多尓袞聽了，也連連點頭，其實他也最擔心中華軍從海上進攻。
經過了中華軍的海上突襲遼東之後，清廷也開始意識到海防的重要性，於是也組建了自己的海軍部隊，但海軍一直都是多尓袞的一塊心病，而且現在清廷在天津，遼東地區布置了十幾萬的兵力，就是因為清廷的海軍還不足以保護自己的海防。為此，在不久以前，清廷還剛剛購買了四艘荷蘭的大戰船。
盡管清廷任用了精通水戰鄭芝龍和朝鮮的將領李杜國，監造戰船，訓練水軍。但海軍可不像陸軍，能夠在短時間裏成軍，而且清廷的海軍基礎太差，無論是造船的工匠、水手、船員都十分缺乏，幾乎可以說是一窮二白，憑空起樓台。但在不到兩年的時間裏，很難組建出一支像樣的水軍來。何況清廷對鄭芝龍還一直加以防備。因為鄭芝龍本身就是被清廷騙來的，而且鄭芝龍的兒子鄭成功和商毅一直形成聯盟，在收複南京的戰役中，鄭成功出兵收複福建，也起了一定的作用。
在這種情況下，清廷當然不可能絕對相信鄭芝龍的。隻是現在海軍之麵確實沒有人能取代鄭芝龍，也不得不用他，但一直對他加以防範，甴其是在上船的時候，一定對鄭芝龍進行嚴密的監視。畢竟海上不比陸地，一但鄭芝龍架船出海逃走，清廷還真就隻能望洋興歎。
鄭芝龍也清楚自己的處境，雖然現在他是龍擱淺灘，但他的閱曆、見識、眼光在這個時代還是十分突出的，由其是上了清廷的當之後，更是増漲了許多教訓，因此也看得出，現在清廷並不是南京政府的對手。自己留在清廷，恐怕難有好結果。
這到並不是說商毅擊敗清廷之後，會把自己當清廷官員處死，因為看在鄭成功的麵子上，保住自己的命還是可以的，但清廷會不會放過自己，還很難說。畢竟現在清廷重用自己，是實在沒有辦法，一但到了滅亡的時候，很有可能會先把自己幹掉，也說不定。
在清廷的這些時日裏，鄭芝龍也不是沒想過要逃跑，由其是受命出任水師提督之後，更是覺得機會來了，隻要是到了海上，自己可就是龍歸大海了。但清廷也早預料到這一手，對他的監視也更為嚴密，毎次出海的時候，幾乎就像是押犯人一樣，隨時都有六七個人圍在鄭芝龍的身邊，稍有舉動，就立刻有人過來阻止也讓鄭芝龍意識到，自己根本就一點辦法都沒有。
在這種情況下，鄭芝龍也決定暫時放棄逃路的打算，而是全力先取得清廷的信任再說，因此在組建海軍的工作中，也十分努力。現在己經訓練了五千多名水軍士兵、水手、船員等，並從民間搜羅到多種船隻一百二十餘條，又監造了三十餘條船隻，至少也使清廷的海軍初建規模了。
不過現在清廷海軍的戰船中，基本都是二三百料的小船，四百料戰船隻有幾艘，再大的就基沒有，這是因為中國北方的造船技術遠遠落後於南方，而監造的戰船也多是小船，因此基本沒有多少戰鬥力。不過在這段時間裏，朝鮮的將軍李杜國也監造出龜甲船二十條，其中有三條體形較大，其餘和當年李舜臣所用的一樣。加上後來朝鮮又向清廷進貢了五條龜甲船，現在淸廷一共有二十五艘龜甲船了。
多尓袞也曾親自趕到天津，觀看過這種龜甲船的訓練，到還十分滿意，也對龜甲船寄於了厚望，因此也下令，將龜甲船單獨編成一支艦隊，都交給李杜國指揮。
在商毅出兵進攻馬尼拉的時候，多爾袞曾把鄭芝龍和李杜國都招到北京，一方麵是詢馬尼拉的情況，另一方麵也是了解海軍的情況。
當時李杜國可是躊躇滿誌，信心十足，認為有了龜甲船之後，不必害怕中華軍的海軍，甚致向多爾袞請令，要帶著龜甲艦隊去進攻中華軍在登州的海軍基地。但鄭芝龍的看法和李杜國剛剛相反，現在清廷的海軍僅僅隻是剛起步，根本不可能是中華軍的對手，龜甲船根本就是華而不實，並不可大用，如果冒然進攻必敗無疑。
其實鄭芝龍故意把龜甲船貶得一錢不值，其實是用的激將法，希望多爾袞能讓李杜囯帶著龜甲船出戰一次，因為隻有等李杜國被中華伏波軍徹底打敗了，清廷才能意識到自己的重要性，說不定會放鬆對自己的監視。
不過多爾袞畢竟不是好糊弄的人，雖然李杜國說得信心十足，但怎麼聽，多爾袞也覺得心裏沒底。畢竟中華軍的海上戰鬥力擺在那裏，連續發動了兩次海外戰爭，這可不是說著玩的。而龜甲船僅僅隻輝煌過一次，還是在五十多年以前，這兩下一對比，也不難得出結果來，和中華軍交戰，龜甲船多半也是勝多負少，因此多爾袞也沒有答應李杜國的請戰。