（4）出版社所采用的直線職能製結構，重疊著社長和總編輯兩條垂直領導係統。這就違背了管理中的統一指揮原則，管理學把這種“多頭領導”的現象稱為雙重指揮，許多管理學家將此看做組織的大忌。古典組織理論的奠基人法約爾就強調：“無論對哪一件工作來說，一個下屬隻應接受一個領導人的命令，這就是‘統一指揮’的準則，它是一項普遍的永久必要的準則。”在出版實踐中，社長與總編輯因工作分歧而影響工作的例子很多。其實，解決的辦法很容易，但這需要權力部門來決定。
（5）現行的出版組織結構中，存在著部門設置與專業分工不適應社會主義市場經濟的弊病。比如，社會上反映強烈的圖書編校質量問題，從管理組織上看，其實是出版社取消編輯分工的必然結果。現行的責任編輯負責製，規定責任編輯負責圖書策劃、選題組稿、審稿、看樣並對圖書的最終盈利負責。在這種體製下，編輯又有多少精力去關心圖書的編校質量，不免顧此失彼。國外出版社編輯均有嚴密的分工，如英國出版社，編輯部下設組稿編輯（策劃編輯）、經營編輯、加工編輯、助理編輯、編輯助手等。因此，合理的科學的編輯分工是提高圖書質量的重要手段。另外，在出版社機構設置中，應設立市場營銷部取代發行部，以加強圖書市場調研、策劃營銷攻勢、圖書推銷與宣傳、公關活動以及向讀者提供售後服務等，盡快與市場經濟接軌，提高出版社的效益。
要建立適應社會主義市場經濟的具有中國特色的出版組織結構，必須遵循管理的一般原則，同時又要考慮到出版社的特殊性，天下不存在兩片完全相同的樹葉，天下更不存在兩個完全相同的企業組織結構。因此，對任何一個特定現代出版社而言，如何設計一個適合於它的、能夠使其有效地實現企業目標的組織結構，實在是一件至關重要的大事，筆者認為：應視現代出版社的規模不同，分別建立其組織結構。即大型出版社采用矩陣製結構；中、小型出版社采用事業部製結構。
矩陣製結構即在原有的直線職能結構基礎上，再建立一套橫向的組織係統，兩者結合而形成一個矩陣。這一結構中的執行人員既受縱向的各職能部門領導，又同時接受水平的項目首席編輯的領導。這是出版社為了加強各職能部門之間，以及職能部門同重點項目之間的協作，把管理中的“垂直”聯係和“水平”聯係，集權化和分極化更好地結合起來而建立的一種組織結構。
從圖中可以看出，在矩陣結構中，既有垂直方向的領導關係，又有水平方向的領導關係。每一個項目（即重點圖書）有一位首席編輯負責，首席編輯從水平方向不斷地監控著自己所負責圖書的進展。而每一個職能部門（編輯部、生產部、市場營銷部）則為該項目配備一名執行人員，協助首席編輯在該職能部門的範圍內協調各項活動。執行人員接受“雙重”領導，即在執行項目方麵，接受首席編輯的領導；在執行其他日常工作方麵，又接受各職能部門負責人的領導。為了保證統一指揮原則，社長和總編輯應由一人兼任。這種矩陣製組織結構在一定程度上彌補了直線職能結構的不足。大型出版社出書範圍寬、出書品種多，社長兼總編輯不直接參與圖書的開發與生產過程，而是全麵控製並協調各部門的經營活動。為確保出版社重點圖書的開發和生產、銷售，必須成立專門的臨時機構，授予其平行於各職能部門的權力，即任命A、B項目首席編輯，確保重點選題的組織和實施。項目首席編輯對重點圖書的最終結果負責，這樣就不會因部門之間扯皮而影響重點圖書的出版。在一定程度上，克服了由職能部門長期分割給組織帶來的僵化，使組織恢複創造的生氣以適應變化的環境。采用矩陣製組織結構，還可以提高中層和基層管理人員的主動性和責任心，使上層管理擺脫日常事務工作，使職能部門與項目首席編輯更好地配合起來，提高管理效率。出版社一般圖書，由出版社核心——編輯部主任或策劃編輯牽頭，帶領下屬文字編輯、資料編輯、技術編輯、校對編輯，負責各類圖書的組稿與編輯加工，並和其他部門密切合作、相互配合，以保證圖書生產與銷售過程的正常進行。