政府與市場的邊界不清，政府對經濟的微觀幹預依然過多。以各種審批、準入、報備等微觀控製手段，掌握微觀主體進入市場的規模與方向；沒有自覺控製國有企業的經營領域與範圍，在廣泛的競爭性領域事實上形成了國進民退、行政壟斷、與民爭利的局麵；以各種補貼、政策優惠、財稅激勵等手段，以確定技術路線、發展標準與方向的方式，深度介入與誘導微觀經濟主體的微觀經濟活動；直接以行政命令的方式進行經濟活動，如下發紅頭文件要求幹部買本地生產的白酒、啤酒、到本地旅遊開發區旅遊消費等等；在一些關鍵性的經濟領域保持強力行政控製，在金融、鐵路等領域排斥民間資本進入。
政府自身定位不清、責任不明，導致政府職能、管理製度、管理方式與管理範圍的邊界模糊。政府做了大量不屬於職能範圍的事情，而本應政府全力承擔的市場監管、公共服務責任卻問題頻生、步履遲緩。政府部門之間責任不清，邊界不清，在市場監管、公共服務等方麵，涉及的政府部門都在4個以上，市場監管還實行分段監管、各管一段的管理體製，看似分工明確，其實為相互推諉扯皮奠定了體製性基礎。
上下級政府之間的職能與責任缺乏明確劃分，中央政府與省級政府財權充沛而本身並不負責公共服務的具體執行職能，縣級及以下基層政府具體負責公共服務的執行職能而財權稅權少，導致為人民群眾的公共服務供給不足。而在政府財政使用上，以部門預算為基礎，以行政事業費為主體的財政預算管理體製弊端日益顯現，各種不透明、鋪張浪費，使寶貴的財政資源受到損耗。
政府與社會的邊界不清。由於產權界定不清，不少行政機關與公務員在征地拆遷方麵與一些群眾存在矛盾與衝突；政府社會權威過於集中，使社會組織與中介組織發育不健全，大量應該由社會組織協調、中介組織裁決的事務得不到及時解決，使大量矛盾直接集中到黨和政府部門，造成了社會管理的巨大壓力。
行政機關與立法機關的邊界不清。在重大事項決策、全民財產收益與分配、預算審查等方麵，行政機關與立法機關在權力行使方麵邊界不清晰。例如，立法機關是最高權力機關，而且是決定全民財產與收益分配的最高機關，全民財產與收益分配之權應歸於權力機關。而我國的全民財產與收益分配的權力事實上是由各級行政機關甚至由國有企業自行控製。
國有企業利潤在扣除社會股東應得的分紅後，應屬於全體人民的財富，屬於全民財產；國有土地出讓金，扣除相關設施建設費用之後，也應屬於全民財產，應由立法機關決定其收益與分配的具體方式。但對運用全民財產形成的國企利潤，每年僅象征性收取幾百億國有資本經營預算，大量全民利潤長期任由其沉澱在國有企業，曆年所積保守估計已達10萬億元人民幣之巨，這筆巨額全民資產又被國企大量投資於競爭性項目，這種國有企業與民爭利的局麵，廣受社會各界詬病。
大量的土地出讓金，本屬全民財產，也被事實上矮化為“行政收入”，成為地方政府手中支配的財富，也促使一些地方政府置國家宏觀調控大局與社會和諧穩定大局於不顧，與民爭利。權力邊界不清影響很大，危害極深，需要引起我們的足夠警惕。邊界不清，對於政府來說，副作用已經相當明顯。政府運用大量審批、補貼手段進行社會經濟管理，形成了許多容易產生權力尋租的點位，導致腐敗行為的滋生蔓延。個別政府部門以社會整體利益為理由頻頻改變市場經濟的遊戲規則，個別政府機構以政府管理便利為手段隨意改變政策，積累下來，就會導致政府公信力的日益喪失，損害政府的民眾認同基礎。
對於社會來說，政府過度幹預使市場價格失靈，政府投資對民間資本的擠出效應，各項審批對民間投資的限製，使全社會的發展活力受到窒息。政府重複投資、不計收益的投資、虧損也繼續補貼與生產的經營方式，降低了整個社會生產率。