一是正在實施但尚未完成移民的項目，一方麵，由於受製於資金籌集困難和其他阻礙，項目無法按計劃實施；另一方麵，因移民遷入地的條件不能滿足移民的基本需求，項目執行不能如期完成。
二是已經完成了移民的項目，一方麵，因為移民的基本利益沒有得到合理保障，另一方麵，因為遷入地居民對外來移民的社會認同不夠，而產生了不同程度的社會衝突，導致了部分移民回遷的現象。
實際上，移民並非僅僅是簡單地改變居民的居住地，它還涉及生活條件的變更、生活習慣的調整、生活前景的預期、移民社會的管理等諸多文化適應和社會變遷的內容。由於生態移民而引起的原有社會關係的斷裂和新的社會關係的創建，是生態移民工程研究中的一個重要問題。
社會關係網絡是一個重要的社會資源。特別是在我國的農村，由家族關係和鄰裏關係所構成的初級社會關係網絡對於農民而言，更是在生產和生活中發揮著重要的作用。它不僅是農民維持和發展生產的重要社會資本，而且有時還具有一定的社會安全和社會保障意義。由於遷移，工程移民將無法全部保留除家庭關係以外的其他初級社會關係，在多數情況下，將不可避免地造成舊的社會組織方式的瓦解和初級社會關係網絡的破裂（黎昕，2001）。
盡管生態移民工程不會對家庭結構及其關係產生重大的影響，但是生態移民無法全部保留除家庭關係以外的其他社會關係，多數情況下這些社會關係被破壞，而且無法在安置區重新恢複。塞尼指出，強製性移民使社會群體、社會組織、人際關係分散，使親戚之間變得疏遠。無論是從自然還是社會意義上說，將以空間為基礎的群體組織、社會關係打散，都是社會資源的一大損失（邁克爾·M·塞尼，1998）。事實上，如何在保持原有的社會關係網絡和融入新社會關係網絡之間實現均衡，是移民不得不麵對的一個新問題。
3．統籌生態移民工程與城市化進程
根據英克尓斯的現代化指標體係，將農業勞動力比重降到30%以下，才符合現代化的標準。截至2000年，世界城市化平均水平為48%，而中國的城市化水平為38%。中國第五次人口普查的結果顯示，中國的總人口為13億，農村人口為8億，占全國總人口的64%。如果按照農村人口30%的標準來計算，中國社會的農村人口應為3.8億，這就意味著4億多農村人口需要向城市轉移（而這4億多農村人口中的70%，即2.8億人口居住在西部地區）。因此，農村剩餘勞動力向非農產業和城鎮轉移，是城市化的必然趨勢，是中國現代化的必然選擇。
鑒於我國西部地區生態環境脆弱，城市化水平低，將生態移民工程與城市化政策科學結合，將移民直接遷入城鎮，將移民身份直接轉變成城市市民，這樣做不僅能夠保護生態環境，而且能夠提升西部地區的城市化水平，促進農民的身份轉換，縮短農民的市民化進程。
將生態移民工程與城市化結合起來，不僅僅意味著農民的職業身份的轉變和居住空間的轉化，也是農民社會文化屬性與角色內涵的轉型過程，更是移民各種社會關係的重構與城市社會生活再適應的過程。當然，在實施生態移民工程的過程中，移民對城鎮生活的適應、社會認同及與城市（鎮）居民的互動與融合，移民的生存方式、生產方式與生活方式的轉變與過渡，社會參與、生活質量的提高等，是值得深入研究的問題。
另外，把生態移民和城市化有機地結合起來，通過產業的支撐，融生態環境保護於產業發展之中，實現生態建設產業化，對於解決“三農”問題具有一定的理論意義與現實意義。解決中國的“三農”問題，特別是生態移民的脫貧致富問題，應該從城鄉一體化的角度統籌考慮，通過發展非農產業逐步減少農村勞動力，提高農業生產率，推進城市化進程，這對於提高中國西部地區的城市化水平具有重要的現實意義。