其次，文化因素分析方法還有待於進一步完善。這也是文化因素分析方法被很多人歸為類型學範疇的原因。不同研究者對文化因素分析方法理解不同，操作方法各異，所以目前最迫切需要的是對文化因素分析方法概念和性質取得共識，然後在共同認識平台之上進一步完善其體係，建立起一般操作模式，這是一個成熟、完善的方法論所必須具備的。比如，進行類型學研究時，雖然在操作細節上會有差別，但是都知道大概會有哪些步驟。而文化因素分析方法卻缺乏一般的操作方法，學者對此論述不多，俞偉超、李伯謙等對於文化因素的總結也隻是強調文化因素分析中應該注意的問題。正是由於缺乏一般的操作模式，所以有些研究者在進行文化因素分析的具體操作時會感到“困惑甚至是束手無策”。
再次，定量分析問題。定量分析在文化因素分析方法中常用，但具體操作上爭論很大。一是操作難度大，特別是一個範疇很大的考古學文化可能包括很多遺址、大量器物，對各類遺跡、遺物的精確統計就是一個很大的問題。二是是否一組器物在數量上占據優勢，就表示它在某文化中處於主導地位？實際情況未必，比如今天劃分一個族群，主要依據這個族群的心理特征，其使用的物品隻是一個參考，因為工業化的今天，物品大體相同。隨著社會的發展，物質同一化程度越來越高，真正能體現一個族群或是地域特征的還是那些包含有宗教信仰、體現民風民俗等精神層麵的器物，這部分器物數量未必很多，但卻恰恰反映了一個文化的特質。
再次之，融合性器物歸屬問題。一個融合了兩種或者是兩種以上的器物究竟歸屬於哪種文化？如果按照文化因素在器物中所占的地位來定性，那如何確定某種因素在器物中的地位？是器形為主還是紋飾為主？而且器物融合改變到哪種程度才算成為另一種文化的器物？由於文化的交流，融合了兩種以上因素的器物很多，而且有時候這種融合器物屬性的判定對於確定一個考古遺存的性質具有重要意義，如壹家堡一期文化性質之所以會出現爭議，主要是因為對融合型器物文化歸屬認識不同。雷興山對這個遺址中融合型器物進行了判定，然後確定遺存的性質，雖然他的觀點不一定是最後的結論，但是這種對融合型器物性質的判定方法卻給我們提供了啟示；宋玲平對融合性的銅器性質判定也進行了探索。
最後，文化因素分析方法主要應用於先秦之前，曆史考古研究中應用較少，本書嚐試這方麵的探索。