孫一奎，字文垣，號東宿，別號生生子，安徽休寧縣人。生活於明代嘉靖至萬曆（公元1522－1619年）年間，是中國明代著名醫家。
孫一奎天資豐厚，年幼時即聰慧過人。他學習儒業很有收獲。但嘉靖以後，朝中奸佞當道，閉塞賢路。朝廷的腐敗使棄仕途而轉醫者大量出現，同時孫一奎也清楚地看到父輩苦苦攻讀，卻身體疲憊而更加虛弱，以及仕途的艱辛，從而使他萌發了“不為良相，即為良醫”的念頭。
開始學醫時，孫一奎苦讀醫籍，不論寒暑，都十分專注。上至《靈樞》、《素問》、《難經》，下及古今名家，無所不及，對儒、釋、道三教經典中與醫學有關的部分也無不獵及。研習三年之後，他覺得呆在一個小地方，眼光比較狹窄，不如多方求教，才能擴大視野，於是決心離家遠遊，尋師求教。他的足跡踏遍江南，一邊行醫，一邊尋求有識之士，博采眾長，不拘門戶，凡遇高明的人就虛心而尊敬地來到他跟前，和他探求醫理。後來曾隨徽州黟人黃古潭先生學習。古潭先生治病常有超常見解，孫一奎凡是遇到疑難的病證，都會向他請教，對臨床中一時不能下診斷而猶豫不決的，決不輕易放過。黃古潭的高超醫術，使孫一奎在醫理和臨證診療上受惠不淺。
個人思想
孫一奎，兵聖孫武子後裔，唐左執金吾大將軍孫萬登支係，明代著名醫學家。是命門學說的倡導醫家之—。他認為命門為兩腎間動氣，為原氣之所係。原氣來源於先天，由父母之精相合，在胎兒孕育期間即已經存在。此原氣是人體生命活動的根本動力，所謂“生生不息之機”。原氣即人身太極之本體，所謂太極，是從《周易》而來，“易有太極，是生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦。”宇宙自然界間，先無極而後太極，太極而後陰陽。太極的哲學概念是指原始混沌之氣，指陰陽未分之前的混元一氣，是陰陽之根。孫氏以太極來比喻原氣，是說明原氣乃是人體陰陽之本，是人體生命之本源。所以，孫氏進—步總結命門之功用則說：“命門乃兩腎中間之動氣，非水非火，乃造化之樞紐，陰陽之根蒂，即先天之太極，五行由此而生，髒腑以繼而成。”孫氏認為，從根本而言，人體呼吸的原動力在於腎間動氣，即先天之氣。
孫氏反對稱命門內寄相火，但確認三焦當為相火。孫氏認為，三焦屬腑，包絡屬髒，但其又不同於其他五髒與五腑的關係。包絡為血母，為裏；三焦為氣父，為表，二者俱屬於手經，相為表裏。也正由於二者—主氣，一主血，相互配合，協同主持一身之氣血，以維持人體的正常生理功能。然而，三焦雖不與命門相配，但並非二者沒有關係。孫氏認為，命門卻是三焦之原，三焦之相火化生於命門之原氣，為原氣之別使。孫氏論君相之火，認為天人均有君相之火，而在人之君火屬心，相火寄於包絡、三焦，是屬於正火範圍，而肝腎之火則為賊火，從正邪角度將其加以區分。孫氏這一論述，無非是強調了肝腎命門無相火的觀點，用以反對一些醫家濫用寒涼之劑滋陰降火，損傷命門動氣的弊端。
孫氏治病
孫氏治病，首重明證。認為“凡證不拘大小輕重，俱有寒、熱、虛、實、表、裏、氣、血”八個字，且病變多有始同而終異的情況，故治法不可執一而無權變。基於這種指導思想，他指出時醫對內傷發熱、虛損、血證等濫用苦寒，畏投甘溫的偏弊。他十分重視三焦元氣的保護和治療，既反對濫用寒涼，又指出了過用辛熱、疏導及滲利之劑的危害，認為不但純陰苦寒之劑可致脾胃虛弱，元氣損耗，而且“若用辛香散氣，燥熱傷氣，真氣耗散”，或疏導太過，也可耗損元氣。若淡滲過劑，也多致腎氣奪傷。由於三焦為原氣之別使，又為“相火之用”，故凡命門原氣不足，或相火衰弱，可出現三焦元氣不足之證，其病變有氣上不納，水穀不化，清濁不分等情況。在三焦病變中，孫氏對下元虛寒尤為重視。其論氣虛中滿、腎泄等症，認為都屬於下焦元氣虛寒。又如癃閉、遺溺、小便失禁諸證，亦或與之有關。同時，對於下消及腎不納氣的治療，孫氏又注意精氣同治。
孫氏學說
孫氏學說，以命門為兩腎間動氣，三焦為原氣之別使。動氣為生生不息之根，相火有裨助生生不息之功，其論說不僅闡發了祖國醫學的有關理論，且能自出機杼，並與臨床辨證施治相結合。因此，其學術理論和實踐經驗對祖國醫學作出了一定貢獻。不論對於臨證治療，還是對於養生保健，孫氏學說都有不可忽視的研究價值。
書籍貢獻
經過三十年的勤求博采，刻苦鑽研，孫一奎耳目漸廣，經驗漸豐，終於達到了理論上“鏡瑩於中”，實踐上“投劑輒效”的境界。其醫術已有非常的造詣，為人決斷死生多能應驗。臨證投劑常常使頑固的疾病治愈，從此醫名顯赫，名士顯宦爭相交往。期間診餘之時，先後著有《赤水玄珠》30卷，70餘門；《醫旨緒餘》2卷，70餘篇；《孫文垣醫案》5卷，收載407案，後來合稱為《赤水玄珠全集》。“赤水玄珠”之名，取之於象罔得珠故事。《赤水玄珠全集》對後世醫學界產生了重要。影響，並給後學醫者留下了寶貴的財富。