多年來，由於對秦嶺重開發利用，輕保護建設，造成了對土地、森林、礦產、旅遊等資源的無序開發。曆史上的破壞加上建國後三次大規模的采伐，已使秦嶺森林植被覆蓋率急劇下降，原始森林所剩無幾。森林減少，涵養水源能力降低，河流水量銳減，越來越頻繁地出現長時間斷流。導致環境汙染、水土流失加劇、旱澇災害頻繁等生態危機。秦嶺水土流失、生態環境惡化已達到觸目驚心、貽害無窮的地步。
隨著河流水量減少，又導致地下水位下降，地麵因此下沉。地麵下沉誘發產生總長115公裏的地麵裂縫11條，造成道路、供水、排水、電纜、電訊、煤氣、天然氣管道破裂等，給國民經濟帶來不可彌補的損失。而且災害仍一步步加劇，大大阻礙了山區人民奔小康的步伐。
1.全麵封禁，綜合治理。秦嶺雨量充沛，動植物資源十分豐富，生態自我修複功能很強，因此，要根據複雜多樣的地貌類型，因地製宜，因害設防，製定科學規劃和實施計劃。按照“大封禁、小治理”的建設思路，以小流域為單元，山、水、田、林、路、生物、工程、耕作措施科學配置，綜合治理，規模開發，發揮最大的治理效益。
2.尊重規律，分類實施。對於天然植被好、人口密度小的高山、深山區，結合天然林保護、生態移民工程，全麵實行封禁治理，建立永久性生態保護區；對於工礦企業多，滑坡等重力侵蝕嚴重的地區，建立監督區；加大執法力度，規範管理，堅決製止人為活動造成新的水土流失；對於那些人口密度大、經濟發達的低山丘陵和破碎塬區，通過調整產業結構，改善農業生產基本條件，大力發展區域特色經濟。實現人口、資源和環境的協調發展。
3.退耕還林，水保種植。秦嶺尚有近5萬公頃25度以上的坡耕地沒有退耕，這是造成水土流失的重要因素。隻有加快退耕還林草步伐，才能從根本上控製水土流失。那麼，如何保證退耕還林退得下，不反彈？首先要通過基本農田建設，讓人均占有充足的高標準基本農田，這是國家以糧代賑政策終止後鞏固治理成果的根本保證；其次，要確定科學的退耕還林草治理模式，找準生態、經濟協調發展的結合點。
4.建庫修地，減少災害。實踐證明，在秦嶺各支流修建水庫，既能有效提高防洪抗災能力，又能解決周邊水資源短缺問題。所以在封溝打壩、治坡造田的同時，一定要重視水利工程。
5.調整結構，發展旅遊。秦嶺生態旅遊極具開發潛力，因此在新一輪農村產業結構調整中，可利用區域內豐富的自然景觀和人文景觀資源，適度發展生態旅遊業，以此帶動第三產業的發展，促進農村剩餘勞動力的合理轉移，減弱轄區群眾對土地、森林資源開發利用的依賴，從根本上治理水土流失、保護生態環境。
6.提高認識，加強領導。加強對秦嶺的綜合治理，實施山川秀美工程，保護生物資源、改善生態環境已迫在眉睫，刻不容緩。各級政府應製定詳細的開發治理方案，納入當地社會經濟發展規劃，提供必要的資金，確保生態環境建設工程順利實施。
7.明確方向，科學研究。秦嶺是大自然賦予人類的共同財富，人類對秦嶺的認識還遠遠沒有達到理想的境地。我們應當通過建立自然保護區等途徑，以達到保護各種物種的棲息地和生存環境。認識秦嶺就要正確認識秦嶺的優勢和問題；而發展秦嶺，首先應該注意保護自然環境和生態，在合理利用秦嶺動植物與礦產、水利等資源的同時，通過科學研究，確保秦嶺可持續發展和全麵發展。