而此時慈禧已作好讓載湉繼皇位的打算。薄暮時分，宮中忽傳出慈安、慈禧兩宮皇太後的命令，宣召樞要大臣火速入宮，商議要政。當皇太後宣布皇帝駕崩的消息後，在一片片嗚咽的哭聲中，立刻傳下了“懿旨”，其中有一項是“命榮祿預備各種儀仗，通接載湉入宮”。旋即，榮祿便執行“懿旨”。然而，當榮祿迎接載湉入宮時卻又踟躇不前：“載湉既然是嗣皇帝，那麼進宮穿什麼服裝呢?”他不得不去請示慈禧。慈禧看了看榮祿，輕鬆而舒緩地說：“嗣皇帝的小皇冠、小龍袍早就準備好了，你到儲秀宮(慈禧的宮室)去取就行了。”善於察言觀色的榮祿馬上心領神會，匆匆看了一眼慈禧就離去了。不一會兒，榮祿就將龍袍取來交給太監們，吩咐他們給正在熟睡的載湉穿上。一切準備就緒後，載湉被抱上了暖輿，在榮祿等人的簇擁下，被抬往紫禁城。十二月初六，慈禧頒布“懿旨”，宣布載湉繼位，為光緒皇帝。不久，慈禧以光緒尚小而國事艱難、事務繁雜為由，又頒布詔書，由自己“垂簾聽政”。
光緒元年(公元1875年)三月，榮祿又兼署步軍統領。光緒四年四月，榮祿充任紫禁城值年大臣，五月又調任都察院左都禦史，不久又擢升工部尚書。八月榮祿因病乞假，皇上因其差務較繁，解除其工部尚書的職務，同時又任他為總管內務府大臣差使之職。光緒十一年(公元1886年)，榮祿因濫用槍支，被降職二級，光緒十三年，他又被授予鑲藍旗蒙古都統的官銜。第二年九月又署鑲藍旗漢軍都統。皇上大婚時，充任扈從鳳輿大臣和專操大臣。
光緒十七年十一月，榮祿被授予西安將軍的稱號，接著榮祿又請求添加五百人入練洋槍步隊，作為西安威遠隊，其請求立即得到了支持。光緒二十年十月，皇太後六旬大壽時，榮祿入京祝賀，又授予步軍統領之稱。當時日本正侵擾我國，山海關關內外的防軍連連失利，京師大受震動。在此情勢下，榮祿上疏陳述緊急固守的根本之策，大致內容如下：“對付外國不外乎‘和’與‘戰’兩種策略，但必先以‘戰’為根本，而後才能以‘和’來了結。光緒十年(即1884年)法越之戰，在諒山一地獲勝，才與對方講和，不可能有不受懲製而與對方講和的情況。用兵不外乎‘戰’與‘守’兩種方式，但必先以‘守’為根本，而後才能以‘戰’獲取成功。鹹豐、同治年間的粵、撚之役，畿輔首先得到有力的防守，這樣敵方勢力逐漸衰弱，不可能出現不固守畿輔就能與對方言戰的情況。所以我請求依照鹹豐三年、同治七年的經驗教訓，設置巡防局，以親王為首領，專門治理軍務，並精簡督理五城防務的大臣，以求實效。同時任用老將如前任湖北提督程文炳、甘肅新疆提督董福祥、涼州鎮總兵閔殿魁，並招募重兵駐守京畿，以備緩急之用。”此提議立即得到皇上的讚許，旋即命令其參與商議軍內要事。不久，榮祿又受命在總理各國事務大臣上行走。
光緒二十一年(公元1896年)六月，榮祿任兵部尚書。不久，他請求變通武科舉：“武科的設置，原期望用以抵禦外侮。自從火藥類武器盛行以來，弓箭類武器已失去其特有的功效，與八股文和試帖考試的弊端略同。追根溯源，國家衰弱的根基就在於此。試查看應試的武童，各州縣少則百人，多則數百至千人。如果以每縣二百人為標準來計算，將各省全部合起來，其數量可達三四十萬，這些武童都年輕氣盛、身強力壯，假若每省再聘請數10個精通洋人操練之法的人，就地教練，一年之後，可成精兵。學習三年後才可成為武生，再從武生中挑選武功突出者，進入武備學堂學習格致，地理等知識，三年後由督撫考試，列入優等者，作為武舉人，其名額不得超過本省舊名額的二分之一，此為武備特科。這三年一試的武科，暫時按舊製舉行，但須酌情減少舊名額的一半。等到新製度試行有效後，再將舊製度廢除，並將這些特科武舉人送到京師大學堂，以三年為限，由兵部奏請欽派大臣考試，列於優等者，作為武進士，其名額與常年會試中舉名額，各為一半。各路軍營，自哨長以上，均用這些武舉人、武進士補充，以備幹城之選。以上種種都參酌了中外兵製，對於造就將才，於國家的富強實有裨益。”這個要求剛提出，便引起眾人的議論紛紛，所以沒有馬上得到實施。但後來罷武科舉，以及各省設立武備學堂，最終還是按照榮祿的建議施行的。
2戊戌改變，囚禁皇帝
公元1894年～1895年的中日甲午戰爭的慘敗，喚醒了越來越多的中國人，他們開始尋求救國救民的真理，一些愛國誌士認識到：要救國，隻有維新；要維新，隻有學外國。以康有為等人創辦的強學會為標誌，愛國救亡運動在全國範圍內轟轟烈烈開展起來。於是，親政以後的光緒帝準備召見康有為，商量變法事宜。而榮祿等人說康有為根本不夠資格直接拜見皇上，請求皇上讓他們自己來處理就行了。榮祿對康有為一向甚為痛恨，他曾公開對人說：“康有為設立保國會，現在許多大臣還沒有死，就是亡國也不勞他來保。他如此狂妄，非殺不可！”