1942年，南區合作總社遭受特大洪水的襲擊，損失嚴重。但由於政策正確，這一年所取得的成就最輝煌。到1942年底，南區合作總社已建立了30多個分社，入社戶數占南區戶籍總數的90%以上，股金總計250萬元邊幣，流動資金130萬元邊幣，貿易總額1700萬元邊幣，純利潤180餘萬元邊幣。
隨著大生產運動的發展，南區合作總社把協助合作社社員發展生產作為首要任務，一是代為銀行發放耕牛貸款70萬元邊幣；二是推動農民組織變工隊和紮工隊。1943年3月，南區合作總社在邊區籌辦的第一個信用社——溝門信用合作社成立。同時，還扶植農民發展畜牧業和副業生產。在南區合作總社的幫助下，南區的農業發展很快，糧食產量大幅度增加，大部分農戶做到了“耕三餘一”，有的農戶甚至做到了“耕一餘一”，初步實現了豐衣足食。
1944年3月，南區合作總社創辦了教育合作社，以公益金中的教育經費為基礎，通過群眾入股的形式，為南區的群眾子弟開辦學校。第一所學校就設立在溝門村，稱溝門民辦小學，教師薛民鋒。溝門民辦小學是陝甘寧邊區四個模範民辦小學之一。1944年春，南區合作總社又創辦了幹部家屬合作社，一方麵讓政府幹部和合作社幹部家屬參加織襪生產，同時教他們學文化。隨後，南區合作總社在溝門村開辦了職業學校、業餘劇團、醫院合作社等。1946年，峁克業被任命為延安南區合作總社門市主任。
延安南區合作總社為邊區經濟建設做出了重要貢獻。1943年1月，在西北局高幹會上，毛澤東高度讚揚延安南區合作總社的合作社式道路是邊區合作事業的道路，發展延安南區合作總社式的合作運動，是發展邊區人民經濟的重要工作之一。延安南區合作總社被授予“模範的合作社”光榮稱號，總社主任劉建章被授予毛澤東題寫的“合作社的模範”獎狀，成為22個經濟建設英雄之一。在同年11月舉行的陝甘寧邊區勞動英雄和模範工作者大會上，劉建章和王耀明被評為陝甘寧邊區特等合作英雄。
1946年2月16日（元宵節），毛澤東和他的長子毛岸英來到延安南區合作總社給幹部職工拜年並視察工作。6月，毛澤東又視察了延安南區合作總社開辦的溝門職業學校。
1947年春，為了配合黨中央轉戰陝北，南區合作總社及時整頓了各地營業部，集中力量支援戰爭，有的職工還參加了遊擊隊和戰時救護服務團。延安光複後，南區合作總社及時恢複了各營業部的業務，幫助人民醫治戰爭的創傷。還組織了長腳，包運戰勤，有力地支援了邊區的經濟建設和解放戰爭。
延安南區合作總社舊址現保存有當年的辦公室、倉庫和宿舍石窯洞、接口窯洞16孔以及營業樓等。1973年，根據原樣恢複修建了延安南區合作總社的營業樓。這是一座土木結構的二層簡易樓，二層樓正中匾額橫書：“延安縣南區合作總社”；一層樓門兩邊的磚柱上刻有“發展經濟合必作”，“增進民生工與農”的對聯。1985年對舊址又進行了全麵維修。1992年，延安南區合作總社紀念館在原舊址建立。
rihgt（作者：延安革命紀念館館員）