整頓和規範市場經濟秩序。各區縣衛生局成立了專門清理整頓工作領導小組，實行目標責任管理，設立了24小時舉報電話等。市衛生局局長金大鵬分別與18個區縣衛生局長簽訂了《北京市打擊非法行醫清理整頓醫療服務市場目標管理責任書》。集中整治期間，全市共出動衛生監督執法人員18000餘人次，取締無醫療機構執業許可證的黑醫療點691個(其中受理並及時取締群眾舉報無照點104個)；查處違規義診點42個。全市罰款總額78.4萬元，沒收非法所得12.5萬元，沒收藥品1215種，各種醫療器械73件。責令限期改正、被停業整頓的醫療機構共93家，吊銷《醫療機構執業許可證》6家，口頭警告183家。
衛生科技與醫學教育實施了新的首都醫學發展科研基金管理辦法，設立了重大聯合攻關項目、重點支持項目和自主創新及推廣項目。通過科技體製創新，建立多學科、多中心的合作研究網絡和有效的團隊合作機製，整合北京地區最好的科研力量和資源，共同解決首都人民的重大醫療衛生保健問題。新辦法實施第一年即收繳上兩年度經費4618萬元，84家各級醫院申報科研項目722項。堅持抓重點學科和醫學中心建設，保持和發展本市人才和科技優勢，促進醫療技術水平不斷提高。修改完善了《首都醫學科研發展基金管理辦法》、《北京市衛生局科研立項管理辦法》，並按新的管理辦法開展醫學科研工作。啟動為農村基層培養醫學骨幹的工作，有44名農村業務骨幹進入北京大學醫學部、首都醫科大學接受“一對一”的導師製培養。另安排郊區縣的具備大學本科學曆的醫師分別到6家有較高教學水平的醫院的10個不同學科接受為期3年的正規化臨床訓練。
愛國衛生結合奧運規劃，深入開展愛國衛生運動。以創建國家衛生區和北京市衛生村為重點，結合奧運規劃，開展各項衛生環境整治和改造。2002年計劃創建130個衛生村，實際達標568個，並出現連片創建衛生村、創建生態衛生村的新趨勢。完成了4萬座戶廁改建、112個改水工程等任務。全市開展了大規模的滅鼠、滅蟑活動，得到廣大群眾和市長熱線的表揚。
中醫管理圍繞《北京市發展中醫條例》製定各項具體措施，以多種形式進行宣傳貫徹和落實。2002年投資30餘萬元加強中醫局網站建設。完成北京地區中醫醫療機構分類管理的審核及注冊工作；會同工商局、公安局、衛生局印發了《關於對藥品零售企業中非法醫療活動的情況整頓的通知》。2002年，市中醫局會同工商局查處不規範醫療執業活動40餘起。組織做好2002年520人中醫(中醫、中西醫結合)類別執業醫師、執業助理醫師資格考試的各項工作，完成311人中醫(中醫、中西醫結合)類別執業醫師、執業助理醫師資格證書和執業證書的發放工作。組織開展中醫係統大型政府采購活動。完成各個項目的招投標共2645萬元。