進入農曆七月之後，光緒變法的步伐比以前有明顯加快。他不顧守舊官僚的強烈反對，下令對舊有的官僚體製進行大刀闊斧的改革。對各地的行政官員、冗員及閑員下令要在一個月之內裁汰淨盡。這些嚴厲的措施在中央和地方遇到了前所未有的阻力，守舊派官員群起出動，與新政為敵，他們造謠說：“皇帝吃了康有為的迷魂藥。”有的直接上書，請光緒誅殺康有為、梁啟超，以平息“民憤”，保全國體。光緒帝對此十分氣憤，令譚嗣同駁斥這些言論，竭盡全力保全維新力量。
政治改革的深入與新舊兩黨的尖銳衝突同步進行，進入戊戌七月之後，光緒深知守護大臣與自己誓不兩立，於是更加放手辦事。他不理睬守護大臣的反對，而將譚嗣同、林旭等四人提拔為軍機章京。而後，禮部右侍郎徐致靖上了一道《保薦袁世凱折》，說袁世凱智勇雙全，是可以信賴的維新誌士。光緒正因為自己手頭沒有可靠的武裝力量作為推行新法的後盾，因此一見徐氏的奏折，當即召袁進京。他原以為袁世凱的這支新軍讚同變法，守舊勢力當會有所收斂。
剛剛進入農曆八月，京師的氣氛已變得十分緊張，新法能否繼續推行成了京城裏人們議論的中心話題。不管是守舊官僚，還是維新誌士，都注視著光緒與慈禧太後將會如何動作。
9月14日上午，光緒帝去頤和園，他考慮該如何說服太後，因為這是一個極為敏感的問題。早在康有為正月初三遞上的奏折中，提出了設立製度局於宮中，提拔通才以議新政的重要建議，但遭到守舊勢力的堅決抵製。因為這個機構一旦設立，有的軍機處就會被架空。因此，長期以來圍繞要不要提拔維新誌士的問題，爭論不休，不能形成決議。
光緒向慈禧提出了設立製度局的想法。可是這一試探觸怒了慈禧，慈禧指責他要把祖宗的家業葬送於康有為之手。光緒擔心守舊派會在近期內采取非常舉動，於是在這次和慈禧的會談之後，很快就在頤和園秘密召見袁世凱，讓他專管練兵，做新法的後盾。
可是，9月18日，守舊派楊崇伊上書請慈禧立即訓政，防止維新黨人亂來。這天傍晚，譚嗣同按照康有為的授意，勸說袁世凱軟禁慈禧、捕殺榮祿，結果被袁氏出賣。
9月19日，慈禧突然發動政變，把光緒幽禁，同時開始搜捕維新人士，譚嗣同、康廣仁、楊深秀、林旭、楊銳、劉光第被捕後在菜市口被處斬，這就是曆史上著名的“戊戌六君子”。至此，轟轟烈烈的戊戌變法以失敗而告終了。可以用矩陣圖作出說明：
戊戌變法中兩黨的博弈
從上圖可以看出，處於弱勢的群體如果公然與強勢群體對抗，隻能一敗塗地。戊戌變法失敗的最主要原因，是變法派在政治上的實力不如守舊派。變法派大多是書生，雖然也有少數地方官員和中央次等官員，但是和守舊派比起來，簡直是雲泥之別。守舊派既有手握政權的慈禧太後，又有軍方大員榮祿，加上那些皇親國戚，無論是數量上還是絕對力量上都遠遠超過了變法派。同時，變法實行的政策雖然符合了當時的曆史潮流，卻大大損害了守舊派的利益。因為時勢危急，不可能采取溫和的政策，而且對守舊派溫和，也無法真正進行變法。正是這些自始至終就存在的矛盾，讓光緒皇帝在要救國還是要皇位的兩難選擇中選擇了變法救國，卻因為沒有考慮到變法中的巨大阻力和敵我勢力的力量對比，最終遺恨終生，使自己和國家的命運一起陷入絕境。