的關聯。
其次，在自然主義倫理學中還有一類非常重要的倫理觀點，即快樂主義（或稱幸福主義）。它主張快樂是唯一善的東西，即用個人生活中經驗的（主要是心理的）現象和事實來與善的概念通約，並將這作為倫理學的基本原則。在第三章中，作者采用的方法仍然是以批駁為主，通過對穆勒和西季威克的批判（摩爾認為此二者代表了兩派相異的快樂主義主張，因此對二者的審視基本上就意味著考察了整個快樂主義領域），揭露了快樂主義並不能成為真理。雖然快樂主義沒有一個確定的統一的主張，但是摩爾對其加以了概括和總結，認為隻要駁倒了快樂作為唯一善的觀點，那麼一切形式的快樂主義也就不戰而潰了。在穆勒的《功利主義》一書中，他的論證邏輯是由一己無限推演至個人，將“值得想望的”同“所想望的”混淆，將行為的動機與行為的規律相混淆，將行為的起因與行為的對象混淆，這是他的第一個論證錯誤；此外，穆勒的第二個論證錯誤在於既認為快樂是想望的唯一對象，又承認其他事物值得想望的特征，企圖混淆目的和手段，泯滅二者的差別。對於西季威克提出的直覺主義觀點，摩爾並不反對快樂就其本身而言是善的的合理性。他所反對的是西季威克對於“快樂”和“快樂的意識”的混淆不清，認為將前者作為唯一善的東西，並因此而給善下定義是極為荒謬的，這是由於西季威克本人沒有意識到手段和目的的區別，沒有理解有機統一的原理。集中批駁了快樂主義的兩個主要典型學說：利己主義和功利主義。摩爾不否認將快樂作為手段善來加以追求，但是快樂決不能成為目的善，利己主義和功利主義卻恰恰是以這樣的快樂主義作為目的和基礎的。
在第四章，摩爾論證了形而上學倫理學所犯的自然主義謬誤，摩爾的“自然主義謬誤”不僅僅包含自然客體對善的定義錯誤，而且還包含了超感覺世界的任何與善不同質的事物來給善下定義的錯誤。形而上學的倫理學或以超感覺的實體給“善”下定義，或以形而上學的命題作為倫理學的基礎和前提，從而推導命題。這兩種做法都犯了自然主義的謬誤。形而上學也許同實踐倫理學有關，但是在倫理學的基本問題上，它不可能得出正確的答案。人們之所以將形而上學與倫理學加以聯係，主要是假定了善的必定與事物的某種實在的性質有著內在關聯，作為這種假定根源的兩條錯誤原理，即邏輯原理和認識論原理，摩爾進行了詳細的分析和批判，尤其以康德的倫理學體係為例，指出某種實在並不一定就是在被感知和思維著。我們要注意的是“意誌作用和感覺不像所假設的那樣，同認識相似。”（149）同時，我們還要區分認識的客體和作為對象的認識。意誌作用的對象和命題本身有著截然的區別。
（二）什麼是本身善的事物
在指出了既往的倫理學所犯的“自然主義謬誤”的論述過程中（第二章至第四章），摩爾僅僅得出了關於倫理學基本問題（“哪些事物就其本身而言是善或者是目的？”）的否定答案，即“快樂的確不是唯一的好事”。（191）自然主義倫理學和形而上學的倫理學都不能給出關於什麼是本身善的事物的圓滿解答，其使用的論證邏輯和論證方式都反映了一個現實，就是善是不可定義的，真正善的事物決不是快樂或者與快樂有關的事物，不能訴諸於某種自然客體或是超感覺的實在，因此，它們隻是說明了“什麼不是本身善的事物”，對於“什麼是本身善的事物”，摩爾沒有緊接著論述，而是將這一章放在第五章“關於行為的倫理學”之後，以“理想事物”這一標題出現，正麵給予了倫理學基本問題的解答，使全書呈現出一個內在的理論邏輯的完善狀態。