一般而言，造成新生仔貓死亡的原因不外乎下列幾個原因：先天異常、營養問題（母貓及仔貓）、出生體重過低、生產時或生產後的創傷（難產、食子癖、母貓因疏忽而造成傷害）、新生兒溶血、傳染病及其他各種早夭原因。
先天異常
先天異常指的是仔貓於出生時即可發現的異常狀態，大部分都是由於基因問題所引起，當然也有很多外在因素會引起畸胎，如X光或某些藥物。有些先天的異常會使得仔貓於生產時立刻死亡，或於兩周內死亡，特別是那些包含中樞神經係統、心髒血管係統、呼吸係統的先天異常，其他的先天異常可能直到小貓能完全自主行動時，才直接發現明顯的症狀，或發現仔貓成長遲滯時才會被注意到，且通常是在預防注射前的健康檢查中被獸醫師發現。
解剖上的異常包括：顎裂、頭骨缺陷、小腸或大腸發育不全、心髒畸形、過度的肚臍或橫膈赫尼亞、腎髒畸形、下泌尿道畸形及肌肉骨骼畸形；一些顯微解剖及生物化學上的異常通常無法加以診斷，並可能被歸類於其他的原因，或者不明原因的死亡。
畸胎作用
已有許多藥物及化學物質被認為會導致畸胎，並有完整的報告顯示該物質確實會造成仔貓的先天異常及早夭，因此，於懷孕期間應避免給予任何藥物及化學物質，特別是類固醇和灰黴素（治療黴菌用的口服藥）。
營養問題
喂食懷孕母貓不適當的食物，可能會造成其生出虛弱或有疾病的仔貓，近十年來被認為最嚴重的營養問題就是牛磺酸的缺乏，已知會引起胎兒重吸收、流產、死產及發育不良等問題。引起新生仔貓營養不良的原因包括：母體嚴重營養不良、胎兒期缺乏適當的母體血液供應及胎盤空間的競爭。
體重不足
出生時體重不足往往會造成較高的仔貓死亡率，新生仔貓的出生體重應該不受性別、胎數及母貓體重所影響。引起出生體重不足的原因尚未明朗，但必定包含很多因素，雖出生體重不足常被歸因於早產，但大部分的臨床病例則多為足期生產，可能是由於先天異常或營養因素引起。
出生體重不足不僅有較高的死產及早夭的可能性（6周齡內），並且可能引起某些小貓變成慢性發育不良，於幼貓期內死亡，因此仔貓應於出生時稱重，並定期測量，直至小貓滿6周齡。
生產創傷
生產時或出生後5日內的仔貓死亡，大多與難產、食子癖或母性不良有關。食子癖大多發生於神經質或高度敏感的母貓，但是，母貓將生病的新生仔貓吃掉是相當常見的，不能將所有母貓的食子行為歸罪於食子癖，這樣的食子行為是為了其他健康的仔貓，避免它們受到可能的疾病感染，並且可以減少無謂的照料及母乳消耗。母貓通常對於生病的新生仔貓不會加以理睬及照料，甚至會將其叼出窩或推出籠外，這種行為很難與母性不良加以區別。
新生兒溶血
一般的家貓不常發生新生兒溶血，某些純種的新生仔貓較為常見。母貓的初乳中含有豐富的移行抗體，新生仔貓的腸道隻在24小時內可以吸收這些移行抗體；其中也包含某些同種抗體，血型為A型的貓咪具有微弱的抗B型同種抗體，而血型為B型的貓咪卻擁有強大的抗A型同種抗體，因此，如果血型B型的母貓生出血型A型或AB型的小貓時，母貓的初乳中便含有大量的抗A型同種抗體，一旦新生小貓於24小時內攝食初乳，這些抗A型的同種抗體便被吸收至身體內，並與小貓的紅細胞結合而使之溶解，這種溶血的狀態可能發生在血管內及血管外，而引起嚴重貧血、色蛋白尿性腎病、器官衰竭，及彌散性血管內凝血，即使是初產的血型為B型母貓也會引發相同的問題。