第二，流民入籍問題。清廷既有出關起票製度，就使漢人出關之路沒有被完全堵死，加上漢人往往不顧禁令，冒險闖關的現象一直存在，東北流民的存在就成為不可避免的問題。在這一問題上，清廷的本意是期望將流民全部驅逐。例如，乾隆五十六年（1791年），三姓（注：今黑龍江省依蘭縣。）副都統衙門為驅逐流民之事谘文吉林將軍衙門，通報已將流民“王順等六十一戶、大小三百零三口”（注：遼寧省檔案館編：《清代三姓副都統衙門滿漢文檔案選編》，沈陽：遼寧古籍出版社1995年版，第144頁。）及“攜眷流民丘永生等五十五戶、大小三百零九口”（注：遼寧省檔案館編：《清代三姓副都統衙門滿漢文檔案選編》，沈陽：遼寧古籍出版社1995年版，第145頁。）嚴厲驅趕、逐出管界，同時指出“仍剩攜眷流民焦萬良等九十八戶及來本地後娶妻之郝元泰等三十五戶，共一百三十三戶、大小六百七十九口，暫時無力出境”，準備“俟其辦得盤費後全部逐出，不準留下一人”。不過，要想將流民完全驅逐絕非易事。流民大多因為在關內無法謀生才被迫出關，好不容易尋得安身之所，自然不願再受顛沛流離之苦，而且又多貧困至極，確實無力遷徙，誠如焦萬良、郝元泰等人所訴稱的那樣：“小民等在原籍時早已失去產業，無以為生，乃為尋求活路”而來到三姓副都統管界，“今若將我等驅回原籍，既無路途盤費，原籍已無產業，必無以為生”，懇求繼續居留下去。（注：遼寧省檔案館編：《清代三姓副都統衙門滿漢文檔案選編》，沈陽：遼寧古籍出版社1995年版，第145頁。）另外，東北地廣人稀，需要勞動人手，旗人對農業生產又不甚精通，滿洲官員和旗人為自身利益考慮，也認為流民有存在的必要。這些都成為流民難以被徹底清除的原因，道光帝就曾意識到流民“聚之易而散之難”（注：長順修，李桂林纂，吉林師範學院古籍研究所整理：《吉林通誌》上冊，長春：吉林文史出版社1986年版，第567頁。）。
流民既然不能被完全驅逐，清廷也隻能麵對現實，為了社會的安定而就地將其安插入籍。乾隆四年（1739年），清廷規定：“吉林等處有直省百姓情願入籍者，準其入籍。”（注：李鴻章等編：《欽定大清會典事例》第158卷，光緒二十五年（1899年）石印大字本，第16頁。）五年（1740年），又“令奉天府，寄寓人民願入籍者聽，不願者限十年內回籍。至十五年議準，奉天流民歸籍之期已滿十年，其不願入籍而未經回籍者，令查出速行遣回”。（注：《清朝文獻通考》第1冊，杭州：浙江古籍出版社1988年版，考5029.）嘉慶七年（1802年），戶部奏報：“吉林等地流民及私開地畝，乾隆二十七年、三十四年前任將軍恒錄、傅良等陸續查明奏準，照當地民人之例交納錢糧。乾隆四十四年前任將軍富爾鬆阿繼之查出流民一萬三千七百餘戶、墾田二十九萬七千八百餘畝，奏準入於紅冊（注：清廷將其所承認的納賦耕地登記在冊，一般稱為紅冊地。）並作為定額交納錢糧一事，經臣部議複奏準施行在案。又，乾隆五十八年，前任將軍恒秀所奏來自直隸等省流民三千餘戶，欽遵諭旨，因去年直隸等省年景平常，流聚吉林之民甚多，故施恩準其入紅冊交納錢糧，亦施行在案。”（注：遼寧省檔案館編：《清代三姓副都統衙門滿漢文檔案選編》，沈陽：遼寧古籍出版社1995年版，第148頁。）在同一奏折中，戶部又引吉林將軍秀林等“折內開：吉林查出流民六十二戶，伯都訥（注：今吉林省扶餘縣。）