張大千聽到這個消息十分高興，並不因為他當上了什麼委員而高興，是因為即將成立的是研究所而不是什麼學院，使他終於躲脫了那個“敦煌藝術學院院長”的職務。而且，莫高窟這個國寶終於收歸國有，第一次有了自己專門的研究和管理機構。
就在張大千全心全意、克服重重困難地麵壁石窟臨摹壁畫時，有時因為沙漠土匪的搶劫甚至還有生命危險，卻收到了敦煌縣縣長陳儒學送來的甘肅省政府穀正倫主席親自發來的加急電報，電文如下：
張君大千，久留敦煌，中央各方，頗有煩言。
赦轉告張君大千：對於壁畫，勿稍汙損，免滋誤會！切切此告！
甘肅省政府主席
穀正倫
張大千看了電報，青筋暴露，滿麵通紅，大汗淋漓，十分不解又十分委屈：“老天爺啊，你為什麼如此的不公！為什麼，我為了發揚國光，振興藝術，不惜傾家蕩產，借得巨資自費來到敦煌，含辛茹苦，為敦煌做了這麼多善事，居然落得如此地步？我對敦煌壁畫的關心、愛護和寶貴之情，把它們看得如同我的眼珠子一樣，處處謹慎，事事小心，又何來‘汙損’？老天在上，我在這廢寢忘食、餐沙飲雪、苦苦奮鬥、提心吊膽、飽受磨難，咬著牙挺到今天。而這一切，又都是為了什麼？還不是為了國家著想，能夠把敦煌藝術給傳揚出去，光大開來啊！難道這一切，都沒有做對？”
張大千越想越氣憤，他不明白，他在敦煌做的事，都是光明磊落、問心無愧的，可那些在重慶和蘭州的官老爺們，對這一切，卻都視而不見。反而“頗有煩言”，究竟為什麼？見張大千看完電報後十分痛苦，陳縣長安慰他說：“張老夫子，您不用如此生氣嘛。我想，穀主席打個電報來，提醒您一下，也是好意。您在這兒的情況，我這個當縣長的，是最清楚的。我已經把你的情況一五一十地向穀主席稟報過了。請老夫子盡管放心，不要管這事，仍舊安心工作好了。”
陳縣長走後，張大千與學生蕭建初商談此事，蕭建初仔細看了幾遍電文，然後說：“老師，這個事情，看來不妙。說得不好聽，穀正倫是在給咱們下逐客令了……”張大千聽了臉色十分難看，他在室內踱來踱去，良久才痛苦地說：“古人有言，是非之地，不可久留。看來，咱們是不想走，也得非走不可了！我離開這裏，本來也沒有什麼大不了的。隻可惜的是，咱們臨摹敦煌壁畫，還有好多好多，都還沒有完成啊！”
當天晚上，張大千把大家召集起來，痛苦地向大家宣布了抓緊掃尾，準備盡快離開敦煌。大家麵麵相覷，但他們都知道，不是迫不得已，張大千是絕不會半途而廢的。大家懷著沉痛而悲哀的心情抓緊完成手頭的工作，用無限留戀的眼光，仔細而貪婪地看著洞窟內他們所熟悉的飛天、尊者、天王、力士、鬼怪、夜叉、供養人像以及各種各樣的彩塑等。
1943年3月27日，國民政府教育部新委任的國立敦煌藝術研究所籌備委員會副主任委員常書鴻抵達敦煌。張大千聽說他要來，特意派侄子張心德和兒子張心智去迎接他。張大千用剛從成都帶來的好茶熱情款待常書鴻，常書鴻將首次在蘭州召開的國立敦煌藝術研究所籌備委員會的情況說了說，並問大千先生為何沒去參加。並說自己就極力主張將敦煌研究所的地址設在敦煌，這也正是張大千的意思。
張大千對常書鴻說：“常先生，你剛才問我這個籌備委員會委員，為何沒去參加會議。其實，我這個籌委會委員，非但是一錢不值，而且還有人，恨不得要我馬上離開敦煌，立刻趕我走路呢！”接著將穀正倫的電報大致跟常書鴻說了。
常書鴻大為震驚，他沒料到，就連大名鼎鼎的張大千，在敦煌做了這麼多的好事和實事，卻落得如此下場，自己今後豈不是如履薄冰？張大千爽朗大度的性格使他對任何人都不存芥蒂，他對常書鴻表現得極為友好熱情，經常給常書鴻講述敦煌石窟的壁畫內容、佛經故事、創作年代等，盡可能地讓常書鴻多了解敦煌的情況。
轉眼間到了四月底，張大千結束了他在敦煌的工作，那些沒有完成的臨摹稿，隻好帶回去補色、描線了。他隻好忍痛放棄了臨摹更多敦煌壁畫的宏偉計劃。在臨行的那天，張大千將自己所發現的一包敦煌遺物交給常書鴻，希望他轉送給敦煌藝術研究所保管，並將另一包自己三年間整理的敦煌研究資料也交給常書鴻，留給藝研所的同仁們參考。
就要告別莫高窟了，張大千的心在抽搐，他久久地凝望著莫高窟，癡情的目光，充滿了留戀，淚水不知不覺地流到了臉頰……最後，他振臂一揮，向著莫高窟無限深情地招了招手，輕聲地說：“別了，莫高窟！……”