（二）合作企業的收益分配和虧損承擔
中外合作者依照合作企業合同的約定，分配收益或者產品。合作企業收益的分配可以采取多種形式。合作企業合作各方約定采用分配產品或者其他方式分配收益的，應當按照中國稅法的有關規定，計算應納稅額。
中外合作者依合作合同的約定，承擔風險和虧損。法人型合作企業以企業的所有財產對外承擔有限責任，中外合作者以各自的投資或者提供的合作條件對合作企業承擔責任。非法人型合作企業，以中外合作者各自所有的或者經營管理的財產對外承擔責任，合作各方負連帶責任。
由此可見，對於中外合作經營企業來講，投資利益的回報和企業虧損的承擔不全以投資比例來確定，由合作各方根據企業是否具備法人資格、各方投資的條件等因素協商確定，即使是各方以比例形式投入，也可對利益分配和虧損承擔作出不以比例安排的約定。分配的成果形式可以是利潤，也可以是產品。實踐中大多數合作企業采用利潤分成的方式，而合作開發資源的企業或生產國際市場上緊俏產品的企業，則一般采取產品分成的方式。
（三）合作企業外國合作者的投資回收
根據《中外合作經營企業法》及其實施細則的規定，中外合作者在合作企業合同中約定合作期滿時，合作企業的全部固定資產歸中國合作者所有的，可以在合同中約定外國合作者在合同期限內先行收回投資的辦法。這是我國政府根據合作企業性質所作出的旨在保護外商利益，增進其投資安全感的一項重要製度。這一製度有利於外商盡快回收投資，降低風險；對中方來講，雖然放棄了部分應分得的利益，但事實上提前買下了外方合作者的投資，最後取得企業資產的完整的所有權。
外方先行回收投資有三種方式：一是從企業稅後利潤中多分配，逐年遞減；二是經財政稅務機關批準，外國合作者在合作企業納稅前回收投資；三是經稅務機關批準從固定資產折舊費中回收。不論采取哪種辦法先行回收投資，都有一個前提條件，即在合作企業有盈利的情況下進行。合作企業的虧損未彌補前，外國合作者不得先行回收投資。如果合作期滿，外方合作者仍未收回投資的，可以申請延長合作期限。但外方先行回收的隻是投資，而不是利益，利潤不應采取保障獲得的辦法。外國合作者先行回收投資的申請方案，包括總額、期限和方式，經財政稅務機關審查同意後，報審批機關批準後執行。此外，外方回收投資已完畢的，不允許申請減少合作企業的投資總額和注冊資本。
需要注意的是，因約定由外方先行回收投資，當外方的投資回收完畢或接近回收完畢的，外方的風險已大大降低，在剩餘的合作年限中，外方仍可從合作企業分配利潤，企業資產已實質上歸中方所有，此時，對於企業的債務風險已直接轉嫁給中方，中方應加強對企業的實際管理，同時要求外方提供必要的資金擔保，防止風險責任全部轉嫁給中方，而這一切都應在合作企業合同中有明確的約定。
案例6-4
1992年，巴西丙公司與中國甲公司、乙公司簽訂合作經營合同，約定：甲、乙、丙三方合作開辦某時裝公司，總投資額70萬元人民幣；其中丙公司以進口機器設備投資人民幣40萬元，甲公司以現金投資人民幣20萬元，乙公司提供技術投資，折價人民幣10萬元；每年以純利潤的30%作為丙公司的回收資本返還丙公司，餘下利潤按35%、45%、20%的比例分配。丙公司先後引進衣車、衣架、模特模型等設備，共計人民幣40萬元，甲、乙公司依約投資到位。1992年10月時裝公司正式開業。到1994年12月，丙公司已全部收回投資款並獲取利潤15萬元。1995年1月，丙公司召回其在時裝公司的董事及其他經營人員，注銷其在巴西的公司登記。同時，巴西某融資租賃公司通知時裝公司，丙公司提供的投資設備實為以時裝公司的名義、以融資租賃的方式租借的，約定2年後繳付租賃設備費用並辦理轉讓手續。甲、乙公司此時才知受騙。
本案巴西丙公司以合作公司的名義融資租賃機器設備以衝抵出資，違反合作者應當以其自有的財產或者財產權利作為投資或者合作條件，對該投資或者合作條件不得設置抵押權或者其他形式的擔保的法律規定。中方的訴訟請求應予支持。但由於中方未能仔細審核外方的機器設備的有效所有權憑證；沒有在合作合同中約定丙方對其出資的擔保責任和先行回收投資後對合作企業債務的承擔方式，一旦巴西丙公司注銷其注冊後，由於行為主體已不複存在，使追究丙公司的欺詐責任變得十分困難。
四、中外合作經營企業的組織機構
（一）組織形式
合作企業可以申請為具有法人資格的合作企業。具有法人資格的合作企業，其組織形式為有限責任公司。合作各方對合作企業的責任以各自認繳的出資額或者合作條件為限，合作企業以其全部資產對其債務承擔責任。不具備法人資格的合作企業，由合作各方依照合作經營合同的約定承擔民事責任。
（二）組織機構
合作企業在組織的設置上有較大的靈活性。具備法人資格的合作企業，一般設立董事會，不設立股東會或股東大會機構；不具備法人資格的合作企業一般設立聯合管理委員會。董事會或者聯合管理委員會是合作企業的最高權力機構，依照合作企業合同或者章程的規定，決定合作企業的重大問題。
1.董事會或者聯合管理委員會
董事會或者聯合管理委員會成員不得少於3人，其名額的分配由中外合作者參照其投資或者提供的合作條件協商確定。董事會董事或者聯合管理委員會委員由各方自行委派或者撤換。董事會董事長、副董事長或者聯合管理委員會主任、副主任的產生辦法由合作企業章程規定；中外合作者一方擔任董事長、主任的，副董事長、副主任由他方擔任。董事或者委員的任期由合作企業章程規定，但是每屆任期不得超過3年。董事或者委員任期屆滿，委派方繼續委派的，可以連任。