在看到土地改革積極作用的同時，決策層也注意到：第一，一家一戶的農民個體經濟不可能使廣大農民真正擺脫貧困，走向共同富裕。第二，小生產自發勢頭的發展，無論在經濟上，還是在政治上都存在著一定的危險性。第三，小農經濟既不能促進生產力的迅速發展，也不適應社會主義工業化的要求。從而新的製度開始形成和發展。
2.變農民私有土地製度為農民私有、集體統一經營使用的土地製度——初級農業生產合作社。這次土地製度的變遷可分為兩個階段：①互助組。前一階段，由於除土地以外，農戶其他生產資料稀缺，導致農業生產不平衡和農業生產中的技術係數失衡，進一步發展生產的困難很大，農民中萌發了互助合作的傾向。中央注意到這種狀況，及時地於1951年9月通過了《關於農業生產互助合作的決議（草案）》，鼓勵農民在農業生產中進行合作勞動。互助組是建立在私有基礎上的小規模的農業生產合作組織，它在一定程度上克服了個體經營的困難，吸引了越來越多的農戶參加。②合作社。強烈的欲望推動了土地製度的創新。遵循自願互利、典型示範和國家幫助的原則，中央於1953年12月發布了《關於發展農業生產合作社的決議》，對農業生產互助合作的路線、方針、政策和方法做了明確的規定。到1955年底，全國有初級合作社190多萬個，參加農戶達7500萬戶，占農戶總數的63%左右。這種初級合作社的具體做法是：在留出社員少量自留土地暫不入社的情況下，將農民其他的私有土地評產入社，由合作社占有、使用和處置，進行生產經營，合作社收益的40%～50%，按土地評產的產量進行分紅。這種土地製度表現為土地所有權與經營權的分離。從性質上看，仍是土地農民私有製基礎上的生產合作。但從規模上看，則比互助組擴大了。合作社保留了農民的土地所有權，克服了單戶農民生產經營能力上的不足，深得農戶擁護。
3.變農民私有、集體統一經營使用的土地製度為集體所有、統一經營使用的土地製度，即高級農業生產合作社和人民公社。1955年7月中央召開了省、市、自治區黨委書記會議，毛澤東作了《關於農業合作化問題》的報告。進而到1956年，全國掀起了發展高級農業生產合作社的高潮。雖然對改造的要求過急，工作過粗，改變過快，形式也過於簡單劃一，不少農民在毫無思想準備的情況下進入了高級合作社，但總體上看，這場深刻的社會變革是成功的。到1956年底，高級農業生產合作社的農戶數占農戶總數的87.8%，合作社的性質發生了根本轉變，農民的土地被無條件地轉為集體所有，其他諸如耕牛、大農具等原來為農民私有的生產資料也被作價轉為集體所有，實行統一計劃，集體勞動，統一經營，初步建立起了社會主義集體所有製。
1958年4月中央《關於小型農業社適當合並為大社意見》和1958年8月中央《關於在農村建立人民公社問題的決議》以後，全國開始了聲勢浩大的“人民公社化”運動。至1958年11月初，全國99.1%的農戶參加了人民公社，原有的74萬多個農業合作社合並成了26500個人民公社，確定了人民公社製度為我國農村的基本製度。人民公社是公有化程度更高、集體經營規模更大的經濟和政治組織，是政社合一的混合體。在這一製度下，實行的是土地集體所有製基礎上的統一經營、統一分配，即土地所有權和使用權高度集中，勞動報酬按勞動工分進行分配。不難看出，這次改革除了規模上發生巨大變化，性質上也發生了根本的變化。但這種所有製形式超過了我國當時的生產力發展水平，片麵強調生產關係的變革，一味追求公有製的最高形式，割斷了農民與市場的聯係，禁錮了商品經濟的發展。責權利的嚴重脫節，抑製了農民追求自身物質利益的生產積極性，阻礙了農業生產力的正常發展。中國農業進入一個緩慢增長的時期。