母貓生殖係統疾病大多發生於中老年且未節育的母貓，相關的疾病包括子宮蓄膿症、乳腺炎、乳腺腫瘤和卵巢腫瘤，這些疾病的發生大多與性荷爾蒙有關，而這些疾病的治療方式大多需要外科切除合並化學治療。
子宮蓄膿
母貓發情時，子宮會做好懷孕的準備，此時細菌也很容易進入子宮內。如果細菌在子宮內過度增殖，造成大量膿液形成，並蓄留在子宮內，就可能引起子宮蓄膿症。子宮蓄膿大多發生在發情結束後，其中以中老年未節育的母貓發生率最高。
症狀
臨床症狀為腹部膨大、厭食、嗜睡，開放性子宮蓄膿症，母貓的陰部會有膿樣分泌物排出等，而發燒及多喝、多尿的症狀則是比較少見的；如果反複發情但不繁殖，很容易形成子宮內膜增生，因此，更容易會有子宮蓄膿的形成。
診斷
大部分貓會有明顯的白細胞增加與白細胞的核左轉，小部分貓會有貧血；而在疾病末期則會有高球蛋白血症及低白蛋白血症。如果嚴重子宮蓄膿，X光片下可以發現擴張的子宮。
治療
治療方式約可分為三種：第一種，根據細菌培養和藥物敏感試驗選擇抗生素，因為子宮蓄膿的貓容易形成敗血症；第二種，由於子宮蓄膿的貓容易形成脫水及氮血症，因此需要由靜脈點滴來恢複脫水狀態，及治療氮血症；第三種，以外科手術將子宮卵巢切除，這是首選且積極治療的方式。
貓乳腺腫瘤
乳腺腫瘤占母貓所有腫瘤的17%。乳腺腫瘤大多發生在平均年齡約10～12歲的母貓，較少在公貓身上發現。6個月前結紮的母貓隻有低於9%形成惡性乳腺瘤的機會，因此大都建議在貓咪年輕時先節育。此外，貓的乳腺瘤有可能侵犯淋巴和血管，且容易轉移，有80%確定轉移時，可能會造成貓咪死亡。轉移常會涉及淋巴結、肺髒、胸膜或肝髒，許多貓會因轉移到胸腔而形成胸腔積液，導致呼吸困難。
診斷
1 觸診：以手觸膜乳頭周圍可以發現小腫塊物。如果是單一腫塊，可以手術完全切除，並做組織病理切片，切片報告有助於知道腫塊的細胞來源及區別惡性或良性的病變，對於日後的化學治療會有幫助。
2 影像學檢查：胸腔X光片可以輔助診斷是否轉移到胸腔，若有胸腔積液形成，采集胸水，並做細胞學檢查。
治療
腫瘤在病理報告確診為惡性乳腺瘤後，全乳腺外科切除是首選的治療方式，但乳腺腫瘤在手術切除後仍有轉移的可能。因此，建議術後同時以化學療法作為輔助，並定期追蹤胸腔X光片。