查出流民三百一十八戶，其中（乾隆）五十八年查辦流民時遺漏一百七十三戶，此數年新來流民一百四十五戶，此等流民已開墾地畝；阿勒楚喀（注：今黑龍江省阿城市。）查出流民一百九十八戶，打牲烏拉查出流民三十九戶，此兩處流民雖未開墾地畝，然皆已搭蓋窩棚居住。若將此等流民照（乾隆）四十三年奏準之成例逐出界外，則其必失生計，理合仰祈天恩，將今吉林查出（注：為清廷“采貢場地，在今吉林市東北70裏鬆花江北岸，以永吉縣的烏拉街鎮為中心，占周邊方圓7千平方公裏，劃為‘特區’，作為皇室打牲采貢場地”，清廷“為了管理和組織打牲和采集，於順治十四年（公元1657年）特設打牲烏拉總管衙門，隸於北京內務府，乾隆十五年（公元1750年）令吉林將軍兼理總管。”見孔經緯主編：《清代東北地區經濟史》，哈爾濱：黑龍江人民出版社1990年版，第92頁。）之流民六十二戶入於吉林民冊，將伯都訥查出之流民三百一十八戶及打牲烏拉查出之流民三十九戶共三百五十七戶，就近入於伯都訥民冊，將阿勒楚喀查出之一百九十八戶流民入於阿勒楚喀民冊，皆從明年開始交納錢糧。伯都訥舊有流民及新來流民共墾田六萬五千七百四十五畝，吉林理事同知查報浮田一萬六百九十一畝，亦照四十三年辦法入於紅冊，依（乾隆）四十六年奏準之成例，從明年起交納錢糧。”（注：遼寧省檔案館編：《清代三姓副都統衙門滿漢文檔案選編》，沈陽：遼寧古籍出版社1995年版，第147頁。）十五年（1810年），嘉慶帝又允許將“吉林廳查出新來流民一千四百五十九戶、長春廳查出新來流民六千九百五十三戶”，均就地安插入籍。（注：道光朝敕編：《大清仁宗睿皇帝聖訓》第109卷，清活字本，第15頁。嘉慶十五年庚午十一月壬子。）以上都是清廷允許流民在東北地區就地入籍的事例。
但需要指出的是，清帝在被迫允許流民入籍的同時，仍免不了要反複強調封禁的意圖，並將所謂失察官員嚴加斥責。乾隆帝在五年（1740年）允許奉天流民入籍的同時，並沒有忘記“令奉天沿海地方官多撥兵役稽查，不許內地民人私自出山海關”，（注：《清朝文獻通考》第1冊，杭州：浙江古籍出版社1988年版，考5029.）他還視“既不欲回原籍而又不肯編入奉籍”的流民為“目無法紀”之徒，表示要“嚴行治罪，決不姑貸”。（注：《清國史》（嘉業堂抄本）第3冊，北京：中華書局1993年版，第533頁。）嘉慶帝在十五年（1810年）準許吉林廳和長春廳流民入籍的同時，也申斥“各該管官總未實力奉行，以至每查辦一次輒增出流民數千戶之多，總以該流民等業已聚族相安、驟難驅逐為詞，仍予入冊安插，再屆查辦複然，是查辦流民一節竟成具文。試思此等流民多至數千戶，豈一時所能聚集？該地方官果能於入境之始認真稽查，何難及時驅逐？且各該流民經過關隘處所，若守口員弁果能嚴密稽查，何能挈族偷越？各該管官種種廢弛，於此可見。除此次吉林、長春兩廳姑照所請、入冊安置外，嗣後責成該將軍等督率廳員實力查禁，毋許再增添流民一戶”，（注：《清國史》（嘉業堂抄本）第3冊，北京：中華書局1993年版，第562頁。）對於準許流民入籍一事，大有懲前毖後、下不為例之意。
總之，民人出關起票製度和允許流民入籍的做法，都是封禁政策的副產品。這兩項政策措施雖然看似與封禁政策稍有抵觸，但實際上並無原則性的差別，而且在某種程度上，是作為對封禁政策的一種補充的辦法而存在的。