?十天以後 鄭芝龍被召回北京，向多爾袞當麵解釋，海軍基地失守，大沽口炮台被毀的經過情況 以及他的罪行。 .
雖然說清廷的軍事重點一直是在陸軍方麵，但在兩年之前 遭受最慘痛的教訓卻是從海上打過來的，因此清廷對這支海軍也確實寄於了厚望，同時也不惜花耗了巨資，修建了大沽口炮台，以保衛北京的安全。這兩年來，清廷花費在大沽口炮台和海軍身上的白銀己經超過了二百萬兩，也實在是不算少了。
盡管多尓袞也沒有指望讓水軍去進攻中華軍的登州、浙江沿海地區，但至少也要能夠自保吧，那知費盡二年心血，消耗了巨資才建立的水軍，修築的炮台在中華軍的水師麵前，居然還是不堪一擊，而且在一夜之間，全部都毀於一旦，這樣的結果當然讓多爾袞難以接受。
清廷的其他大臣也同樣對這一戰的結果非常不滿，而矛頭也直接指向了鄭芝龍，由其是聽說，在中華軍進攻炮台的時候，鄭芝龍在水軍基地中按兵不動，任憑中華軍進攻炮台，也成為眾人攻擊鄭芝龍的最大口實。
因此鄭芝龍一回到北京，還沒等回家，就立刻被多爾袞招進皇宮，麵對他和十幾位滿漢重臣的質問。
其實鄭芝龍在回京的路上早就預料到有這一出，己經想好了應對的話，因此麵對盛怒的多爾袞，還有其他的大臣的質問，絲毫也不驚慌，而是鎮定自若，道：“回稟攝政王，此次海軍敗陣，非戰之過，仍是中華軍的艦隊數量眾多，船堅炮利，艦大炮重，我軍實在萬難抵抗，故此才有此敗。”
多爾袞沒有開口，左側的何會洛“哼”了一聲，道：“鄭提督，水師建立兩年有餘，耗資百萬，打造大小艦船亦有一百餘艘，又購買了紅夷毛戰船，這次中華軍來攻，所用戰船也不過百餘艘，雙方勢均力敵，而你有基地可以存身，又有大沽口炮台相助，完全可以擊敗中華軍，以報朝廷眷隆之恩。但卻還一敗塗地，不僅基地失陷，還累及大沽口炮台全軍覆沒，我看分明是你故意殆慢軍機。”
鄭芝龍道：“何大人，海軍不比陸軍，非一二年可見成效，而且下官早曾有言，水戰無他，唯大船勝小船，大炮贏小炮耳。敵我雙方的戰船數量雖大致不差，但我大清的戰船不過都是二三百料的小船百料以上的戰船不足十艘，所有艦炮相加，也不過二百餘訂，根本就不堪大用，隻有所購的紅夷毛戰船，每艘千料有餘，可載艦炮五六十圢，到是可堪一戰，隻可惜隻有四艘，孤掌難鳴。而中華軍的戰船，大半都在千料以上，就是二千料以上者，亦不下十數隻，各艦所載火炮少則四五十門，多則近百門，如此大小懸殊，強弱分明，自是萬難抵抗。”
頓了一頓，鄭芝龍又道：“早先朝鮮使臣進獻龜甲船，下官曾力言此船虛有其表，並無大用，不可輕造，此言各位大人，還有攝政王想必都沒有忘記吧。然而諸公皆被朝鮮使用盅惑，不聽下官之言，傾盡巨資，造龜甲船二十餘艘，而一戰盡沒，當初若是將巨資全造紅夷毛戰船，縱使隻得十艘，這一戰也斷不會如此。如今下官之言勻己效驗，諸公當知下官當日所言無虛。”
鄭芝龍說完之後，滿殿肅靜，這些話鄭芝龍在以前確實都說過，因此一時也都無法再指責鄭芝龍。
過了好一會兒，譚泰才道：“鄭提督，但中華軍進攻大沽口炮台，你未率戰船出戰，坐觀成敗，中華軍攻入水寨，你也未做抵抗，反而棄寨而逃，這些點歸都是事實吧，你又作何解釋呢？”
鄭芝龍道：“譚大人所說的，確實都是事實，但敵我雙方實力懸殊，剛才下官己經說過，在當時的情況下，中華軍以巨艦數十艘，火炮數千門，強攻炮台。同時也留下了大批戰船，防備我水軍出擊，何況我大清水軍隻有這區區百餘艘小船，就算出擊迎戰也是無濟於事，因此下官也不敢輕舉妄動，隻能固守水寨。至於後來中華軍來攻水寨，想那大沽炮台有堅城可守，火炮二百餘門，紅衣大炮不下百門，尚且難以守住。而水寨己無炮台掩護，更是難以支撐，因此下官才下令放棄水寨，撤入海河內，如此才保全了近五十艘戰船。假如當時強行出戰，必會落得全軍覆沒之局。下官並非怯戰，實在是為了保全水軍根本，還請懾政王明察。”
多爾袞沉默了半響之後，才道：“鄭芝龍，你先暫且回家，聽候處置。”
鄭芝龍心裏也清楚，多爾袞沒有當廷降罪自己，實際也就等於是自己逃過了這一劫，雖然說降職罷官是不可僻免，但身家性命卻是可以保住了。