但我國中觀學派之三論宗，關於佛性、如來藏的說法，與上述有所不同，如果這樣講，隻是隨經作方便教說，認為這是接引外道，對治二乘的權巧方便。吉藏大師在《勝鬘寶窟·如來藏章》中說：“破二乘執，自調究竟，故說如來藏，唯如來藏，無有餘乘。又為破外道，故說如來藏。”《楞伽經》中說：“大慧！我說如來藏者，為諸外道，執著於我，攝取彼故，令彼外道，舍於神我妄想見心執著之處，入三解脫門，得成菩提，故說如來藏。”《涅槃經》卷十五說：“諸梵誌言：瞿曇先於處處經中，說諸眾生悉無有我，若無我者，持戒者誰？破戒者誰？豈非斷見。佛言：我常說一切眾生悉有佛性，佛性豈非我耶？時諸梵誌，聞說佛性，即是我故，即發心出家，修菩提道。”由此可見，說佛性、如來藏，是為了攝取外道，對破二乘，是為人悉檀。對治悉檀，非第一義不可為實。真常派執權為實，反誣《般若經》、《中論》為不了義，這是沒有般若正觀的緣故。若以中觀的見解，說如來藏是為了引導一些眾生發心學佛，於無名相假名相說。《金剛般若波羅密經》中說，所謂實相，即非實相。照這個例子可以說，所謂如來藏，即非如來藏，是名如來藏。諸法實相，是佛典概念中最崇高的理論，尚且說非真實，隻是假名，何況為引導有執的初機眾生而說如來藏，豈能不是權設的假名！《大智度論》說：“空拳誑小幾”就是這個意思。三論宗雖講佛性、如來藏，並不認為是有性的實體，所以和真常派所講的含意，有本質上的不同。
解釋名相概念，佛性、如來藏，都是從眾生分上說的。眾生不是佛，因為眾生沒有佛的功德智慧，但是眾生如果發菩提心，修菩提行，都有成佛的可能性，因此說一切眾生都有佛性。闡提沒有信心，不發心修行，就沒有成佛的可能性，所以經中說闡提沒有佛性。如果闡提回心轉意，發心修行，都能成佛。這並不矛盾。如來藏是說眾生心有如來，但被無明煩惱隱藏起來而不能顯現，一旦煩惱斷盡，如來藏顯現，名為法身。但是在眾生分上，無明煩惱深厚，法身不得顯現，故名如來藏。吉藏大師在《涅槃經遊意》中說：為什麼叫如來藏？是眾生當體藏如來叫如來藏，還是如來當體叫如來藏？這具有二個意思：第一眾生性顛倒，隱覆如來性，所以叫如來藏。第二眾生不堪聽聞如來之性，隱覆而不說，也叫如來藏。三論宗說一切眾生都有佛性，佛性是“我”的意思，眾生依方等經教，臨度時斷除顛倒，則顯如來藏，藏顯則叫法身。顯眾生有佛性，則說明眾生是佛性的根本，眾生是佛，所以有佛性，非佛就不能具有佛性。
地論師也講隱顯義，與三論宗有什麼差異呢？地論師認為有如來藏體，被妄所覆蓋，稱為隱，後業又出現此體，稱之為顯。就像貧女有寶藏在暗室中一樣，以這個來比喻如來藏。三論師不這樣講，這個比喻為破始有，故說本有，難道可以認為如來藏一定是這樣的嗎？三論師隻說辦為迷失了，所以叫隱叫藏，迷故叫隱，隱無所隱；悟出故叫顯，顯無所顯。
《勝鬘寶窟》解釋《法身章》說：“然如來藏之與法身，更無有二，隻是隱顯之名。隱法身故名如來藏，顯如來藏故名法身，斯則隱於顯故名隱，顯於隱故顯。隱於顯故隱，隱實無所隱；顯於隱故名顯，顯亦無所顯。”故就正道未曾隱顯，隨緣迷悟，故稱隱顯。又必須明了迷悟之義，雖隨緣迷叫隱，然而迷實無所迷，隨緣悟叫顯，悟實無所悟。所以《華嚴經》說：“如來深境界，有量齊虛空，一切眾生入，入則無所入。”入即悟的意思。對入而說出，出即迷的意思。入則無所入，就知悟者無所悟；出即無所出，當知迷者無所迷，故知法實在是非隱非顯，不迷不悟。如果說實有隱有顯，有迷有悟，還是有所得。《涅槃經》說：“有所得者，是魔眷屬，非佛弟子。”《勝鬘寶窟》說：“今此中明法身者，即是實相真如法。此實相正法，隱名如來藏；此實相法顯名法身。唯一實相法，約隱顯不同，故有藏與身。”這樣看來，中國中觀學派三論宗是不同意如來藏實體是有的，而是用真如實相為如來藏，真如實相就是性空，這樣才合乎中觀學派的宗旨。